一、胃幽门螺杆菌亚硝酸盐还原酶及亚硝胺合成酶活性的测定意义（论文文献综述）
王超楠[1]（2021）在《慢性胃炎发展过程中胃内菌群结构分析及Helicobacter pylori拮抗菌株筛选》文中研究指明胃是人体内重要的消化器官,其内存在维持着胃内微生态稳态的微生物群,对胃肠道健康至关重要。慢性胃炎是一种常见的高发病率的消化道疾病,并且有概率发展为胃癌。探究在慢性胃炎形成过程中胃内微生物群落结构的特征性变化,可以为调控胃菌群防治胃炎提供理论依据。研究表明Helicobacter.pylori感染是胃炎发生和加剧的重要因素,探究胃内其他菌群与H.pylori之间的相互作用可以为通过调节其他微生物间接治疗H.pylori感染提供新的治疗思路。本研究旨在探究山东威海地区人群慢性胃炎发生发展过程中胃内微生物群落结构的变化,发现在胃炎发展过程中可能发生作用的细菌,并对胃内微生物进行培养及筛选分离出对H.pylori具有拮抗作用的菌株,并对其基因组进行分析。研究结果如下:1,利用细菌16S rRNA高通量测序分析技术,对慢性胃炎患者和健康对照人群的胃内微生物多样性和群落结构进行了对比分析。发现在所有样本的胃部菌群,在门水平上均以变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门和放线菌门为优势菌门。在属水平上,慢性非萎缩性胃炎（NAG）组和健康对照组均为Halomonas和Alkaliphilus丰度最高;慢性萎缩性胃炎（CAG）组中Helicobacter丰度最高。PCoA分析和样本层级聚类分析可以有效的将CAG组样本区分于NAG组样本和健康对照组样本。本研究发现,在慢性胃炎发生和发展过程中,在门水平上,变形菌门,放线菌门,拟杆菌门,Patescibacteria,梭杆菌门,酸杆菌门和绿弯菌门的相对丰度增加;在属水平上,Helicobacter、Streptococcus、Ralstonia、Burkholderia、Rhodococcus、Granulicatella、Thermomonas和Actinomyces 的丰度增加。说明这些微生物可能起着促进慢性胃炎发展的作用。在慢性胃炎的发生和发展过程中,胃内微生物群落的COG各部分功能的基因丰度呈现下降趋势。2,通过培养技术,从胃黏膜样本中共分离细菌336株,分布于5个门,43个属,140个物种。在分离菌株中筛选得到12株可以抑制H.pylori生长的菌株,对其中6株菌株进行形态学观察发现其可诱导H.pylori的细胞形态从杆状转化为球形。3,对6株H.pylori拮抗菌株进行了基因组测序,6株菌株的基因组大小为2.19Mb-4.67Mb,GC含量为38.89%-68.88%。生物信息学注释分析得到了 6株菌株的功能基因、毒力因子、耐药基因及代谢通路等多种基因特征。耐药基因预测发现菌株N4-16-4基因组含有抗性基因最多。对毒力基因预测发现6株菌株都含有多种毒力因子,大多与粘附能力和分泌能力相关。病原基因预测结果显示6株菌株都可能引起人类的败血症和肺结核。次级代谢产物合成分析显示6株菌株均能合成肽类相关的次级代谢产物。
熊佳惠[2]（2020）在《基于网络药理学方法研究附子理中汤治疗晚期胃癌的作用机制》文中研究说明目的:基于网络药理学的方法,探讨附子理中汤对于晚期胃癌的作用机制。方法:首先,通过TCMSP数据库、Drug Bank数据库和Pharm Mapper平台对附子理中汤所含化学活性成分进行筛选并获取其作用靶点,再利用GAD、OMIM及CTD数据库获得胃癌的相关靶点;然后,利用Draw Ven Diagram平台制作韦恩图,获得两者的交集靶点蛋白,通过Cytoscape3.5.1软件构建出蛋白互作图;再通过DAVID分析工具和KOBAS3.0软件对搜集到的靶点蛋白从生物过程（biological process,BP）、分子功能（molecular function,MF）和细胞组分（cellular component,CC）三个方向进行基因本体功能富集分析和KEGG通路分析;最后,利用PDB数据库、Systems Dock Web Site数据库集进行受体-配体的分子对接,并分析docking scores,验证附子理中汤治疗晚期胃癌的有效性。结果:从TCMSP数据库筛选出附子理中汤的147种化学成分,其中预测到4791个靶点,通过CTD、OMIM筛选出28006个与胃癌相关的靶点,最后韦恩图确定附子理中汤治疗晚期胃癌存在346个潜在靶标;其中附子理中汤与胃癌相互作用的关键靶标有TP53（肿瘤抑制蛋白p53）、AKT1（蛋白激酶B）、CDKN1A（细胞周期素依赖性激酶抑制因子1A）、STAT3（信号转导子与转录激活因子3）、BCL2L1（促生存因子）、JUN（核内癌基因）、CCND1（细胞周期素D1）、EGF（表皮生长因子）等,主要作用机制可能涉及2-Oxocarboxylicacid metabolism（2-氧羧酸代谢）信号通路和Propanoate metabolism（丙酸盐代谢）信号通路等分子通路,分子对接结果中表明STAT3对接分数最高,与附子理中汤有较好的结合性。结论:附子理中汤治疗晚期胃癌的关键靶点包括TP53（肿瘤抑制蛋白p53）、AKT1（蛋白激酶B）、CDKN1A（细胞周期素依赖性激酶抑制因子1A）、STAT3（信号转导子与转录激活因子3）、BCL2L1（促生存因子）、JUN（核内癌基因）、CCND1（细胞周期素D1）、EGF（表皮生长因子）等,其主要作用机制可能涉及2-Oxocarboxylicacid metabolism（2-氧羧酸代谢）信号通路和Propanoate metabolism（丙酸盐代谢）信号通路等分子通路等,靶点STAT3与附子理中汤有较好的结合性,可能在附子理中汤治疗晚期胃癌的过程中发挥着至关重要的作用。
李依聪[3]（2020）在《基于胃内菌群及lncRNA-mRNA互作探究慢痞消防治慢性胃炎炎癌转化的机制》文中研究指明研究目的:胃癌的发生遵循“慢性非萎缩性胃炎（Chronic Non-Atrophic Gastritis,CNAG）→慢性萎缩性胃炎（Chronic Atrophic Gastritis,CAG）→肠上皮化生和/或异型增生（Precancerous lesion of gastric cancer,PLGC）忧胃癌（Gastric Cancer,GC）”的慢性胃炎炎癌转化演变规律。动态研究慢性胃炎炎癌转化的机制对防控慢性非可控性炎症向癌症恶性转化具有重要意义。既往研究证实胃内菌群在慢性胃炎炎癌转化中起重要作用,多种因素均可参与菌群的调控,其中lncRNA-mRNA互作的转录调控影响菌群与宿主的相互作用。研究慢性胃炎炎癌转化过程中药物对胃内菌群的调控作用,对防治疾病进展具有重要价值,在胃内菌群的基础上分析lncRNA-mRNA互作,进一步从转录调控角度揭示防治慢性胃炎炎癌转化的机制及潜在靶点,对解析药效机制、防控疾病进展具有重要作用。中医药在慢性胃炎炎癌转化的防控方面具有显着疗效,慢痞消是国医大师路志正教授以“调气养阴,活血解毒”立法,创立的防治慢性胃炎炎癌转化的有效方剂。本研究在验证慢痞消防治慢性胃炎炎癌转化疗效的基础上,立足胃内菌群及lncRNA-mRNA互作探究慢痞消防治慢性胃炎炎癌转化的机制及重要生物学标志物。研究方法:（1）在前期研究的基础上,采用以MNNG为主的四因素综合造模优化方案建立慢性胃炎炎癌转化动物模型,进行阶段性取材并计算观察模型在不同病理阶段的成模时间、成模率、死亡率、体重、胃黏膜形态、HE病理形态;基于建立的慢性胃炎炎癌转化动物模型,从第32周开始在模型组继续给予造模因素的同时分别用实验药物慢痞消、阳性药胃复春、SPF级饮用水灌胃,正常组同期给予SPF级饮用水灌胃进行对照,干预8周后取材,计算干预期间体重、死亡率,观察取材后胃黏膜形态、HE病理形态改变;（2）利用16s rDNA测序技术对慢痞消组、空白模型组、正常对照组三组胃黏膜样本进行微生物多样性检测,对检测数据进行稀释性曲线（Rarefaction curve）分析判断各组测序样本量设计是否合理、测序获得信息是否足量;利用有监督的PLS-DA判别法判定区组差异;利用丰度等级曲线（Rank abundance curve）评估检测物种各组丰富度和群落均匀度;利用Venn图比较各组间物种组成相似度和差异;通过Sobs,Chao,ACE和Shannon指数进行Alpha多样性分析,用不同的算法计算微生物群落多样性、丰富度、覆盖度;在科（Family）、属（Genus）、种（Species）水平进行群落组成和差异分析;并进行LEfSe多级物种差异判别分析、LDA判别及绘制多级物种层级树图,从科到属水平系统探究物种分类单元丰度的差异和生物相关性,分析宿主与菌群间的作用,并聚焦具有调控作用的特定菌属;（3）对慢痞消组、空白模型组、正常对照组三组胃黏膜样本进行转录组学测序,在mRNA、lncRNA、lncRNA-mRNA 互作三个层面,采用|log2FoldChange|≥1且P<0.05 作为筛选条件分别筛选空白模型组和正常对照组,慢痞消组和空白模型组的差异表达mRNA、lncRNA、lncRNA-mRNA互作靶基因;通过绘制火山图分析差异表达基因的整体分布,通过差异基因聚类分析热图分析基因在不同样品的表达情况和区组相似性,分析差异mRNA、lncRNA、lncRNA-mRNA互作靶基因的共表达情况和符合干预反向调节机制的共同差异表达mRNA、lncRNA、lncRNA-mRNA互作靶基因,对差异基因进行GO功能富集分析及KEGG差异通路富集分析并绘制气泡图,进一步探究慢痞消起效的可能机制,预测相关的重要生物学标志物。研究结果:（1）实验成功建立了慢性胃炎炎癌转化动物模型,CAG阶段成模时间第20周,成模率58.3%（7/12）;PLGC阶段成模时间第32周,成模率70%（7/10）;GC阶段成模时间第40周,成模率66.7%（8/12）;从造模第1周起模型组体重始终显着低于正常组（p<0.001）。干预各组疗效分析:各组死亡率情况,空白模型组死亡率14.3%（2/14）,慢痞消和阳性药胃复春组死亡率均为7.1%（1/14）,正常对照组无死亡;各组病理诊断结果,空白模型组CAG 8.3%（1/12）、PLGC 16.7%（2/12）、GC 66.7%（8/12）,慢痞消组CAG 23.1%（3/13）、PLGC 46.2%（6/13）、GC 30.8%（4/13）,阳性药胃复春组CNAG 7.7%（1/13）、CAG 7.7%（1/13）、PLGC 38.5%（5/13）、GC 46.2%（6/13）;干预期间各组体重无明显变化（p>0.05）;（2）对干预后各组进行胃黏膜菌群分析,稀释性曲线（Rarefaction curve）能够全面反映样本中绝大多数微生物多样性信息;有监督的PLS-DA判别法可将三组样本明显区组聚类,结果显示组间菌群特征具有差异;丰度等级曲线（Rank abundance curve）的宽度和平缓程度评估结果显示慢痞消组和正常对照组的物种丰富度和群落均匀度明显高于空白模型组;Venn图分析结果比较发现相比于其他组,慢痞消组与正常对照组微生物组成更为相似;通过Sobs,Chao,ACE和Shannon指数进行Alpha多样性分析发现慢痞消可显着增加胃黏膜微生物Alpha多样性（p<0.05）,物种组成分析发现慢痞消可以增加拟杆菌门/厚壁菌门的比例,降低主要致病菌变形菌门的丰度,并筛选出6种慢痞消组相比于空白模型组显着富集的菌属,分别为理研菌属（Rikenellaceae）、Muribaculaceae菌属（原S24-7菌属）、瘤胃菌属（Ruminococcaceae）、毛螺菌属（Lachnospiraceae）、支原体菌属（Allobaculum）和另枝菌属（Alistipes）;（3）转录组测序结果分析中,基于mRNA水平筛选出空白模型组和正常对照组的显着差异表达基因583个（p<0.05）;慢痞消组和空白模型组的显着差异表达基因118个（p<0.05）;对两组显着差异表达基因取交集发现36个共显着差异基因,其中35个基因的显着差异表达趋势符合药物干预趋势。研究聚焦于22个已被命名和注释的靶基因,其中15个在疾病中显着上调而慢痞消能够显着下调的基因,分别为Egf l6、Sft2d2、Lrrc8c、Spock3、Tff3、Disp2、Tmem72、Calb1、Cela3b、Cela2a、Ahsp、Cuzd1、Apln、Lgals5和Arsg,7个在疾病中显着下调而慢痞消能够显着上调的基因,分别为P2rx7、Rpp38、Cftr、Coro2a、Tma7、Vmac和Unc5cl。KEGG富集分析筛选出了 4条显着富集通路（p<0.05）,分别为胰液分泌（ko04972）、蛋白质消化吸收（ko04974）、神经活性配体-受体相互作用（ko04080）、ABC转运蛋白（ko02010）以及内分泌和其他因子调节的钙重吸收（ko04961）相关通路;基于lncRNA水平筛选出空白模型组和正常对照组的显着差异表达lncRNA 347个（p<0.05）,慢痞消组和空白模型组的显着差异表达lncRNA 267个（p<0.05）;对两组显着差异表达基因取交集发现75个共显着lncRNA且其显着差异表达趋势均符合药物干预趋势。研究基于75个共显着差异lncRNA利用lncRNA-mRNA互作筛选出99个显着差异靶基因并进行功能富集;KEGG富集分析筛选出了 7条显着富集通路（p<0.05）,分别为内质网中的蛋白质加工（ko04141）、皮质醇的合成与分泌（ko04927）、维生素B6代谢（ko00750）、胰岛素分泌（ko04911）、孕激素介导的卵母细胞成熟（ko04914）、肌动蛋白细胞骨架的调节（ko04810）、mRNA监控通路（ko03015）。最后基于以上两部分结果取交集,发现了两个与慢痞消干预机制高度相关的潜在靶基因Sft2d2和AABR07051716,这两个靶基因功能富集发现共同之处是均与细胞外囊泡功能相关。研究结论:本研究聚焦于慢性胃炎炎癌转化的难点,成功探索了慢性胃炎炎癌转化疾病进展动物模型的成模情况,为本领域动物实验的样本量设计、稳定复制模型等提供依据。研究发现慢痞消具有降低慢性胃炎炎癌转化大鼠最终结局、延缓慢性胃炎炎癌转化疾病进展的作用,且慢痞消的作用优于胃复春。基于胃黏膜菌群的研究发现,慢痞消可以增加菌群的多样性、调节各菌种组成比例,并筛选出潜在的可能参与慢痞消调控胃黏膜微生态、改善代谢产物、缓解炎症状态机制的靶向微生物。在转录组水平本研究筛选出了慢痞消调控的22个潜在靶点,并发现了 2个高度相关的靶基因Sft2d2和AABR07051716,和1个高度相关的功能条目——细胞外囊泡功能。综上所述,慢痞消的起效机制可能与细胞外囊泡功能高度相关,并可能受靶基因Sft2d2和/或AABR07051716的调控,本研究聚焦的基因和功能途径可能为进一步研究中医药防控慢性胃炎炎癌转化的作用机制指明方向。
谢雅琪[4]（2020）在《单级填料床亚硝化-厌氧氨氧化工艺快速启动及影响因素研究》文中认为单级亚硝化-厌氧氨氧化（partial nitritation-anammox,PN/A）自养脱氮工艺具有节约碳源及低能耗的特点,是一种具有广阔前景的新型脱氮技术,尤其适用于高氨氮、低C/N比废水的处理。然而,由于氨氧化细菌（AOB）与厌氧氨氧化细菌（AnAOB）不同的生长环境需求,以及亚硝酸盐氧化细菌（NOB）、AOB和AnAOB对营养物质竞争作用,使得工艺启动时间较长且脱氮效率不稳定,制约着单级PN/A自养脱氮工艺在污水处理中的应用。针对以上问题,本文将填料床反应器应用于PN/A工艺的启动,探究控制进水氮负荷和溶解量两个因素快速启动反应器的可行性;并利用宏基因组和宏转录组学等手段研究分析了稳定运行时反应器中微生物群落结构,探究了微生物脱氮潜力与系统脱氮途径;最后还考察了进水氨氮负荷、pH值、温度3个因素对反应器稳定运行的影响,确定系统的最佳运行条件。主要研究结果如下:（1）在单级填料床反应器内接种普通活性污泥,通过逐步提高进水氮负荷(0.150.73kg-N?m-3?d-1)和降低溶解氧(2.00.8mg?L-1)的方式67d启动PN/A自养脱氮工艺。系统稳定期间,平均氨氮去除率（ARE）和总氮去除率（TNR）分别为87.01%、72.41%。反应器沿程氮素分析发现,NH4+-N与TN的去除主要发生在距底部030cm的高度范围内。反应动力学研究表明,反应器中氨氮降解过程属于二级反应。（2）通过考察系统启动前后微生物群落结构,发现PN/A功能菌种AOB和AnAOB所属的变形菌门（Proteobacteria）和浮霉菌门（Planctomycetes）在驯化后污泥中所占比例约为38.8%,成为驯化后污泥微生物中的两个绝对优势菌门。经驯化,NOB所属的硝化螺旋菌门（Nitrospirae）的丰度占比由8.6%下降到0.05%。“属”级别上亚硝化单胞菌属（Nitrosomonas）和Candidatus Brocadia在驯化结束后两者丰度有较大提升,而经驯化后的硝化螺菌属（Nitrospira）,其丰度占比由2.80%降至0.01%,NOB已经成功洗脱出PN/A系统。（3）宏基因组结果表明,系统中检测到的异养反硝化菌CHB1、CHB2等仅编码反硝化基因如硝酸还原酶（nar/nap）,并未发现编码亚硝酸还原酶的基因（nirS、nirK）,无法完成完整的反硝化过程。此外,还分析了系统中硝化、反硝化和厌氧氨氧化等关键酶功能基因的相对丰度和相对表达量,结果表明系统中编码各类氮素转化相关酶的基因都十分丰富。其中编码厌氧氨氧化关键酶的基因（hzs和hzo）和编码氨氧化关键酶的基因（amo和hao）的相对表达量占明显优势。相反,尽管检测出与亚硝酸盐氧化过程相关酶的功能基因nxr存在,但其相对丰度较少且几乎没有表达。研究表明该系统中亚硝酸盐氧化过程受到了抑制,脱氮过程已由亚硝化-厌氧氨氧化主导。（4）对于进水负荷变化,系统表现出较强抗氮冲击负荷的能力。当进水氮负荷提升至1.172kg-N?m-3?d-1时,游离氨FA值达到AOB、AnAOB的抑制浓度,脱氮效果下降。随即降低进水负荷,脱氮效果一周左右就回升。此外,研究发现系统对于低氨氮废水的处理也有极大的潜力,当进水负荷降至0.147kg-N?m-3?d-1,进水氨氮为50mg?L-1时,平均ARE和TNR分别达到98%、85.4%,AOB、AnAOB都表现出较高的活性。（5）确定了该反应器运行的最适pH值为8.0,此时系统中AnAOB和AOB的活性最强,获得的ARE和TNR最高。反应器运行的最适温度范围为2530°C,期间NO3--Neff/△NH4+-N都稳定在理论值0.11附近,脱氮反应由PN/A主导。当温度为30°C时,平均ARE和TNR最高,分别为88.4%、78.1%。
刘亮霆[5]（2019）在《土壤氨氧化古菌的富集、特性及耐高氨氮机制研究》文中进行了进一步梳理氨氧化古细菌（AOA）在地球氮循环中发挥重要的作用,但其在农田及其他生态系统中对氨氧化的贡献,以及在这些生态系统中所扮演的角色尚不清晰,其中一因素是缺少足够可供研究的菌株。分离或富集的AOA菌株对于确认不同AOA谱系的生理特性至关重要,但是AOA富集或分离非常困难且耗时（平均2至3年）,国内外科学家经过了十几年的努力只得到了30余个AOA的培养物,这限制我们对AOA的认识。从环境中获得更多的AOA培养物对全面探索其在不同环境中的生态,生理学和基础生物化学具有重要的意义。本研究设计了一种从土壤中快速富集Nitrosocosmicus属AOA的“两步法”策略。首先,联用卡那霉素和氨苄青霉素作为抑制细菌的选择压力,并使用石英砂作为AOA细胞的附着载体。仅培养40-75天,即可获得丰度>20%的AOA富集物。在第二步中,选择环丙沙星和阿奇霉素的抗生素组合提高AOA的丰度。这两种抗生素能够针对生物膜并杀死聚集物中的细菌,仅培养一代,AOA在富集物中即可达高丰度（>90%）。按照两步法富集策略,在90-150天的富集时间内,从农田土壤中获得了3株AOA。系统发育分析表明,这些AOA属于土壤Group I.1b奇古菌中的Ca.Nitrosocosmicus属。对“两步法”的原理解析表明,氨苄青霉素与卡那霉素具有促进AOA形成生物膜的能力,有利于AOA附着在石英砂上;环丙沙星与阿奇霉素抑制AOA生物膜的形成,并且能抑制其胞外多糖的分泌。根据特性和来源将其中一株AOA命名为Candidatus Nitrosocosmicus agrestis。Ca.N.agrestis形态上是直径0.8-1.2μm的不规则球形,被较厚的胞外聚合物（Extracellular Polymeric Substances,EPS）包裹。在生理上该AOA在pH 6.0-8.0的范围中生长,μmax为0.033 h-1,最适温度37℃,最适盐度0-0.2%;耐受硝化抑制剂ATU,DCD,DMPP的能力强于AOB,但对NP敏感;有机物不能促进其氨氧化,但可以缓慢利用尿素。Ca.N.agrestis的基因组编码有氨氧化,碳固定,尿素利用,氨基酸合成及其他代谢途径的基因,还编码有碳水化合物酯酶,糖苷水解酶,以及多种有机物的转运通道,这些酶与多糖的合成,分泌以及分解有关,可能是生物膜形成与利用的基础。此外Ca.N.agrestis仅编码有一个低底物亲和力的铵离子通道Amt-2,并且其编码有亚细胞定位胞质的碳酸酐酶CA-β和CA-γ-2,而其他的类群的AOA只编码定位于周质的CA-γ-1。Ca.N.agrestis与其他的Ca.Nitrosocosmicus属的AOA普遍具有耐高氨氮的能力。但发现对于单个Ca.N.agrestis细胞,高氨氮不会明显抑制其氨氧化作用,但会明显抑制其蛋白质的合成效率。Ca.Nitrosocosmicus属的AOA都具有疑似多胺转运的DME通道,推测其耐氨氮机制可能是合成多胺再通过DME通道外排多胺,在此过程消耗的能量致使其合成蛋白质的量减少。利用相关基因在不同氨氮下的相对表达在转录水平上验证了该耐氨氮的机制。
杨墨[6]（2019）在《耐冷菌Janthinobacterium sp.M-11的异养硝化好氧反硝化特性及耐冷机制研究》文中进行了进一步梳理近年来,随着经济发展,生活污水和工业废水的排放量不断提高,地下水中的氮污染程度愈来愈严重。在冬季持续时间较长的寒冷地区,地表水的水温长期保持在0-2℃左右,传统的以自养硝化菌为核心的生物脱氮工艺难以对低温水体中的氮污染进行去除。相比于自养硝化细菌,异养细菌具有更优秀的环境适应能力,在低温下能保持较高的生长和代谢速率。本研究致力于筛选出具有高效脱氮性能的耐冷异养菌,对其脱氮性能进行全面考察,利用分子生物学技术深入探究其低温脱氮机制。新型耐冷脱氮菌的研究丰富了低温低污染水体处理手段,对寒冷地区的饮用水保障具有重要的意义。本研究从低温生物滤池的滤料中筛选出一株耐冷脱氮菌株M-11。通过形态观察,BIOLOG分析等手段及遗传学特征对M-11菌株进行鉴定,并考察多种环境因素对其脱氮性能及生长速率的影响。鉴定结果表明,该菌株为詹森菌属（Janthinobacterium）,2℃下35小时内能够对低浓度氨氮（5mg/L）实现98%以上的去除并伴有1mg/L氧化亚氮的生成。M-11菌株适合在中性及弱碱性条件下生长,适宜的碳源（丙三醇和葡萄糖）和较高的碳氮比有助于提高氨氮的去除效率。M-11菌株属于兼性厌氧菌,但厌氧条件下菌株生长和脱氮效率均受到一定抑制。厌氧条件下,M-11菌株的硝化过程基本停滞,细菌同化成为氨氮去除的主要途径。不同于已报道的好氧反硝化菌,M-11菌株在硝酸盐氮的好氧反硝化中并没有产生亚硝酸盐氮积累。相反在厌氧条件下,由于硝酸盐氮的转化效率提高,M-11菌株在进行厌氧硝酸盐氮反硝化过程中产生较为明显的亚硝酸盐氮积累。同时,在厌氧条件下,反硝化过程中氧化亚氮的生成量明显上升。全基因组测序结果表明,M-11菌株基因全长6,394,979bp,GC含量为62.36%,序列中存在两段CRISPR序列。COG,KEGG及GO功能注释结果表明M-11菌株的功能基因种类及数量均超过已报道的低温异养菌。M-11的基因序列中共含有34个基因岛,包含Tra C、Tra E及Tra L等多个可编码接合转移蛋白的功能基因。与NCBI数据库中五株詹森菌属菌株的共线性分析结果证明,M-11菌株与Janthinobacterium菌属中svalbardensis种菌株基因组具有最高的相似性。M-11菌株基因组中含有3个冷激蛋白编码基因,6个热激蛋白编码基因,能够提高M-11菌株对寒冷条件的适应能力。同时M-11基因序列中包含18个能够编码天冬氨酸,甘氨酸及甲硫氨酸等常见抗冻蛋白的功能基因,这些抗冻蛋白能够降低细胞催化过程所需催化能,进一步提高细菌在低温下的活性。不同温度下转录组结果显示,当温度从2℃上升至25℃时,基因表达差异性显着,上调基因数为122个,下调基因数为58个,热激蛋白基因表达量上调,防止蛋白因温度上升而凝结。低温条件下,趋化性相关基因模块表达明显,说明M-11菌株通过向有利于菌体生长的营养物环境移动,以提高其在低温条件下的生长和代谢速率。不同温度下运输蛋白相关基因表达差异性较大,说明M-11菌株能够通过改变运输蛋白种类保持其在低温条件下与外界环境正常的物质交换。当温度从25℃下降至2℃,M-11菌株细胞膜中不饱和脂肪酸和长链脂肪酸比例上升,降低了细胞膜整体的熔点,保持细胞膜在低温条件下的流动性和选择透过性。通过氮代谢通路分析和氨单加氧酶编码基因amo A的扩增结果发现,厌氧环境对于氨单加氧酶的抑制作用是M-11菌株硝化过程停滞的根本原因。在M-11菌株中同时扩增出可编码周质硝酸盐还原酶的基因nap A和厌氧硝酸盐还原酶的基因nar G,结合反硝化代谢通路可知,硝酸盐氮厌氧反硝化过程中,nar G基因优先表达,加快M-11菌对硝酸盐反硝化速率,因此产生了明显的亚硝酸盐积累。M-11菌株中的反硝化酶在好氧条件下受到溶解氧的抑制,导致反硝化效率下降,是好氧反硝化过程中氧化亚氮生成量降低的根本原因。连续流反应器结果表明,M-11菌株能够有效提高反应器对低温水体中氨氮的去除能力。连续运行80天后,接种菌种的反应器的氨氮浓度从1mg/L下降至0.6mg/L左右,而对照组无生物接种的反应器去除效率仅有8%。微生物群落结构结果表明,Janthinobacterium菌属成为了反应器中微生物系统中的优势种群,同时M-11菌株提升了反应器整体的生物群落多样性和生物量,提高了反应器内部微生物系统的稳定性。
田建军[7]（2019）在《传统发酵肉制品中微生物多样性、功能乳酸菌代谢产物及基因序列分析》文中研究表明传统发酵肉制品多为自然发酵,参与发酵的微生物主要来自原料和生产环境当中,环境条件和地区差异可以筛选和富集不同类型和代谢特征的菌群。受气候、人为操作等因素的影响,发酵肉制品菌群结构及其益生菌丰度往往存在明显不同,造就了发酵肉制品中微生物的多样性,也会导致产品品质的差异性。本文旨在探究传统发酵肉制品中微生物群落结构与优势菌分布情况对产品品质的影响,研究功能菌株的代谢特性、全基因组序列和基因功能,为肉制品发酵剂的开发与安全应用提供依据。从内蒙古、西藏和新疆采集了有代表性的发酵肉制品14种,根据地区差异以及发酵方式不同将其分为A、B、C、D四个不同类别,利用Illumina MiSeq测序技术,对样品中细菌16S rRNA基因进行高通量测序及序列分析。结果表明:不同地区传统自然发酵的A、B类样品和人为调控的C、D类样品中微生物群落多样性差异显着（P<0.01）。A和B类样品中厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）为优势菌门,所占比例都超过了 10%。C、D类样品中仅Firmicutes为优势菌群,所占比例高达92%,其中微生物丰度高的物种主要集中在Firmicutes的乳杆菌属（Lactobacillus）和Proteobacteria的假单胞菌属（Pseudomonas）。乳杆菌属多为食品中常见的益生乳酸菌,而假单胞菌属中包括大肠杆菌、沙门氏菌等病原菌。可见,自然发酵肉制品虽优势菌群丰富,但由于含有变形菌门的菌株,存在安全隐患。人工调控肉制品优势菌群仅有厚壁菌门的乳杆菌属,乳杆菌在发酵食品中已有广泛应用,可见传统发酵肉制品生产过程中利用益生乳酸菌进行人为调控势在必行。通过乳酸菌分离、纯化、鉴定技术,从自然发酵肉制品中分离出101株乳酸菌,经16S rDNA测序,NCBI同源序列对比,菌株分布于7个属14个种。经产生物胺试验、耐盐、耐亚硝酸盐、抑菌效果、降胆固醇能力、产脂肪酶能力筛选试验,从中筛选获得30株产生物胺阴性菌株,其中有10株耐盐、抑菌效果良好且具有一定的胆固醇降解能力,其中瑞士乳杆菌TR13、ZF22产脂肪酶的能力也比较强。分别用TR13、ZF22调制发酵剂制备发酵香肠,以自然发酵ZR组、添加脂肪分解酶M组、添加产脂肪酶能力弱的菌株TR14组和商业发酵剂302组为对照,分析菌株TR13、ZF22对发酵肉制品中氨基酸和脂肪酸的影响。结果表明,与0d相比,M组、TR13组和ZF22组中必需氨基酸（EAA）含量第12d开始上升（P<0.05）,ZR组和TR14组第24d时EAA含量上升（P<0.05）,可见产脂肪酶高的菌株TR13和ZF22能够促进EAA的产生。在发酵和4℃低温冷藏阶段,饱和脂肪酸（SFA）、单不饱和脂肪酸（MUFA）和多不饱和脂肪酸（PUFA）的含量均表现为上升趋势。TR13组在12d时MUFA、PUFA的含量分别增长了640.37%和54.17%,与其它试验组相比差异显着（P<0.05）。菌株TR13对发酵肉制品中代谢物质影响试验结果表明,在pos（正离子）和neg（负离子）模式下,代谢物二级鉴定结果分别为537和336种。由LC-MS色谱图和PCA主成分分析图可知,不同组分间代谢物差异显着（P<0.05）。表明原料肉经过微生物发酵,代谢物的丰度发生了明显变化,且受微生物种类影响显着。添加TR13菌株与自然发酵的肉制品相比发现75种物质含量显着增加（P<0.05）,其中28种肽类物质、8种酰基肉碱、卵磷脂和甘油磷酸胆碱的含量分别平均增加了4.79、2.38、2.97和2.68倍。通过PacBio和Illumina Hiseq测序平台,对菌株TR13进行了全基因组测序与功能基因注释,结果表明:菌株TR13基因组为环状分子,含1个染色体,序列总长度为2172224bp,无质粒基因,平均GC含量36.82%。编码基因（CDS No）2356个,总长度为1883532bp,占基因组百分比为86.71%。基因中包含15个rRNA操纵子、63个tRNA、202个启动子、水平转移元件基因岛17个和36个重复序列。包含1个前噬菌体,起始位置1798554bp,终止位置1828331bp,可能的噬菌体为NC006565。能够注释到GO信息的基因数目为1792个,包含了40种功能特性,占编码基因的76.1%。能够注释到COG信息的基因数目为1942个,占编码基因的82.43%。在KEGG数据库中共有1144个基因分别在代谢,遗传信息处理,环境信息处理,细胞过程,生物体系统,人类疾病6大功能35个通路上得到功能注释。菌株TR13在发酵香肠中的应用试验表明,菌株TR13与木糖葡萄球菌共培养,可促使香肠pH值、水分活度Aw降低,有效降低香肠中亚硝酸盐和饱和脂肪酸含量,干燥后期对PUFA释放起到一定作用。综上所述,传统发酵肉制品以厚壁菌门的乳杆菌属为优势菌,但所采集的样品中含有丰度值较高的变形菌门假单胞菌属的细菌,存在安全隐患,发酵过程中需要对菌群结构进行调控。优势菌分离株TR13具有抑菌、产脂肪酶等功能特性且发酵性能良好,进而从代谢组学和全基因序列开展研究,对编码基因进行功能注释,可为该菌株的产业化应用提供理论依据。
刘单[8]（2019）在《饮用中国绿茶对远端胃癌根治术后胃肠道功能恢复的影响的随机对照研究》文中研究表明研究目的:探究胃癌根治术后饮用中国绿茶对胃肠功能恢复及对术后并发症发生率的影响。研究背景:加速康复外科的理念的实践表明,胃切除术后早期经口进食可促进术后胃肠道功能恢复,且不增加吻合口瘘的发生率。然而,目前还没有早期经口进食的规范和指南。目前已知结肠术后饮用咖啡可加速肠道功能恢复,其机制为咖啡因对肠道的刺激作用。中国是绿茶的生产、消费大国,且绿茶中也含有咖啡因,除此之外,绿茶中的茶碱、儿茶素等物质具有抗感染、抗炎、抗氧化等作用。于是我们设计了一项试验,探讨远端胃大部切除术后饮用绿茶是否加速了患者胃肠功能的恢复。研究方法:患者术后第1天随机分为饮茶组和饮水组,我们选择了崂山绿茶,料液比为1:200,用80摄氏度的水冲泡5分钟,然后过滤并冷却到适宜的饮用温度,茶叶只冲泡一次。绿茶组（GT组）术后第1天给予500 ml,第2天至1000 ml,维持至出院。饮水组（PW组）给予相同体积的饮用水。试验期间不允许饮用其他饮料,包括苏打水、口服肠内营养制剂、牛奶、酸奶、咖啡和果汁。所有在试验中的病人都在建立标准化的术后强化康复计划。主要终点为胃肠功能恢复时间和固体食物耐受性,次要终点为术后并发症发生率、恶心、呕吐、腹泻、腹胀症状、术后住院时间、疼痛评分、视觉模拟评分、疲劳评分。同时,探讨胃肠激素、生化指标和炎症标志物的变化。研究结果:严格遵循CONSORT声明,最终饮茶组纳入38例,饮水组纳入39例。与饮水组相比,饮茶组首次排气时间、首次排便时间和固体食物耐受性明显缩短。饮茶组和饮水组首次肠音的平均时间分别为（23.39±9.03 vs.39.11±11.38,t=-6.706,P<0.001）;首次排气的平均时间分别为（47.23±13.46 vs.76.96±20.35,t=-7.580,P<0.001）;首次排便时间分别为（78.70±25.77 vs.125.76±36.25,t=-6.557,P<0.001）;固体食物耐受性的平均时间为（62.20±16.15 vs 98.66±20.15,t=-8.747,P<0.001）。术后住院时间GT组与PW组比较有显着性差异分别为（6.26±0.93 vs.7.05±1.01,t=-3.283,P<0.002）。饮茶组疼痛程度及术后疲劳程度明显低于饮水组。两组并发症无明显差异。研究结论:胃癌根治术后饮用中国绿茶可加快胃肠功能恢复,且不增加并发症发生率,未来可作为胃癌根治术后ERAS临床路径管理的措施之一。
陈成[9]（2019）在《基于1H NMR代谢组学方法评价天麻对慢性萎缩性胃炎的预防及治疗作用》文中提出慢性萎缩性胃炎（CAG）是世界范围内最常见的消化系统疾病之一,世界卫生组织将其定义为胃癌的初始阶段。天麻（Gastrodia elata Blume,GEB）是一种具有多种药理活性的传统草药,在亚洲国家被广泛应用。本研究旨在探讨自身免疫诱导的慢性萎缩性胃炎对大鼠体内代谢物产生的影响及评价天麻对慢性萎缩性胃炎的预防及治疗作用。在本次研究中,大鼠被分为6组,空白对照组（CON,生理盐水）、模型组（MCG,生理盐水）、预防给药组（PGE,0.4g/kg）、天麻高剂量组（HGE,0.4g/kg）、天麻低剂量组（LGE,0.1g/kg）和阳性药组（DOM,1mg/kg）。我们首次运用基于1H NMR的代谢组学方法辅以组织病理学检查对大鼠的胃组织进行分析,并测定MDA、SOD、GSH、NO、XOD等生化指标。结果表明天麻在0.4g/kg的剂量下对慢性萎缩性胃炎具有显着的治疗效果,它明显改善胃腺损伤及生化指标,促进胃酸分泌,明显减轻胃部炎症。大鼠胃组织的NMR谱图的正交信号校正-偏最小二乘-判别分析（OSC-PLS-DA）和相关网络分析表明,天麻通过调节能量和嘌呤代谢,发挥抗氧化和抗炎作用。在评价天麻不同极性部位药效的实验中,我们将天麻分为水部位,正丁醇部位,乙酸乙酯部位和石油醚部位四个极性部位,在0.4g/kg的剂量下评价不同极性部位对慢性萎缩性胃炎的治疗效果,代谢组学分析结果表明天麻的水部位和正丁醇部位提取物药效更好,据此我们推测天麻抗氧化和抗炎的有效成分集中在大极性部位。
赵萌萌[10]（2018）在《黄河兰州段枯水期和丰水期水体理化性质变化及细菌群落结构特征》文中指出中共十八大将生态文明建设写入“五位一体”战略布局,2018年全国人民代表大会将生态文明写入宪法,从而开启了中国生态文明建设的新征程。黄河是中国的母亲河,是西北、华北地区最重要的灌溉和饮用水资源,因此,其水环境安全关乎黄河流域经济社会发展与沿岸近2亿人口饮水安全。据多年《中国环境状况公报》中公布,黄河水质在我国七大江河中属中等偏下,COD和氨氮污染尤为严重,这说明人类活动已经严重影响黄河水环境安全。兰州是黄河上游乃至整个流域唯一一座河水穿城而过的重型工业省会城市,黄河水是目前兰州市民唯一的饮用水源,黄河兰州段水质如何?这一问题尚无科学评价。为此,本研究于2016-2017分别在黄河兰州段不同断面（刘家峡、新城桥、西固、七里河、中山桥、包兰桥、清城桥）枯水期和丰水期采集水样,采用16S rRNA高通量测序、功能基因高通量测序、荧光实时定量PCR的分子生物学研究方法和多变量统计分析方法,对黄河兰州段水体的常规理化性质、重金属含量进行定量分析,评价其健康风险和污染物来源,同时对水体细菌群落结构、消除氨氮污染的功能微生物群落结构及其与环境因子的相关性进行深入分析。结果发现:（1）黄河兰州段枯水期和丰水期、上游至下游不同样点的水环境状况均有明显差异。枯水期水质优于丰水期,上游水质较下游好,采样点周围的环境对黄河水环境影响十分显着。两个水期均有多项理化指标的平均含量超出国家标准。其中,五日生化需氧量、氨氮、亚硝态氮、总氮、粪大肠菌群、重金属汞超标比较普遍,丰水期重金属砷超标。健康风险评价显示水中As作为致癌物和非致癌物都存在较大的人体健康风险,Cr6+作为致癌物也存在健康风险。分析认为,沿河分布的工业企业、生活污水处理厂和人为活动是导致水质恶化的主要原因。（2）两个水期丰度较大的细菌类群为变形菌门（Proteobacteria）,拟杆菌门（Bacteroidetes）,蓝细菌门（Cyanobacteria）和放线菌门（Actinobacteria）,这些细菌类群在黄河兰州段不同季节、不同环境中的分布具有一定的特点。其中,Bacteroidetes和Actinobacteria在两个水期丰度均较大,而Proteobacteria在丰水期比枯水期丰度大将近1倍,Cyanobacteria在枯水期比丰水期丰度大近10倍。通过对影响上述细菌群落结构的因素进行分析再结合理化指标测定结果发现,细菌群落结构的变化对水质具一定指示作用,水中的氮、磷化合物会刺激细菌生长,使细菌群落多样性增加。（3）黄河兰州段水体中存在目前已知的三类氨氧化微生物,氨氧化古菌（AOA）、氨氧化细菌（AOB）和厌氧氨氧化细菌（Anammox）。相对定量和绝对定量结果都显示三类氨氧化微生物的群落多样性和基因丰度顺序为AOA>AOB>Anammox,这说明黄河兰州段存在的氨氧化微生物以AOA为主。在AOA中,丰度最大的细菌属为Nitrosopumilus,Nitrososphaera。Nitrosopumilus丰度较大与淡水中C/N较低有关,而Nitrososphaera数量较多则与较低的环境温度有关。研究中还发现大量的AOA不属于已发现的常见类群,说明黄河兰州段具有丰富的AOA种群资源。AOB中,丰度较大的细菌属为Nitrosospira,Nitrosomonas。其中Nitrosospira的丰度最大,而在污水处理系统、温泉等环境中丰度较大的Nitrosomonas在黄河兰州段却较少,可能是由于黄河兰州段水温偏低导致的。Anammox中丰度较大的细菌属有Candidatus Brocadia,Candidatus Scalindua和Candidatus Kuenenia,黄河兰州段以Candidatus Brocadia种群为主,说明Candidatus Brocadia在厌氧氨氧化过程中占主导。（4）5种重金属与氨氧化微生物群落基因丰度的相关性分析表明,重金属对AOA群落基因丰度的影响最显着,Anammox次之,AOB群落的基因丰度对重金属的响应不明显。AOA群落的基因丰度与5种重金属之间呈现出较显着的正相关性,Anammox群落与部分重金属（As、Cu、Pb）具一定正相关性,AOB除受到Cr6+较显着的抑制作用以外,与大部分重金属相关性不明显。As、Cu和Pb对三类氨氧化微生物的影响是相似的,它们的含量都与AOA和Anammox群落的基因丰度呈正相关,与AOB无明显相关性;Hg仅与AOA的丰度具正相关性;Cr6+较特殊,它在促进AOA生长的同时,对AOB有较明显的抑制作用。（5）细菌群落结构对环境因子变化较敏感,可作为水质检测的重要辅助手段,且测定相对简单;氨氧化功能微生物群落可以作为今后黄河水污染修复的重要途径和手段。上述研究结果为黄河流域生态文明建设和管理提供了科技依据。
二、胃幽门螺杆菌亚硝酸盐还原酶及亚硝胺合成酶活性的测定意义（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、胃幽门螺杆菌亚硝酸盐还原酶及亚硝胺合成酶活性的测定意义（论文提纲范文）
（1）慢性胃炎发展过程中胃内菌群结构分析及Helicobacter pylori拮抗菌株筛选（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 胃内微生物概述 |
| 1.1.1 胃及胃内微生物研究现状 |
| 1.1.2 胃内微生物功能 |
| 1.1.3 胃内微生物的影响因素 |
| 1.2 慢性胃炎 |
| 1.2.1 慢性胃炎的种类 |
| 1.2.2 慢性胃炎的发展 |
| 1.2.3 慢性胃炎发病诱因 |
| 1.3 Helicobacter pylori与胃微生物群 |
| 1.3.1 Helicobacter pylori简介 |
| 1.3.2 Helicobacter pylori感染 |
| 1.3.3 Helicobacter pylori对胃内微生物群落构成的影响 |
| 1.4 Helicobacter pylori与慢性胃炎 |
| 1.4.1 Helicobacter pylori与胃炎的发生和发展 |
| 1.4.2 Helicobacter pylori引起胃炎的主要机制 |
| 1.5 Helicobacter pylori的治疗现状 |
| 1.5.1 药物治疗 |
| 1.5.2 胃内微生物与Helicobacter pylori的治疗 |
| 1.6 本课题立项依据及研究内容 |
| 第二章 胃内微生物的高通量测序分析 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 研究对象及分组 |
| 2.1.2 研究对象纳入和排除标准 |
| 2.1.3 实验试剂 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 制定并填写知情同意书 |
| 2.2.2 胃黏膜样本的取材和处理 |
| 2.2.3 16S rRNA基因高通量测序 |
| 2.2.4 生物信息学分析 |
| 2.3 实验结果与分析 |
| 2.3.1 研究对象的人口学数据及临床资料 |
| 2.3.2 慢性非萎缩性胃炎组测序数据分析 |
| 2.3.3 慢性萎缩性胃炎组测序数据分析 |
| 2.3.4 健康对照组测序数据分析 |
| 2.3.5 慢性胃炎组和健康对照组胃内微生物群落构成比对分析 |
| 2.3.6 PICRUSt2功能预测分析 |
| 2.4 本章小结 |
| 第三章 胃内微生物的分离培养及与Helicobacter pylori相互作用菌株的筛选 |
| 3.1 实验材料 |
| 3.1.1 研究对象及分组 |
| 3.1.2 培养基和实验试剂 |
| 3.2 实验方法 |
| 3.2.1 胃黏膜样品的取样和预处理 |
| 3.2.2 样品稀释涂布培养及富集培养 |
| 3.2.3 细菌的分离纯化 |
| 3.2.4 菌株16S rRNA序列的PCR鉴定 |
| 3.2.5 Helicobacter pylori共培养菌株的筛选 |
| 3.2.6 筛选菌株与Helicobacter pylori共培养 |
| 3.3 实验结果与分析 |
| 3.3.1 可培养细菌的多样性分析 |
| 3.3.2 可培养细菌与Helicobacter pylori的固体平板共培养 |
| 3.3.3 Helicobacter pylori拮抗菌株与Helicobacter pylori共培养的形态学观察 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 Helicobacter pylori拮抗菌的基因组分析 |
| 4.1 实验材料 |
| 4.1.1 实验菌株 |
| 4.1.2 实验试剂和仪器 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 拮抗菌的基因组测序 |
| 4.2.2 拮抗菌的基因组分析 |
| 4.3 实验结果与分析 |
| 4.3.1 基因组基本特征 |
| 4.3.2 GO注释统计 |
| 4.3.3 COG数据库注释 |
| 4.3.4 KEGG通路分析 |
| 4.3.5 耐药基因预测 |
| 4.3.6 毒力基因检测 |
| 4.3.7 病原菌与宿主互作分析 |
| 4.3.8 次级代谢产物合成分析 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 本章小结 |
| 第五章 总结与展望 |
| 5.1 总结 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 资助情况 |
| 攻读学位期间发表和撰写的学术论文目录 |
| 学位论文评阅及办情况表 |
（2）基于网络药理学方法研究附子理中汤治疗晚期胃癌的作用机制（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| abstract |
| 引言 |
| 1 文献研究 |
| 1.1 中医病因病机 |
| 1.2 西医发病机制 |
| 1.3 晚期胃癌的中西医治疗概述 |
| 1.4 附子理中汤对晚期胃癌的作用 |
| 2 数据分析与成果讨论 |
| 2.1 资料与方法 |
| 2.2 结果 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 结论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 晚期胃癌的中西医治疗进展 |
| 1 中西医对晚期胃癌的认识 |
| 1.1 中医病因病机 |
| 1.2 西医发病机制 |
| 2 中西医治疗晚期胃癌 |
| 2.1 中医治疗 |
| 2.2 西医治疗 |
| 2.3 中西医联合治疗 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（3）基于胃内菌群及lncRNA-mRNA互作探究慢痞消防治慢性胃炎炎癌转化的机制（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号说明 |
| 第一部分 文献综述 |
| 综述一 胃内菌群在慢性胃炎炎癌转化中的研究进展 |
| 1 慢性胃炎炎癌转化胃内菌群的特征 |
| 2 幽门螺杆菌与非幽门螺杆菌在慢性胃炎炎癌转化中的作用 |
| 3 影响慢性胃炎炎癌转化胃内菌群的因素 |
| 4 lncRNA-mRNA互作对菌群与宿主的调控作用 |
| 5 基于胃内菌群的慢性胃炎炎癌转化防控策略 |
| 6 小结 |
| 参考文献 |
| 综述二 中医药防治慢性胃炎炎癌转化的研究进展 |
| 1 中医对慢性胃炎炎癌转化的认识及优势 |
| 2 中医药辨治慢性胃炎炎癌转化的思路 |
| 3 中医药防治慢性胃炎炎癌转化的机制 |
| 4 基于菌群的中医药药效机制研究进展 |
| 5 基于lncRNA-mRNA互作的中医药药效机制研究进展 |
| 6 小结 |
| 参考文献 |
| 前言 |
| 第二部分 实验研究 |
| 实验一 慢性胃炎炎癌转化动物模型的建立及慢痞消干预实验 |
| 1 材料与方法 |
| 2 研究结果 |
| 3 讨论 |
| 实验二 基于胃内菌群探究慢痞消防治慢性胃炎炎癌转化的机制 |
| 1 材料与方法 |
| 2 研究结果 |
| 3 讨论 |
| 实验三 基于lncRNA-mRNA互作探究慢痞消防治慢性胃炎炎癌转化的机制 |
| 1 材料与方法 |
| 2 研究结果 |
| 3 讨论 |
| 结语 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 在学期间主要研究成果 |
（4）单级填料床亚硝化-厌氧氨氧化工艺快速启动及影响因素研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 氨氮废水的来源与危害 |
| 1.2 废水中氮素的生物处理方法 |
| 1.3 亚硝化-厌氧氨氧化自养脱氮技术概述 |
| 1.4 污水脱氮微生物及功能基因研究 |
| 1.5 研究目的和意义 |
| 1.6 研究内容与技术路线 |
| 2 试验材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.2 接种污泥与实验用水 |
| 2.3 主要分析项目与检测方法 |
| 2.4 试验所用仪器与试剂 |
| 3 单级PN/A填料床反应器的快速启动 |
| 3.1 运行方式 |
| 3.2 启动过程氮素的去除特性 |
| 3.3 系统稳定阶段沿程氮素和pH变化 |
| 3.4 填料床反应动力学研究 |
| 3.5 本章小结 |
| 4 单级PN/A自养脱氮系统脱氮潜力与脱氮途径分析 |
| 4.1 实验方法 |
| 4.2 微生物种群结构特征分析 |
| 4.3 脱氮潜力分析 |
| 4.4 脱氮途径分析 |
| 4.5 本章小结 |
| 5 单级PN/A填料床反应器脱氮性能影响因素研究 |
| 5.1 实验方法 |
| 5.2 进水负荷变化对PN/A自养脱氮系统的稳定性的影响 |
| 5.3 进水pH值变化对PN/A自养脱氮系统稳定性的影响 |
| 5.4 反应温度变化对PN/A自养脱氮系统稳定性的影响 |
| 5.5 本章小结 |
| 6 结论与建议 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 建议 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
| 学位论文数据集 |
（5）土壤氨氧化古菌的富集、特性及耐高氨氮机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 氮循环与农田生态系统 |
| 1.1.1 氮循环 |
| 1.1.2 氮循环中的微生物 |
| 1.1.3 农田生态系统中的氮循环与氮损失 |
| 1.1.4 氮肥损失的危害 |
| 1.1.5 农田生态系统中的硝化作用与硝化微生物 |
| 1.2 氨氧化古菌(AOA)的发现及分布 |
| 1.2.1 AOA的发现过程——非培养阶段 |
| 1.2.2 AOA的发现过程——培养阶段 |
| 1.2.3 AOA的分布 |
| 1.2.4 土壤中的AOA |
| 1.3 AOA的分类与特性 |
| 1.3.1 古菌的分类与奇古菌门 |
| 1.3.2 氨氧化古菌的分类 |
| 1.4 AOA的特性 |
| 1.4.1 AOA的生理学特性 |
| 1.4.2 AOA的基因组 |
| 1.5 氨氧化古菌的研究方法 |
| 1.5.1 基于环境的调查与实验室培养 |
| 1.5.2 系统发育研究 |
| 1.5.3 基因组研究 |
| 1.5.4 富集以及分离培养 |
| 1.6 研究意义与内容 |
| 1.6.1 研究意义 |
| 1.6.2 研究内容 |
| 第二章 土壤氨氧化古菌的富集策略——两步法 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 富集土壤样品 |
| 2.2.2 理化性质测定 |
| 2.2.3 基因组DNA提取 |
| 2.2.4 PCR、克隆及测序 |
| 2.2.5 扩增子测序 |
| 2.2.6 富集培养 |
| 2.2.7 绝对定量PCR |
| 2.2.8 荧光原位杂交(FISH) |
| 2.2.9 扫描电镜 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 广州地区农田土壤AOA群落分析及富集样品选择 |
| 2.3.2 不同抗生素对富集起始阶段的影响 |
| 2.3.3 确定AOA富集物的传代方式 |
| 2.3.4 第一步——快速获得高浓度的AOA富集物 |
| 2.3.5 第二步——快速获得高丰度的AOA富集物 |
| 2.3.6 富集物中AOA的鉴定 |
| 2.3.7 两步富集策略的验证 |
| 2.3.8 两步富集AOA策略的原理 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 Candidatus Nitrosocosmicus agrestis的形态,生理及生化特性研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 AOA种子准备及接种方法 |
| 3.2.2 AOA生理生化实验 |
| 3.2.3 AOA形态观察 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 Ca. Nitrosocosmicus agrestis的形态特征 |
| 3.3.2 Ca. Nitrosocosmicus agrestis的氨氧化及生长特性 |
| 3.3.3 温度与NaCl浓度对Ca. Nitrosocosmicus agrestis的氨氧化的影响 |
| 3.3.4 亚硝酸盐浓度对Ca. Nitrosocosmicus agrestis的氨氧化的影响 |
| 3.3.5 氨氮与pH对Ca. Nitrosocosmicus agrestis的氨氧化的影响 |
| 3.3.6 尿素对Ca. Nitrosocosmicus agrestis的氨氧化的影响 |
| 3.3.7 氰酸盐对Ca. Nitrosocosmicus agrestis的氨氧化的影响 |
| 3.3.8 有机碳源对Ca. Nitrosocosmicus agrestis的氨氧化的影响 |
| 3.3.9 氨氧化抑制剂对Ca. Nitrosocosmicus agrestis的氨氧化的影响 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 Candidatus Nitrosocosmicus agrestis基因组的解析 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 SS富集物的宏基因组测序样品准备 |
| 4.2.2 宏基因组文库构建及测序 |
| 4.2.3 宏基因组数据分析 |
| 4.3 结果与讨论 |
| 4.3.1 富集物宏基因组DNA样品的准备 |
| 4.3.2 宏基因组数据处理 |
| 4.3.3 基于ANI及标记基因的进化分析 |
| 4.3.4 Ca. Nitrosocosmicus agrestis基因组基本信息 |
| 4.3.5 Ca. Nitrosocosmicus agrestis的代谢途径及其他功能总览 |
| 4.3.6 Ca. Nitrosocosmicus agrestis的能量代谢 |
| 4.3.7 Ca. Nitrosocosmicus agrestis的谢 |
| 4.3.8 Ca. Nitrosocosmicus agrestis的氮代谢 |
| 4.3.9 Ca. Nitrosocosmicus agrestis的碳水化合物活性酶(CAZy) |
| 4.3.10 Ca. Nitrosocosmicus agrestis的转运蛋白 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 Candidatus Nitrosocosmicus agrestis的耐氨氮机制研究 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 不同氨氮浓度下的AOA培养 |
| 5.2.2 RNA提取及反转录 |
| 5.2.3 相对荧光定量PCR |
| 5.2.4 蛋白质提取与定量 |
| 5.2.5 培养基上清液中的多胺成分分析 |
| 5.3 结果与讨论 |
| 5.3.1 基于基因组信息分析Ca. Nitrosocosmicus agrestis的耐氨氮机制 |
| 5.3.2 氨氮代谢相关基因的表达分析 |
| 5.3.3 不同氨氮下的能量利用分析 |
| 5.3.4 不同氨氮下的分析多胺释放量分析 |
| 5.3.5 Ca. Nitrosocosmicus agrestis耐氨氮机制的生态意义 |
| 5.4 小结 |
| 结论与展望 |
| 结论 |
| 创新之处 |
| 展望 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
| 附件 |
（6）耐冷菌Janthinobacterium sp.M-11的异养硝化好氧反硝化特性及耐冷机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 研究背景及意义 |
| 1.1.1 氮污染主要来源和危害 |
| 1.1.2 低温微污染水体处理技术研究现状 |
| 1.2 传统生物脱氮技术 |
| 1.2.1 自养硝化菌 |
| 1.2.2 厌氧反硝化菌 |
| 1.3 新型生物脱氮技术 |
| 1.3.1 异养硝化好氧反硝化菌 |
| 1.3.2 异养硝化好氧反硝化菌关键酶及功能基因 |
| 1.3.3 影响异养硝化好氧反硝化菌脱氮效率的环境因素 |
| 1.4 詹森菌属及耐冷机制研究现状 |
| 1.4.1 詹森菌属研究现状 |
| 1.4.2 耐冷机制研究 |
| 1.5 主要研究内容和技术路线 |
| 1.5.1 主要研究内容 |
| 1.5.2 技术路线 |
| 第2章 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 耐冷菌种来源 |
| 2.1.2 培养基的配置 |
| 2.2 实验仪器和药品 |
| 2.2.1 实验仪器 |
| 2.2.2 实验药品 |
| 2.3 实验装置和运行条件 |
| 2.3.1 中试实验装置 |
| 2.3.2 小试实验装置 |
| 2.3.3 厌氧反应装置 |
| 2.4 实验方法 |
| 2.4.1 耐冷脱氮菌的筛选 |
| 2.4.2 耐冷脱氮菌的生理生化鉴定 |
| 2.4.3 耐冷脱氮菌的遗传学分类鉴定 |
| 2.4.4 异养硝化好氧反硝化关键酶基因分析 |
| 2.4.5 全基因组测序及基因注释 |
| 2.4.6 微生物群落结构分析 |
| 2.4.7 原核转录组分析 |
| 2.4.8 脂肪酸含量分析 |
| 2.5 实验主要分析指标和方法 |
| 2.5.1 主要水质指标 |
| 2.5.2 二氧化碳和甲烷分析 |
| 2.5.3 氧化亚氮含量分析 |
| 第3章 耐冷菌种的筛选鉴定及低温异养硝化好氧反硝化特性研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 中试反应器的运行和耐冷脱氮菌的筛选 |
| 3.2.1 中试反应器的运行效果 |
| 3.2.2 耐冷脱氮菌的筛选 |
| 3.3 耐冷脱氮菌的生理生化鉴定 |
| 3.3.1 菌株表观形貌鉴定 |
| 3.3.2 BIOLOG碳源鉴定系统 |
| 3.4 耐冷脱氮菌的遗传学鉴定 |
| 3.5 M-11菌的低温脱氮过程和性能研究 |
| 3.6 环境因子对M-11菌株生长和氨氮去除能力的影响 |
| 3.6.1 温度对M-11菌株的生长和氨氮去除能力的影响 |
| 3.6.2 初始pH对M-11菌株的生长和氨氮去除能力的影响 |
| 3.6.3 碳源对M-11菌株的生长和氨氮去除能力的影响 |
| 3.6.4 碳氮比对M-11菌的生长和氨氮去除能力的影响 |
| 3.6.5 溶解氧对M-11的氨氮去除能力的影响 |
| 3.7 好氧和厌氧条件下M-11菌株的硝化和反硝化特性 |
| 3.7.1 好氧和厌氧条件下M-11菌株的硝化特性 |
| 3.7.2 好氧和厌氧条件下M-11菌株的反硝化特性 |
| 3.8 本章小结 |
| 第4章 M-11菌株的耐冷机制和异养硝化好氧反硝化机制研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 菌株M-11全基因组分析 |
| 4.2.1 菌株M-11全基因组基本特征 |
| 4.2.2 菌株M-11基因功能注释 |
| 4.2.3 菌株M-11的基因组共线性分析 |
| 4.2.4 菌株M-11基因岛分析 |
| 4.3 菌株M-11耐冷机制研究 |
| 4.3.1 菌株M-11耐冷基因解析 |
| 4.3.2 菌株M-11不同温度下转录组分析 |
| 4.3.3 菌株M-11不同温度下细胞膜脂肪酸组成的变化 |
| 4.4 M-11菌株异养硝化好氧反硝化机制研究 |
| 4.4.1 菌株M-11异养硝化机制研究 |
| 4.4.2 菌株M-11好氧反硝化机制研究 |
| 4.5 本章小结 |
| 第5章 M-11菌株在连续流反应器中的低温异养硝化好氧反硝化能力研究 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 M-11菌对低温水体中氨氮的去除效果 |
| 5.2.1 M-11菌的负载 |
| 5.2.2 反应器脱氮效能和生物活性变化 |
| 5.2.3 反应器的微生物群落结构分析 |
| 5.2.4 反应器出水安全性评价 |
| 5.3 温度对M-11菌株对实际水体的脱氮能力的影响 |
| 5.3.1 10℃下反应器对氨氮去除效果 |
| 5.3.2 10℃下反应器微生物群落结构分析 |
| 5.4 本章小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间发表的论文及其它成果 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（7）传统发酵肉制品中微生物多样性、功能乳酸菌代谢产物及基因序列分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 1 引言 |
| 1.1 肉与肉制品 |
| 1.1.1 传统发酵肉制品 |
| 1.1.2 发酵肉制品中的活性物质 |
| 1.2 益生菌与发酵肉制品 |
| 1.3 乳酸菌 |
| 1.4 发酵食品中的乳酸菌 |
| 1.5 发酵肉制品中的乳酸菌 |
| 1.6 发酵肉制品的生态学研究 |
| 1.7 LC-MS代谢组学研究 |
| 1.8 功能菌株全基因组序列分析 |
| 1.9 研究的目的及意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 传统发酵肉制品的采集 |
| 2.1.2 发酵香肠的制备 |
| 2.2 主要仪器、试剂 |
| 2.2.1 主要仪器 |
| 2.2.2 主要试剂 |
| 2.3 试验设计 |
| 2.3.1 发酵肉制品微生物多样性分析 |
| 2.3.2 乳酸菌的筛选及生物学特性分析 |
| 2.3.3 乳酸菌对发酵肉制品氨基酸和脂肪酸的影响 |
| 2.3.4 乳酸菌代谢组学分析 |
| 2.3.5 瑞士乳杆菌TR13全基因组测序及功能基因注释 |
| 2.3.6 TR13对发酵肉制品品质特性的影响 |
| 2.4 试验方法 |
| 2.4.1 样本DNA抽提与检测 |
| 2.4.2 细菌MiSeq测序 |
| 2.4.3 微生物多样性分析 |
| 2.4.4 乳酸菌分离样品的处理 |
| 2.4.5 乳酸菌的分离、纯化 |
| 2.4.6 乳酸菌属的初步鉴定 |
| 2.4.7 乳酸菌供试菌液的调制 |
| 2.4.8 乳酸菌产酸能力的判定 |
| 2.4.9 乳酸菌分子生物学鉴定 |
| 2.4.10 乳酸菌产生物胺的测定 |
| 2.4.11 乳酸菌耐盐、耐亚硝酸盐特性 |
| 2.4.12 乳酸菌抑菌效果测定 |
| 2.4.13 乳酸菌降胆固醇能力测定 |
| 2.4.14 乳酸菌产脂肪酶能力的测定 |
| 2.4.15 氨基酸的测定 |
| 2.4.16 脂肪酸的测定 |
| 2.4.17 乳酸菌代谢组学分析 |
| 2.4.18 瑞士乳杆菌TR13全基因组学分析 |
| 2.4.19 理化指标测定 |
| 2.5 分析软件 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 自然发酵肉制品微生物多样性分析 |
| 3.1.1 物种信息分析 |
| 3.1.2 多样性指数分析 |
| 3.1.3 优势菌的群落结构与微生物安全性分析 |
| 3.1.4 样本与物种关系分析 |
| 3.1.5 样本菌群分型分析 |
| 3.1.6 物种差异分析 |
| 3.1.7 乳酸菌功能预测 |
| 3.1.8 小结 |
| 3.2 自然发酵肉制品中乳酸菌的分离、筛选及生物学特性分析 |
| 3.2.1 乳酸菌的分离、鉴定 |
| 3.2.2 产生物胺阴性菌株的筛选 |
| 3.2.3 耐盐、耐亚硝酸盐菌株的筛选 |
| 3.2.4 乳酸菌抑菌效果试验 |
| 3.2.5 降胆固醇菌株的筛选 |
| 3.2.6 产脂肪酶菌株的筛选 |
| 3.2.7 不同因素对脂肪酶活性的影响 |
| 3.2.8 小结 |
| 3.3 乳酸菌对发酵肉制品氨基酸和脂肪酸的影响 |
| 3.3.1 乳酸菌对氨基酸的影响 |
| 3.3.2 乳酸菌对脂肪酸组成的影响 |
| 3.3.3 小结 |
| 3.4 代谢组学结果与分析 |
| 3.4.1 LC-MS色谱图分析 |
| 3.4.2 代谢物检测、鉴定与注释分析 |
| 3.4.3 二级鉴定代谢物的分类 |
| 3.4.4 发酵肉样代谢组学比较分析 |
| 3.4.5 Con2与Con1的代谢组学比较 |
| 3.4.6 Test2与Con2的代谢组学比较 |
| 3.4.7 部分代谢差异物鉴定与分析 |
| 3.4.8 小结 |
| 3.5 全基因组测序分析 |
| 3.5.1 基因组组装与预测 |
| 3.5.2 串联重复序列预测 |
| 3.5.3 基因组的功能注释 |
| 3.5.4 基因启动子预测 |
| 3.5.5 可移动元件分析 |
| 3.5.6 基因组圈图分析 |
| 3.5.7 小结 |
| 3.6 TR13对发酵香肠品质特性的影响 |
| 3.6.1 对pH值的影响 |
| 3.6.2 对Aw的影响 |
| 3.6.3 对亚硝酸盐的影响 |
| 3.6.4 对蛋白质分解指数的影响 |
| 3.6.5 对游离脂肪酸的影响 |
| 3.6.6 小结 |
| 4 讨论 |
| 4.1 自然发酵肉制品微生物多样性分析 |
| 4.2 乳酸菌的分离、筛选及生物学特性分析 |
| 4.3 乳酸菌对发酵肉制品氨基酸和脂肪酸的影响 |
| 4.4 代谢组学结果与分析 |
| 4.5 TR13全基因组学分析 |
| 4.6 TR13对发酵香肠品质特性的影响 |
| 5 结论 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
| 附录 |
（8）饮用中国绿茶对远端胃癌根治术后胃肠道功能恢复的影响的随机对照研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 引言 |
| 1 胃癌概况 |
| 2.加速康复外科概况 |
| 3.中国绿茶研究概况 |
| 第一章 研究方案 |
| 1.研究目的 |
| 2.研究设计 |
| 3.研究人群 |
| 4.治疗方案 |
| 5.临床评价 |
| 6.统计分析 |
| 7.知情同意 |
| 8.临床注册与伦理支持 |
| 第二章 研究结果 |
| 1.患者基本病理学资料 |
| 2.手术及麻醉相关资料 |
| 3.手术后并发症 |
| 4.主要结局指标 |
| 5.住院天数及不良反应 |
| 6.镇痛效果 |
| 7.术后疲劳 |
| 8.胃肠道激素 |
| 9.生化指标 |
| 10.炎性标志物 |
| 11.不良事件 |
| 第三章 讨论 |
| 第四章 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 综述参考文献 |
| 攻读学位期间发表的论文及获奖情况 |
| 致谢 |
（9）基于1H NMR代谢组学方法评价天麻对慢性萎缩性胃炎的预防及治疗作用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1 绪论 |
| 1.1 天麻概述 |
| 1.2 天麻的化学成分 |
| 1.3 天麻的药理研究 |
| 1.3.1 抗惊厥与抗癫痫作用 |
| 1.3.2 镇静催眠作用 |
| 1.3.3 镇痛作用 |
| 1.3.4 对心脑血管的作用 |
| 1.3.5 增强免疫力 |
| 1.3.6 促智及延缓衰老作用 |
| 1.3.7 抗炎作用 |
| 1.3.8 其它作用 |
| 1.3.9 毒副作用 |
| 1.4 慢性萎缩性胃炎概述 |
| 1.4.1 慢性萎缩性胃炎的类型及病因 |
| 1.4.2 慢性萎缩性胃炎的药物治疗现状 |
| 1.5 代谢组学研究进展 |
| 1.5.1 代谢组学简介 |
| 1.5.2 代谢组学研究对象与检测技术 |
| 1.5.3 代谢组学分析方法 |
| 1.5.4 代谢组学在药效评价中的应用 |
| 1.6 本文研究内容及意义 |
| 2 天麻对于慢性萎缩性胃炎的药效评价实验 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 试剂与仪器 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 天麻的提取 |
| 2.2.2 实验动物和实验条件 |
| 2.2.3 动物模型的选择和建立 |
| 2.2.4 实验设计 |
| 2.2.5 组织病理学研究 |
| 2.2.6 胃酸测定 |
| 2.2.7 生化指标检测 |
| 2.2.8 核磁样品制备及测试 |
| 2.2.9 ~1H NMR数据的预处理 |
| 2.2.10 代谢物指认 |
| 2.2.11 多元统计分析 |
| 2.2.12 单变量分析 |
| 2.2.13 代谢相关网络分析 |
| 2.3 实验结果 |
| 2.3.1 大鼠体重变化 |
| 2.3.2 大鼠胃酸含量的变化 |
| 2.3.3 组织病理学检查 |
| 2.3.4 生化指标 |
| 2.3.5 代谢物归属 |
| 2.3.6 多元统计分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 氧化应激 |
| 2.4.2 能量代谢 |
| 2.4.3 嘌呤代谢 |
| 2.4.4 抗炎活性的研究 |
| 2.4.5 相关网络分析 |
| 2.5 天麻不同极性部位的药效评价 |
| 2.6 总结 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
（10）黄河兰州段枯水期和丰水期水体理化性质变化及细菌群落结构特征（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 主要缩略词表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 立题依据 |
| 1.1.1 水资源概况 |
| 1.1.2 黄河水环境概况 |
| 1.1.3 水体氮素污染危害 |
| 1.1.4 水体重金属污染危害 |
| 1.1.5 水质分析在环境管理中的作用 |
| 1.2 水体中的微生物 |
| 1.2.1 细菌在水体中的作用 |
| 1.2.2 细菌群落结构变化在水质分析中的作用 |
| 1.3 微生物在水体氮循环中的作用 |
| 1.3.1 氮的固定 |
| 1.3.2 氨化作用 |
| 1.3.3 硝化作用 |
| 1.3.4 反硝化作用 |
| 1.3.5 厌氧氨氧化作用 |
| 1.4 水中重金属与微生物的相互作用 |
| 1.4.1 微生物对水体重金属的吸附作用 |
| 1.4.2 微生物对水体重金属的迁移转化作用 |
| 1.5 高通量测序技术在微生物生态研究中的应用 |
| 1.5.1 基于16S r RNA的高通量测序 |
| 1.5.2 基于功能基因的高通量测序 |
| 1.6 本论文的目的、意义和主要内容 |
| 1.6.1 研究的目的和意义 |
| 1.6.2 研究内容 |
| 1.6.3 技术路线 |
| 第二章 基于物理化学性质的黄河兰州段水质分析 |
| 2.1 引言 |
| 2.1.1 水体污染及监测评价 |
| 2.1.2 基于水质指数(WQI)的水质评价 |
| 2.1.3 基于健康风险的水质安全评价 |
| 2.1.4 污染物聚类分析 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 样品采集 |
| 2.2.2 主要仪器 |
| 2.2.3 主要试剂 |
| 2.2.4 理化指标分析方法 |
| 2.2.5 改进的水质指数(WQI)计算 |
| 2.2.6 人体健康风险评价 |
| 2.2.7 统计分析 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 基于理化指标的水质评价 |
| 2.3.2 基于改进后水质指数(WQI)的水质评价 |
| 2.3.3 基于人体健康风险的水质安全评价 |
| 2.3.4 污染物聚类分析及来源解析 |
| 2.4 本章小结 |
| 第三章 黄河兰州段细菌群落结构及其分布特征 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 样品采集和DNA提取 |
| 3.2.2 PCR扩增和16S rRNA高通量测序 |
| 3.2.3 主要仪器 |
| 3.2.4 主要试剂 |
| 3.2.5 DNA序列分析方法及登录号 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 细菌群落结构分析 |
| 3.3.2 细菌群落多样性分析 |
| 3.3.3 细菌群落结构与环境因子相关性分析 |
| 3.3.4 基于浮游细菌系统多样性的水质评价 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 氨氧化微生物的群落结构及物种丰富度 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 样品采集和DNA提取 |
| 4.2.2 PCR扩增和功能基因高通量测序 |
| 4.2.3 荧光实时定量PCR(q PCR) |
| 4.2.4 主要仪器 |
| 4.2.5 主要试剂 |
| 4.2.6 DNA序列分析方法及登录号 |
| 4.3 结果与讨论 |
| 4.3.1 氨氧化古菌(AOA)群落结构及系统发育分析 |
| 4.3.2 氨氧化细菌(AOB)群落结构及系统发育分析 |
| 4.3.3 厌氧氨氧化细菌(Anammox)群落结构及系统发育分析 |
| 4.3.4 氨氧化细菌群落多样性和基因拷贝数与环境因子相关性分析 |
| 4.4 本章小结 |
| 第五章 重金属对氨氧化微生物群落结构的影响 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 样品采集和DNA提取 |
| 5.2.2 荧光实时定量PCR(q PCR)引物和反应条件 |
| 5.2.3 重金属含量测定 |
| 5.2.4 主要仪器 |
| 5.2.5 主要试剂 |
| 5.2.6 主要分析方法 |
| 5.3 结果与讨论 |
| 5.3.1 重金属含量 |
| 5.3.2 氨氧化微生物基因丰度 |
| 5.3.3 重金属与氨氧化微生物群落的相关性 |
| 5.4 小结 |
| 结论与展望 |
| 1.主要研究结论 |
| 2.本论文的创新之处 |
| 3.展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间研究成果 |
四、胃幽门螺杆菌亚硝酸盐还原酶及亚硝胺合成酶活性的测定意义（论文参考文献）
- [1]慢性胃炎发展过程中胃内菌群结构分析及Helicobacter pylori拮抗菌株筛选[D]. 王超楠. 山东大学, 2021(12)
- [2]基于网络药理学方法研究附子理中汤治疗晚期胃癌的作用机制[D]. 熊佳惠. 广西中医药大学, 2020(02)
- [3]基于胃内菌群及lncRNA-mRNA互作探究慢痞消防治慢性胃炎炎癌转化的机制[D]. 李依聪. 北京中医药大学, 2020(04)
- [4]单级填料床亚硝化-厌氧氨氧化工艺快速启动及影响因素研究[D]. 谢雅琪. 中国矿业大学, 2020(01)
- [5]土壤氨氧化古菌的富集、特性及耐高氨氮机制研究[D]. 刘亮霆. 华南理工大学, 2019(06)
- [6]耐冷菌Janthinobacterium sp.M-11的异养硝化好氧反硝化特性及耐冷机制研究[D]. 杨墨. 哈尔滨工业大学, 2019(01)
- [7]传统发酵肉制品中微生物多样性、功能乳酸菌代谢产物及基因序列分析[D]. 田建军. 内蒙古农业大学, 2019(08)
- [8]饮用中国绿茶对远端胃癌根治术后胃肠道功能恢复的影响的随机对照研究[D]. 刘单. 青岛大学, 2019(02)
- [9]基于1H NMR代谢组学方法评价天麻对慢性萎缩性胃炎的预防及治疗作用[D]. 陈成. 南京理工大学, 2019(06)
- [10]黄河兰州段枯水期和丰水期水体理化性质变化及细菌群落结构特征[D]. 赵萌萌. 兰州交通大学, 2018(03)