一、Comparative Mapping of Cotton and Arabidopsis（论文文献综述）
王海燕,龚志云,蒋甲福,周宝良,娄群峰,曹清河,席梦利,陈佩度,顾铭洪,张天真,陈发棣,陈劲枫,李宗芸,王秀娥[1]（2021）在《江苏省植物细胞遗传学研究回顾与展望》文中研究说明20世纪初"遗传的染色体学说"的提出和证明标志着细胞遗传学交叉学科建立,伴随相关学科的发展,20世纪60年代末期细胞遗传学又与分子遗传学相结合,建立发展了分子细胞遗传学交叉学科。分子细胞遗传学以DNA分子原位杂交技术为核心,不断拓展应用领域,为生命科学研究提供了直观、高效的技术手段。原位杂交技术与基因组、细胞生物学等技术结合,被广泛应用于人类、动物、植物的起源、进化、驯化等基础研究和远缘杂交、染色体工程等应用研究。通过形象地展示DNA、RNA、蛋白质在细胞中的实际位置,揭示DNA序列之间的实际位置和顺序、亲缘物种间的进化关系和结构重排、基因组拼接序列的质量、转录水平RNA和翻译水平蛋白质的位置和数量变化等。江苏省遗传学会会员单位南京农业大学、扬州大学、南京林业大学、江苏师范大学、徐淮地区农科院等自20世纪中期开展细胞遗传学理论技术研究,伴随学科发展不断创新,建立了较完善的分子细胞遗传技术体系,并成功应用于开展植物系统进化、远缘杂交、染色体工程、基因组学等研究,取得了一批研究成果。本文将主要综述江苏省在该领域取得的重要进展,并展望未来发展方向。
张波[2]（2020）在《利用染色体片段置换系鉴定水稻产量相关性状QTL及四个抽穗期基因之间的遗传互作研究》文中研究说明第一部分:水稻单株产量主要由单株有效穗数、每穗实粒数和粒重构成,挖掘和克隆产量性状相关QTL对分子标记辅助选择育种至关重要。染色体片段置换系具有遗传组成简单、QTL检测能力强等优点,是发掘QTL的优良材料。本研究利用农艺性状差异显着的两个地方品种川7（C7）和毫补卡（HBK）构建了一套高质量的染色体片段置换系,并进行了产量相关性状QTL的检测。主要结果如下:1. 以C7为供体亲本、HBK为轮回亲本构建了一套包含123个家系的染色体片段置换系（BC4F4世代）,其中有69个家系为单染色体片段置换系。单个导入片段的长度范围为0.3Mb～25.8Mb,平均长度为7.9Mb,约覆盖供体亲本基因组的95.7%。2. 利用染色体片段置换系群体分别鉴定到5个抽穗期QTL、7个株高QTL、6个穗长QTL和1个分蘖数QTL。其中q HD10/Ehd1为抽穗期的主效QTL,加性效应为5.1天;qPH1.2/SD1和qPH8为株高的主效QTL,加性效应分别为12.4厘米和-15.2厘米（负值表示C7等位基因型降低株高）;q PL1和q PL10为穗长的主效QTL,加性效应分别为1.8厘米和2.1厘米,且分别与qPH1.2和q HD10共定位。此外,在940株的随机F2分离群体中利用BSA-seq策略在99%置信区间水平分别检测到抽穗期、株高、穗长QTL各3个以及1个分蘖数QTL,这些QTL在200株的随机F2分离群体（F2＿200）或BC4F2分离群体中均被验证。3.利用染色体片段置换系群体分别鉴定到4个粒长QTL、3个粒宽QTL、5个千粒重QTL以及5个每穗颖花数QTL。除q GL5外,其余粒形QTL和千粒重QTL的C7等位基因型均降低表型值。q GL3.1和q GW5分别为粒长和粒宽的主效QTL,加性效应分别为-1.25毫米和-0.30毫米,分别对应粒形主效基因GS3和GW5。q SPP3.2和q SPP10为每穗颖花数的主效QTL,加性效应分别为16.3和14.6,其中q SPP10与q HD10共定位,而q SPP3.2为新QTL位点。4.通过精细定位将qPH8定位于分子标记M15和B4之间,为控制株高的新QTL位点,主要控制水稻近基部节间的伸长。qPH8的C7等位基因型株高显着降低、抗倒伏能力显着增强,但单株产量并无明显减少,具有重要的育种价值;此外,qPH8为半显性基因,在杂交稻育种中只需改良一个亲本就能实现半矮化育种。第二部分:抽穗期决定了水稻的地区适应性和产量,合适的抽穗期能够保证水稻充分利用光温资源,使产量最大化。水稻的抽穗期由多个基因共同控制,Ghd7、Ghd8、Ghd7.1/Os PRR37（PRR37）和Hd1是水稻中重要的抽穗期基因,其不同的等位基因型组合决定了水稻的开花期变异和种植范围,但它们之间的遗传互作关系仍不清楚。本研究通过构建近等基因系背景下Ghd7、Ghd8、PRR37和Hd1的四基因分离群体,在不同日照长度条件下进行四基因遗传互作研究。主要结果如下:1.构建了ZS97背景下Ghd7、Ghd8、PRR37和Hd1四基因分离群体,并获得了16种纯合基因型组合;四基因分离群体在自然长日照（NLD）和自然短日照（NSD）条件下抽穗期变异分别达到95天和42天以上。2.无论在NLD还是NSD条件下,Ghd7、Ghd8、PRR37和Hd1之间均存在遗传互作关系（两基因、三基因以及四基因遗传互作）,但NLD条件下的互作效应更强。在Hd1有功能的背景下,NLD条件下Ghd7和Ghd8的两基因互作最强,而NSD条件下Ghd7和PRR7的两基因互作更强。3. 在NLD条件下,PRR37始终为开花抑制因子,但在NSD条件下,PRR37在Ghd7ghd8Hd1、Ghd7Ghd8Hd1和Ghd7Ghd8hd1背景下分别促进抽穗4.8天、18.0天和5.3天,表现为开花促进因子。PRR37在NSD条件下的功能转换（由抑制抽穗转变为促进抽穗）取决于其他3个基因的不同组合形式。4. Hd1为开花促进因子,在NLD条件下也表现出功能转换的现象。在NLD条件下,Hd1在ghd7ghd8prr37、ghd7ghd8PRR37和ghd7Ghd8prr37背景下分别促进抽穗9.5天、4.9天和3.8天,而在Ghd7ghd8prr37背景下延迟抽穗2.5天,说明单独的PRR37或Ghd8不能使Hd1功能反转,但Ghd7可以。此外,Ghd8、PRR37与Ghd7互作增强Hd1在NLD条件下的功能转换。5. 利用16种纯合基因型组合分别在NSD和NLD条件下进行抽穗期和每穗颖花数的相关性分析,结果表明,在NSD条件下,每穗颖花数与抽穗期正相关,抽穗期越晚,每穗颖花数越多,产量潜力也越大;在NLD条件下,当抽穗期小于90天时,每穗颖花数与抽穗期正相关;当抽穗期大于90天时,则呈负相关性。
杨春苗[3]（2020）在《耐盐小冰麦筛选及分子细胞遗传学鉴定》文中研究表明PSR3628是从美国引进的耐盐八倍体小冰麦。本试验对PSR3628杂交后代株系进行耐盐性鉴定,筛选与耐盐相关的EST-SSR标记,对耐盐及盐敏感株系进行顺序GISH-FISH分析,为小麦耐盐QTLs精细定位、遗传育种奠定基础。获得的主要结果如下:（1）对杂交后代株系进行萌发期耐盐性鉴定,发现小冰麦耐盐性鉴定的盐胁迫适宜浓度为150 mmol/L。在A19群体（PSR3628×Begra F6,152个株系）中,利用加权隶属函数值（D值）对其耐盐性进行评价,可将152份株系分为5个级别:高度耐盐（Ⅰ级;20份,D值范围为0.8068～0.6447）、耐盐（Ⅱ级;42份,D值范围为0.6267～0.4965）、中等耐盐（Ⅲ级;55份,D值范围为0.4922～0.3636）、盐敏感（Ⅳ级;24份,D值范围为0.3509～0.2353）、高度盐敏感（Ⅴ级;11份,D值范围为0.2121～0.0986）。对A17群体（PSR3628×Pavon BC1F3,226个株系）与A18群体（PSR3628×Pavon F3,122个株系）进行了耐盐性鉴定,A17群体及A18群体中总生长速率大于1的单株分别是36份和10份,分别占各自群体的15.9%和8.2%。（2）经转录组测序共获得179855个Unigene序列,总长度、平均长度以及GC含量分别为168273596 bp、935 bp和50.85%。在19064个Unigene序列中,分布有23518个SSR序列。SSR基元的重复类型共有6种,以三核苷酸基元为主,共有14277个,占总SSR序列的60.71%,平均每12.95 kb就有一个三核苷酸重复SSR;其次是二核苷酸重复的SSR类型,共有4618个,占总SSR序列的19.64%。就各重复类型的SSR基元的种类来看,五核苷酸最多,六核苷酸次之,分别为134和113种。在优势基元方面,就单核苷酸来看,G/C（1359个,占总SSRs的5.78%）为优势基元,其重复次数跨度为10～18;而在二、三、四、五及六核苷酸中的优势基元分别为AG/CT（2424个,占总SSRs的10.31%）、GCG/CGC（4851个,占总SSRs的20.63%）、AGGA/TCCT（87个,占总SSRs的0.37%）、AGCTC/GAGCT（42个,占总SSRs的0.18%）、CAGAGC/GCTCTG（21个,占总SSRs的0.09%）。在重复次数跨度方面,最大的为二核苷酸基元,其跨度为6～40。最小的为六核苷酸基元,其跨度为4～7。（3）152对EST-SSR引物在耐盐、盐敏感基因池中均可以有效扩增,但是在基因池间扩增出差异位点的仅有13对引物（A7、A10、A12、A18、A19、B3、B67、B70、B73、B74、B85、B88和C6）,共扩增18条明显的差异条带。经在池单株中进一步进行验证,只有标记A12、B70、B73和B74在池单株中的扩增结果与池间扩增结果相符。在A19群体中,将A12、B73和B74标记与D值进行相关分析,发现A12和B74标记与D值之间的相关系数分别为0.3950（p<0.05）和0.3112（p<0.05）,均达到了显着性相关;两个标记位点对根长的贡献率分别为13.91%和14.05%,表明A12和B74是与耐盐基因相关的分子标记。（4）PSR3628小冰麦中含有7对冰草染色体及1对小麦-冰草易位染色体,该易位染色体位于1A染色体的长臂端部。对A19、A17和A18三个群体部分耐盐及盐敏感株系进行顺序GISH-FISH分析,初步确定耐盐基因可能存在于3E和5E冰草染色体上。综上所述,本试验筛选了耐盐小冰麦材料,获得了与耐盐相关的A12和B74EST-SSR标记,耐盐基因可能位于3E和5E冰草染色体,为今后小冰麦中耐盐基因的精细定位、克隆等深入研究奠定基础。
王瀚悦[4]（2020）在《黄金芽茶树CsCPOX和CsPPOX基因的克隆与表达》文中认为黄金芽是典型的黄化茶树品种,具有光照敏感性的特点,黄化叶片中的叶绿素含量低,其叶绿素合成的主要受阻位点为粪卟啉Ⅲ→原卟啉原Ⅸ→原卟啉IX,其中粪卟啉原Ⅲ氧化酶（Coproporphyrinogen oxidase,CPOX）和原卟啉原Ⅸ氧化酶（Protoporphyrinogen oxidase,Protox/PPOX）催化此反应,CsCPOX、CsPPOX基因的表达及 CPOX、PPOX酶活性的高低起着关键的调控作用。本研究以4年生黄金芽品种芽叶为实验材料,不同光照和不同叶位为处理条件,进行基因的表达分析,结合不同处理下叶片PPOX、PPOX的活性、叶色色差分析及色素含量检测,初步验证CsCPOX与CsPPOX对叶色黄变的调控作用,从而为黄金芽叶色黄化机制提供理论依据。结论如下:1.从黄金芽茶树品种中克隆得到两条CsCPOX序列,分别命名为CsCPOX1和CsCPOX2,开放阅读框分别为1224bp和1317bp,编码407和438个氨基酸,CsCPOX具有保守结构域Coprogen oxidas,具有粪卟啉原Ⅲ氧化酶的功能。预测CsCPOX蛋白相对分子质量分别为45.76kD和49.53kD,理论等电点为6.05和6.51,CsCPOX1和CsCPOX2均为酸性蛋白,定位在叶绿体。茶树CsCPOX1与PaCPOX和PvCPOX亲缘关系最近,同源性分别为88.12%和87.46%,茶树CsCPOX2与NsCPOX亲缘关系最近,同源性为80.00%。CSCPOX受光强调控不明显,可能存在其他影响因素。2.从黄金芽茶树中克隆得到两条CsPPOX序列,分别命名为CsPPOX1和CsPPOX2,开放阅读框分别为1623bp和1368bp,编码540和455个氨基酸,CsPPOX具有保守结构域PLN02576、proto Ⅸ ox、Amino oxidase,具有原卟啉原IX氧化酶的功能。预测CsPPOX蛋白相对分子质量分别为58.99kD和50.29kD,理论等电点为9.43和5.82,CsPPOX1为酸性蛋白,定位在叶绿体上,CsPPOX2为碱性蛋白,亚细胞定位在线粒体。茶树CsPPOX1和CsPPOX2分别与VvPPOX和RcPPOX亲缘关系最近,同源性分别为82.05%和64.97%。CsPPOX受光强的调控明显,CsPPOX表达量与光照呈正相关,与叶位呈正相关,与黄金芽叶片的黄化程度呈负相关。3.CPOX和PPOX可以影响黄金芽叶色发生黄变,叶绿素合成途径受阻是影响黄金芽叶片黄化的主要原因。遮光条件下,叶绿素、类黄酮含量增加、胡萝卜素含量减少,CPOX、PPOX活性变大,两者基因表达受光强调控,CsPPOX1受强光调控的下调表达是黄金芽叶绿素合成受阻的主要原因。
王丽媛[5]（2020）在《陆地棉优异种质J02-508纤维相关性状QTL定位及偏分离分析》文中提出棉花作为世界上最重要的天然纤维作物之一,在我国国民经济中占据着重要的地位。近年来,随着人民生活水平的提高和纺织技术的发展,人们对棉纤维品质的要求越来越高。现有陆地棉品种遗传基础比较狭窄,限制了其纤维品质的进一步改良。棉属中丰富的品种资源为陆地棉育种和遗传改良提供了遗传物质基础,种间杂交策略在棉花育种过程中得到了广泛应用。棉花主要的农艺性状如产量、纤维品质等重要性状均为数量性状,其表现受环境和多基因共同作用影响,利用传统育种方法进行改良进展缓慢。目前,棉花基因组信息不断完善,在全基因组水平上将性状与QTL相结合,有助于解析相关性状的遗传基础,为棉花品质育种提供借鉴和补充。本研究以纤维品质优异的J02-508和品质差的ZRI015两个陆地棉为亲本组配群体,结合简化基因组（GBS）测序技术,从全基因组水平对纤维产量及品质性状进行QTL定位;并以J02-508为研究材料,对纤维长度相关候选基因进行预测分析与功能验证;同时对群体中的偏分离现象进行分析,结合亲本J02-508的复杂遗传背景信息加以研究,以解析优异纤维品质的遗传基础。主要结果如下:1.对J02-508与ZRI015两个亲本的铃重、衣分、纤维长度、纤维强度、伸长率和马克隆值6个纤维产量与品质性状进行比较,除衣分和伸长率之外,所有调查性状在两个亲本之间均存在显着（P<0.005）或极显着（P<0.001）差异。6个性状在F3、F4、F5和F6四个世代群体中表现出连续和近似的正态分布;纤维强度与纤维长度在四个世代间均呈现极显着正相关,纤维强度与铃重、衣分之间的相关性不显着。J02-508与ZRI015组配的后代群体,在一定程度上削弱了纤维产量与品质特别是与纤维强度间的负相关性。2.对亲本和F5群体的237个家系进行GBS测序,基于亲本基因型检测结果,进行亲本间多态性标记开发,总共得到115,544个标记位点。经过完整度过滤、偏分离筛选后,获得了7,071个标记用于遗传图谱构建。最终构建的高密度遗传图谱包含4,060个标记,总长度为2,388.07 cM,相邻标记间平均间隔为0.588 cM。结合F5、F6两个世代各性状表型数据,对6个纤维产量与品质性状进行QTLs定位,得到122个相关的QTLs,其中稳定的QTLs有28个,纤维长度相关的QTLs集中在D11染色体上,纤维强度相关的QTLs中效应值最高的QTL分布在D08染色体上（LOD为6.42）。3.D11染色体上聚集纤维长度相关的QTLs,根据基因结构、表达模式分析,在qFL-D11-4附近找到一个纤维长度候选基因GHD11G2586,属于磺基转移酶（SOT）基因家族。对棉花SOT基因家族系统分析,在亚洲棉、雷蒙德氏棉、海岛棉和陆地棉基因组中共鉴定出245个SOT基因。根据与拟南芥的同源关系,245个SOT基因中有170个被进一步分为4个亚家族。GHD11G2586在不同组织和纤维发育阶段的表达模式表明其可能参与了纤维的发育;在J02-508材料中进行VIGS沉默该基因后,与阴性对照植株相比,沉默植株的茎毛数量减少、茎毛和叶毛的长度明显变短。茎毛和叶毛以及棉纤维都属于单细胞表皮毛,很可能具有相似的纤维分化和发育机制。综合上述结果表明,GHD11G2586可能参与了纤维的发育过程,对纤维的伸长起到正向调节作用。4.统计26条染色体上25,018个多态性标记的卡方检验结果,发现该群体存在显着的标记偏分离现象,偏分离标记所占的比例平均值达到83.13%。其中D08染色体上分布的标记总数最多有5,710个,偏分离标记所占的比例也最高,达99.39%。对D08染色体上所有标记考虑在内,划分Bin标记后与纤维强度性状数据进行关联分析,结果表明D08染色体上7-60 Mb区间内有一个连锁的低重组区,区间内SNP标记与纤维强度显着相关(-log10（P）>16)。利用DistortedMap软件校正偏分离标记间的遗传距离,再次进行QTL检测,在7-60 Mb区间内鉴定到一个纤维强度相关的QTL（命名为qFSD08）,LOD值从传统定位的6.42显着提升到11.42,解释表型变异20.12%。5.根据两个亲本的系谱记录,J02-508材料可能含有多种外源棉种血缘。我们利用课题组内测序与收集整理的3,227个棉花材料群体重测序数据,对J02-508材料中的纤维强度QTL（qFS-D08）的来源进行了追踪鉴定。通过聚类、比对、PCR扩增等多种方法确定J02-508材料中外源片段区间为7.073-60.027 Mb,与qFSD08的物理区间重合,来自于二倍体野生棉瑟伯氏棉（G.thurberi）的CM013381.1染色体,对应区间是5.299-36.270 Mb。本研究构建高密度遗传图谱,在全基因组水平上检测与纤维产量、品质相关的QTL,为相关性状候选基因挖掘奠定基础,可以为棉花产量、品质改良研究提供有益信息。同时本研究进一步明确了含有外源片段的优异材料的遗传背景,有助于了解外源渐渗片段与标记偏分离的关系以及种间杂交在棉花育种中提高纤维强度的重要性。
张宗瑜[6]（2020）在《老芒麦高密度遗传图谱构建及落粒相关基因QTL定位》文中研究说明老芒麦（Elymus sibiricus L.）是禾本科披碱草属多年生优良牧草,具有草产量高、品质好、耐寒、耐旱等优良特性,广泛应用于我国高山草原的放牧、人工草地建植、生态环境恢复等。但老芒麦较高的落粒性大大降低了牧草种子产量,对新品种选育、推广利用带来不利影响。有关牧草落粒的遗传学基础,是国内外研究不多且亟待加强的研究领域。为此,本研究在开发老芒麦特异性EST-SSR标记、分析不同落粒种质材料的遗传多样性基础上,构建了老芒麦的遗传作图群体,并利用SLAF（specific length amplified fragment）技术构建了老芒麦首张遗传连锁图谱,相继结合QTL和GWAS（genome-wide association study）分析方法定位了落粒候选基因。旨在为解析老芒麦落粒遗传机制、加快老芒麦落粒分子遗传改良和培育低落粒老芒麦新品种提供基础科学依据。获得主要研究结果如下。1、进行了老芒麦特异性EST-SSR分子标记开发及通用性研究。从老芒麦转录组测序获得的6,685个unigene中,分析识别了8,871个潜在EST-SSR位点,进一步开发了200对EST-SSR分子标记。PCR扩增产物测序验证显示,等位基因的测序结果与原始引物SSR位点同源,有43.5%的标记在17个披碱草属物种间通用性良好。利用30对多态性标记对17个披碱草属95份种质的480个单株进行的遗传多样性和进化分析显示,基于基因组构成和地理起源将参试披碱草属种质聚为三大类。本研究结果为披碱草属物种遗传多样性评价提供了引物来源。2、采用40对EST-SSR标记对36份老芒麦种质进行遗传多样性评价,并且在田间测定了老芒麦的落粒性。结果显示老芒麦分子遗传多样性和落粒性变异均较为丰富。筛选出落粒性状差异较大、遗传背景较远的高落粒基因型Y1005和低落粒基因型ZhN06作为亲本杂交构建F1群体。对F1群体的7份材料进行遗传多样性和表型变异分析,发现了落粒、叶片、茎节、穗长及芒长等性状表现出超亲杂种优势。遗传多样性分析显示母本（ZhN06）与子代群体的共有条带多于父本（Y1005）,显示其遗传力水平较高。通过分子标记鉴定和低落粒子代选择,将F1-7单株自交构建了包含200份单株的F2作图群体。3、利用SLAF简化基因组测序技术对F2群体测序,构建了首张老芒麦高密度遗传图谱,图谱总长1,866.35cM,14个连锁群含1,971个标记。连锁群长度范围在87.67cM（LG7）和183.45cM（LG1）之间,标记平均距离为1.66cM。比较基因组发现老芒麦与小麦和大麦分别有79%（1,556）和70%（1,380）的同源标记。连续三年观测了穗长、小花数、落粒率、芒长、种子宽、千粒重等种子相关性状,并进行了QTL鉴定,在14个连锁群上共检测到29个QTL位点,在第2、3、6和11号连锁群上共检测到6个落粒性QTL。通过与小麦和大麦基因组比对注释发现了30个落粒候选基因,这些基因分别与植物激素信号调控（15个）、转录因子（7个）、水解酶活性（6个）及木质素合成（2个）等相关。4、采用SLAF技术对包含213份种质的老芒麦关联群体进行了测序,结合落粒等15个表型性状进行全基因组关联分析。SNP连锁不平衡分析结果显示,老芒麦LD（linkage disequilibrium）衰减较快,衰减距离为0.291kb,供试材料亲缘关系较弱,适用于全基因组关联分析。连续两年在田间对落粒率等关键表型性状观测表明,不同性状间存在较大的遗传变异,平均变异系数为30.49%,其中落粒率遗传力为85.13%。关联分析共检测到41个与落粒相关的显着性位点,平均解释26.3%的表型变异。在这些位点上注释到14个落粒相关候选基因,主要与半乳糖醛酸酶、水解酶、细胞分裂素葡萄糖基转移酶等调控相关。此外,在种子和产量相关性状中分别检测到66个和1,715个显着性位点,分别注释到与种子性状相关的候选基因31个,与产量性状相关的候选基因110个。
邢恒荣[7]（2019）在《谷子WRKY基因家族鉴定及SiWRKY89基因功能鉴定》文中研究说明干旱是影响粮食作物产量的主要逆境因素之一。谷子抗旱耐瘠是植物抗逆性研究的理想模型。WRKY转录因子在植物防御抵抗非生物胁迫方面发挥重要作用。本研究利用生物信息学和分子生物学的方法,对谷子WRKY转录因子基因家族进行了系统的分析,得到较为完整的谷子WRKY基因家族信息。同时我们对基因SiWRKY89进行了进一步的功能分析,通过将SiWRKY89在拟南芥中超量表达,然后对转基因拟南芥在干旱胁迫条件下的表型分析,初步解析了SiWRKY89响应干旱胁迫的分子机制,主要研究结果如下:谷子基因组共编码103个SiWRKY转录因子基因,分为3个大组7个亚族。利用谷子的转录组数据,对谷子103个SiWRKY转录因子基因的组织特异性表达进行了分析,结果发现32个SiWRKY的在根中高量表达。SiWRKY89蛋白定位细胞核,SiWRKY89的启动子含有ABRE、ARE、MBS、WUN-motif、Aux RR-core等响应非生物胁迫的顺式作用原件。SiWRKY89在根、茎、叶和穗中都表达,而且在20%PEG6000,15μMABA,和150m M Na Cl处理后1小时,表达量都有明显增加。通过在拟南芥中异源过表达SiWRKY89验证该基因在抗旱性方面的作用。在含有120m M Na Cl和300m M mannitol的培养基上,转基因拟南芥W1-3的根长都高于野生型。W1-3和野生型的耐旱性实验表明,停止浇水1周后,转基因植株只有少部分叶片枯萎,而野生型植株大部分干枯死,复水后转基因植株的存活率明显高于野生型,上述结果证明过表达基因SiWRKY89提高了拟南芥抗干旱胁迫的能力。利用转录组测序技术,分析了SiWRKY89调控的下游基因,结果发现上调表达的有481个,下调表达的有635个。其中DREB1和DREB2A的表达显着增加,而且这两个基因的启动子都含有W-box原件,表明SiWRKY89可能通过调控DREB1和DREB2A的表达,发挥提高转基因植株抗旱性的作用。
李婷婷[8]（2019）在《小麦旗叶表皮蜡质QTL定位及烷烃合成酶候选基因的功能分析》文中研究说明植物表皮蜡质通常覆盖于陆生植物的地上部位的最外层,是植物与外界环境直接接触的保护屏障,对植物适应陆地环境,抵抗各种生物和非生物胁迫胁迫具有重要意义。表皮蜡质主要是由一类超长链脂肪酸及其衍生物组成的混合物,烷烃合成是表皮蜡质形成的核心步骤之一,而烷烃合成酶基因CER1在烷烃合成途径中起着关键性作用。在本研究中:首先,我们利用SSR和SNP分子标记,构建小麦高密度遗传图谱,对小麦HL群体F6代重组自交系（Heyne×Lakin,145家系）旗叶蜡质性状进行初步定位;随后,选取小麦不同蜡质表型品种（高蜡品种W87和低蜡品种中国春）为试验对象,对其不同发育时期、不同组织部位蜡质的组成特点及蜡质晶体结构进行了系统分析;最后,结合转录组测序和生物信息学分析,初步获得3个小麦烷烃合成相关基因,并进一步利用亚细胞定位、qRT-PCR、转基因等手段,系统分析3个候选基因的表达特性和基因功能,验证其在小麦烷烃合成过程中的重要作用。主要研究结果如下:1.通过对HL群体F6代重组自交系开花期旗叶表皮蜡质多年多点表型鉴定,结合HL群体已构建遗传图谱,得到控制小麦白霜状的蜡质表型为2个加性QTLs。主要QTL位点定位于3AL染色体（QFlg.hwwgr-3AL）,介于分子标记IWA1831和IWA8374之间,遗传距离为4.4 cM,可解释17.50-37.8%表型变异;次要QTL位点仅在2014年杨凌数据中检测到,定位于2DS染色体（QFlg.hwwgr-2DS）,介于IWA1939和Xgwm261之间,可解释11.3%的表型变异。数量性状基因座（QTL）分析鉴定出与表皮蜡的三种主要组分相关的主要QTL区域,初级醇成分定位于3AL染色体（QAlc.hwwgr-3AL）,介于分子标记IWA8162-IWA4298之间,遗传距离为6.3 cM,可解释27.40%表型变异;烷烃成分定位于3AL染色体（QAlk.hwwgr-3AL）,介于分子标记IWA8374-IWA8162之间,与来自’Heyne’的有利等位基因仅有1.5cM,可解释26.8%表型变异;二酮成分定位于3AL染色体（QDik.hwwgr-3AL）,介于分子标记IWA8162-IWA4298之间,遗传距离为6.3 cM,可解释46.30%表型变异。2.选取2个蜡质表型显着差异小麦材料为研究对象,通过比较分析它们在不同发育时期、组织部位的蜡质组分和晶体结构特征,发现不同发育阶段各组织蜡质含量和晶体结构显着不同,但是W87与中国春具有相近的蜡质积累变化,主要表现为苗期叶片表皮蜡质含量较少,且主要以初级醇为主;随着小麦生长,初级醇含量逐渐减少,烷烃积累增加;在开花期,小麦穗颖壳二酮和烷烃占主导地位。3.利用转录组测序和生物信息学分析,对W87苗期叶片、开花期的旗叶和穗部颖壳基因表达特性进行分析,筛选获得3个TaCER1候选基因在烷烃丰富部位显着活跃表达;随后,于穗中成功克隆到各基因全长cDNA序列,结合基因结构和功能结构域分析,发现3个候选TaCER1基因均具有典型CER1功能域,包括3个保守组氨酸簇和C-端WAX2结构;进一步序列分析发现,3个候选TaCER1基因与及其它植物已克隆的烷烃合成基因具有很高的同源性,表明3个候选TaCER1基因可能在小麦烷烃合成过程中起着重要作用。4.通过小麦基因组数据库预测候选Unigene所在染色体位置,TaCER1-6A定位于6AL,而TaCER1-1A定位于1AL,TaCER1-2D定位于2DL,并进一步利用小麦缺四体材料验证了该结果;亚细胞定位显示,TaCER1-GFP融合蛋白与内质网标记载体SP-seCFP-HDEL在拟南芥的原生质体中为共定位,表明3个TaCER1蛋白定位于拟南芥原生质体的内质网上。5.利用qRT-PCR对候选基因在不同组织、ABA及逆境胁迫下的表达特性进行分析。研究结果发现,在小麦的不同发育时期,3个TaCER1基因在各组织都有一定的表达;在小麦的苗期,TaCER1的表达量较低,并且其表达量随着小麦的生长而不断提高,在成熟的叶片、叶鞘和颖壳中均有较高的表达水平;ABA、干旱、PEG和低温处理均能诱导TaCER1基因的表达,在短时间内,基因表达量都有一定量的增加,然而,随着时间的延长,表达量又逐渐恢复到处理前的水平甚至更低,3个TaCER1基因的变化趋势基本相似,只是变化的幅度有所不同。6.在拟南芥和水稻中异源超表达3个TaCER1基因,结果发现,拟南芥T2代转基因植株蜡质总量显着高于对照,且蜡质的增加主要来源于直链烷烃和支链烷烃的增加;不同碳链的烷烃都有一定的增加,其它组分有微弱的变化;水稻T1代转基因植株蜡质总量也有显着提高,蜡质组分中烷烃有一定量的提高,其它组分没有明显的变化,说明3个TaCER1基因都参与了蜡质烷烃的合成。水稻转基因株系叶片的失水率和叶绿素浸提速率降低,角质层的通透性降低,植株的抗旱性提高。综上,本研究对小麦蜡质不同组分时空分布特性进行系统评价,并利用RILs群体完成各组分QTLs初定位,最终克隆并证实3个TaCER1s基因在小麦烷烃合成、干旱或其它胁迫响应过程中的生物学功能,本研究可为后续探索烷烃合成基因调控以改良（育种）小麦抗旱性提供参考。
陈卓[9]（2019）在《鲍鱼和牡丹BAC文库的构建及分析》文中进行了进一步梳理细菌人工染色体（BAC）文库比其它基因组文库具有更好的优势,例如容载量大、重组率低、转化效率高,并且在基因鉴定、基因组全序列测定、原位杂交以及比较基因组学等方面的应用更高效更稳定。本研究使用由本实验室史雪等人2011年改造的p Indigo BAC536-S载体以及复合载体p HZAUBAC1并参照Luo等人2003年建立的BAC文库构建方法构建BAC文库。该研究主要包含两个部分:1.鲍鱼BAC文库的构建及分析。鲍（Haliotis）是鲍科鲍属的单壳类海洋软体动物。自古以来,鲍就是中国非常珍贵的食材,备受喜爱。为进一步开发鲍鱼的保健及药用价值,在分子生物学水平对鲍鱼进行深入的研究十分有必要。该BAC文库以鲍鱼肌肉组织为材料,文库总计138041个克隆,保存在360块384孔板中,随机挑选了80个鲍鱼BAC克隆检测插入片段,平均插入片段约143 kb,空载率约3.9%,覆盖鲍鱼基因组9.9倍。该文库为深入研究鲍鱼的生理机制以及疾病防控等方面提供了重要材料。2.牡丹BAC文库的构建及分析。牡丹（Paeonia suffruticosa Andrews）是芍药科芍药属植物,其野生种起源于中国,是我国特有的花卉种类,具有良好的观赏价值和药用价值。该BAC文库以牡丹花瓣为材料,总计293433个克隆,保存在765块384孔板中,随机挑选了200个牡丹BAC克隆检测插入片段,平均插入片段约135 kb,空载率约3%,覆盖牡丹基因组2.99倍。该BAC文库为研究牡丹的亲缘关系以及遗传多样性提供有力支持,对深入开展药理学研究提供材料。
赵尊康[10]（2013）在《甘蓝型油菜硼高效基因的定位》文中研究表明作物高产养分高效是当今新形势下的重要育种目标。油菜是世界上继大豆之后第二大油料作物,而甘蓝型油菜占油菜种植面积的约80%。硼是植物生长发育所必需的微量元素营养之一,而世界上耕作土壤缺硼问题已成为许多作物产量提高的重要限制因子。甘蓝型油菜是需硼较多的作物,对缺硼非常敏感,缺硼容易导致“花而不实”,减少籽粒产量,严重时甚至不能形成产量。施用硼肥可以缓解作物缺硼问题,但是硼矿资源有限,而且过多施用硼肥可能会引起一些生态环境问题。有研究表明,不同甘蓝型油菜品种间硼效率性状存在着丰富的基因型差异。利用遗传学和分子生物学手段来改良甘蓝型油菜的硼效率性状,培育硼高效高产的品种是解决甘蓝型油菜缺硼问题的一条重要途径。本研究利用实验室已构建的甘蓝型油菜硼高效BQ DH群体为材料构建遗传连锁图,并通过三年的田间试验调查硼缺乏和硼正常条件下群体成熟期的籽粒产量及产量相关性状的表型变异。结合BQ DH遗传连锁图谱和群体表型进行了全基因组硼高效相关QTL定位与分析。取得的主要研究结果如下：1.甘蓝型油菜硼高效BQ DH遗传连锁图谱的构建收集并合成了文献中报道的以"BnGMS"和‘’BoGMS"命名的SSR标记引物1413对,本实验室根据白菜基因组A2、A3、A9的BAC序列设计了403对SSR标记引物,以及本研究根据白菜A2基因组序列自主开发设计的50对SSR引物,并在BQ DH群体中进行基因型分析。利用作图软件Joinmap4.0构建了一张含有486个分子标记的BQ DH遗传连锁图谱。图谱含有SSR标记468个,SRAP标记7个,GBM标记9个以及2个特异标记。图谱总长为1873.9cM,标记间的平均遗传图谱为3.86cM。2. BQ DH群体及其亲本在不同硼水平下的表型变异以BQ DH群体和亲本为材料进行了三年的田间试验调查了盛花-结荚果时期硼缺乏条件下的缺硼症状表型和成熟期不同硼水平条件下籽粒产量及产量相关性状的表型变异。对于盛花-结荚果期：硼高效亲本QY10在缺硼条件下仍能较正常的开花结果,没有表现出明显缺硼症状,受缺硼影响很小；硼低效亲本Bakow则开花结实受到明显的影响,叶片有明显的缺硼症状,对缺硼表现很敏感。表明QY10相对于Bakow具有更强的适应硼缺乏的能力。BQ DH群体之间则表现出了缺硼症状的表型分离,出现了从Ⅰ到V级的不同程度的应答表现。对于成熟期而言,缺硼条件下,硼高效亲本QY10相比于硼低效亲本Bakow在籽粒产量、株高、分枝数、每株荚果数、每荚果粒数和千粒重上均有显着差异。硼正常条件下,硼高效亲本QY10相比于硼低效亲本Bakow在籽粒产量、每株荚果数和千粒重上有明显差异。研究表明,两个硼水平下BQ DH群体的所有产量及产量相关性状均表现连续变异,并有超亲分离现象,说明了这些性状为数量性状,并同时受多基因控制。性状间的遗传相关性在同一硼水平下差异较大,方差分析发现,基因型、硼水平、环境以及他们之间的互作对6个调查性状均有显着影响。3. BQ DH群体成熟期籽粒产量及产量相关性状和缺硼指数性状的QTL检测与分析对BQ DH群体在三年田间试验中两个硼水平条件下的籽粒产量、株高、分枝数、每株荚果数、每荚粒数、千粒重和硼效率系数性状进行QTL定位分析,利用WinQTLCartographer2.5软件共检测到70个显着性QTL,分布于15条连锁群（A5, A8, C1, C2除外）,其中,硼缺乏条件下30个,硼正常条件35个,硼效率系数性状检测到5个。单个QTL解释了4.15-23.16%的表型变异。7和16个QTL分别在三年和两年试验中被重复检测到。通过BioMercator2.1软件,将其他研究报道的29个籽粒产量及产量相关性状的QTL映射到BQ DH遗传连锁图上,并分别与本研究报道的16个相应性状的QTL相互重叠。对于缺硼指数性状,检测到了3个QTL,位于A7和C8连锁群上。4. BQ DH群体成熟期籽粒产量及产量相关性状的上位性互作的检测与分析利用QTLNetwork2.0软件对BQ DH群体中两个硼水平下6个性状及硼效率系数总共检测到32个上位性互作对,分布于全基因组（A8除外）上。单个互作对的表型贡献率范围为0.53-14.26%。这32个互作对当中大部分是两个没有单位点效应的位点之间的互作,表明除了单位点QTL外还存在着许多没有单位点加性效应位点之间的上位性互作参与了性状的调控。5. BQ DH遗传连锁图谱与拟南芥基因组的比较作图及in silico定位利用BQ DH遗传连锁图谱上已知序列信息的分子标记作为锚定标记,将该遗传图谱与拟南芥基因组比较作图,在BQ DH遗传连锁图谱上定位了20个共线性区段和123个保守岛。通过in silico定位最终将拟南芥中153个与籽粒产量及产量相关性状和硼吸收代谢相关的基因定位到BQ DH群体中的70个QTL的区间内,并发现有硼代谢相关的基因定位在低硼条件下的籽粒产量QTL区间内。这些QTL信息和候选基因为深入研究提供了丰富的信息。6.甘蓝型油菜硼高效主效位点BnBE1的定位及其候选基因的预测分析通过比较分析BQ F2群体、TN DH群体以及本研究的BQ DH群体等三个群体的A2染色体上检测到的硼高效QTL,结果表明,这三个群体中定位到的硼高效QTL相互重叠,正是BQ F2报道的BE1。因此将此位点定为甘蓝型油菜成熟期硼高效主效QTL BnBE1。并利用与甘蓝型油菜A基因组高度同源的白菜基因组信息对主效位点BnBE1预测出6个候选基因,它们是关于小分子转运基因以及拟南芥中硼通道转运蛋白AtNP5;1和AtNIP7;1在白菜基因组中的同源基因。
二、Comparative Mapping of Cotton and Arabidopsis（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、Comparative Mapping of Cotton and Arabidopsis（论文提纲范文）
（1）江苏省植物细胞遗传学研究回顾与展望（论文提纲范文）
| 1 小麦分子细胞遗传学及其应用 |
| 1.1 小麦及近缘物种染色体鉴定技术 |
| 1.2 小麦–远缘新种质创制与利用 |
| 2 水稻分子细胞遗传学及其应用 |
| 2.1 水稻染色体鉴定技术 |
| 2.2 水稻染色体生物学 |
| 2.3 稻属远缘新种质创制 |
| 3 甜瓜属分子细胞遗传学及其应用 |
| 3.1 甜瓜属染色体鉴定技术 |
| 3.2 甜瓜属物种起源与进化 |
| 3.3 甜瓜属物种种质创新 |
| 4 棉花分子细胞遗传学及其应用 |
| 4.1 棉花染色体鉴定技术 |
| 4.2 棉花染色体生物学 |
| 4.3 棉花远缘杂交与新种质创制 |
| 5 菊花分子细胞遗传学及其应用 |
| 5.1 菊属染色体鉴定技术 |
| 5.2 菊属起源与演化 |
| 5.3 菊属远缘杂交与种质创新 |
| 6 杨树分子细胞遗传学及其应用 |
| 6.1 杨树分子细胞遗传学技术 |
| 6.2 杨树性染色体的分子细胞遗传学 |
| 7 甘薯分子细胞遗传学及其应用 |
| 7.1 甘薯染色体鉴定技术 |
| 7.2 甘薯起源与进化 |
| 7.3 甘薯远缘杂交和种质创新 |
| 8 植物分子细胞遗传学研究展望 |
| 说明 |
（2）利用染色体片段置换系鉴定水稻产量相关性状QTL及四个抽穗期基因之间的遗传互作研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 第一部分 利用染色体片段置换系鉴定水稻产量相关性状QTL |
| 1 前言 |
| 1.1 研究问题的由来 |
| 1.2 文献综述 |
| 1.2.1 水稻产量构成因子的研究进展 |
| 1.2.1.1 分蘖数 |
| 1.2.1.2 每穗实粒数 |
| 1.2.1.3 粒重 |
| 1.2.2 不同水稻QTL定位群体的特点 |
| 1.2.3 水稻中常用的QTL定位方法 |
| 1.2.3.1 连锁分析定位QTL |
| 1.2.3.2 GWAS策略定位QTL |
| 1.2.3.3 BSA策略定位QTL |
| 1.3 本研究的目的和意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 随机F_2分离群体的种植与性状调查 |
| 2.2 染色体片段置换系的构建 |
| 2.2.1 多态性分子标记的筛选 |
| 2.2.2 染色体片段置换系的构建 |
| 2.2.3 染色体片段置换系的种植与性状调查 |
| 2.3 基因型检测 |
| 2.3.1 水稻叶片DNA抽提和PCR程序 |
| 2.3.2 水稻高质量DNA的抽提 |
| 2.3.3 聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 2.3.4 RICE6K SNP芯片鉴定染色体片段置换系的背景 |
| 2.4 QTL定位 |
| 2.4.1 利用QTLseqr在随机F_2 群体进行QTL扫描 |
| 2.4.2 QTL的验证和效应分析 |
| 2.4.3 染色体片段置换系BC4F4 群体中QTL的鉴定 |
| 2.5 qPH8近等基因系倒伏指数的测定 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 染色体片段置换系亲本C7与HBK的表型 |
| 3.2 染色体片段置换系的质量评价 |
| 3.3 染色体片段置换系群体性状的表型变异及相关性分析 |
| 3.4 染色体片段置换系群体的QTL分析 |
| 3.4.1 染色体片段置换系中抽穗期、株高、穗长和分蘖数QTL的鉴定 |
| 3.4.2 随机F_2群体中抽穗期、株高、穗长和分蘖数QTL的扫描 |
| 3.4.2.1 随机F_2群体的表型变异和极端混合池的构建 |
| 3.4.2.2 基于NGS-based BSA策略扫描QTL |
| 3.4.2.3 BSA策略定位的QTL在 F_2和BC_4F_2 分离群体中的验证 |
| 3.4.3 染色体片段置换系群体中粒形和每穗颖花数QTL的鉴定 |
| 3.4.4 粒形与每穗颖花数QTL在 BC4F_2 分离群体中的效应 |
| 3.5 QTL区间内相关已克隆基因在亲本间的多态性分析 |
| 3.6 q PH8 为控制株高的新QTL位点 |
| 3.7 qPH8主要调控水稻近基部节间的伸长 |
| 4 讨论 |
| 4.1 染色体片段置换系有助于发掘新QTL |
| 4.2 基于NGS-based BSA策略可快速鉴定F_2 群体中的主效QTL |
| 4.3 qPH8在水稻育种中的应用价值 |
| 第二部分 水稻抽穗期基因Ghd7、Ghd8、Os PRR37和Hd1 之间的遗传互作研究 |
| 1 前言 |
| 1.1 研究问题的由来 |
| 1.2 文献综述 |
| 1.2.1 水稻中重要抽穗期基因的克隆和功能研究 |
| 1.2.1.1 水稻中的开花促进因子 |
| 1.2.1.2 水稻中的开花抑制因子 |
| 1.2.2 水稻抽穗期基因与地区适应性的关系 |
| 1.2.3 水稻光周期开花调控网络 |
| 1.2.3.1 水稻中Hd1介导的光周期开花调控途径 |
| 1.2.3.2 水稻中特有的Ehd1-Hd3a/RFT1 开花调控途径 |
| 1.3 本研究的目的和意义 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 Ghd7、Ghd8、PRR37和Hd1 四基因分离群体的构建 |
| 2.2 四基因纯合基因型组合以及PRR37、Hd1分离群体的构建 |
| 2.3 材料种植和田间实验 |
| 2.4 DNA抽提和基因型鉴定 |
| 2.5 表达量检测 |
| 2.5.1 RNA样品取样 |
| 2.5.2 水稻叶片总RNA的抽提、反转录及qRT-PCR |
| 2.6 表型考察及数据分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 ZS97中主要抽穗期基因的基因型组成 |
| 3.2 四基因分离群体的抽穗期表型 |
| 3.3 Ghd7、Ghd8、PRR37和Hd1 在长日照条件下的遗传互作 |
| 3.4 Ghd7、Ghd8、PRR37和Hd1 在短日照条件下的遗传互作 |
| 3.5 PRR37在长日照条件下的抽穗期效应 |
| 3.6 PRR37在短日照条件下的抽穗期效应 |
| 3.7 PRR37的功能转换伴随着其调控下游基因表达方式的转变 |
| 3.8 PRR37分离群体中的四基因遗传互作 |
| 3.9 Hd1在自然长日照条件下的功能转换 |
| 3.10 抽穗期与每穗颖花数在NLD和 NSD条件下的相关性 |
| 4 讨论 |
| 4.1 Ghd7、Ghd8、PRR37和Hd1 之间互作的分子基础 |
| 4.2 PRR37在短日照条件下功能转换的决定因素 |
| 4.3 Hd1在长日照条件下功能转换的决定因素 |
| 4.4 不同抽穗期基因组合为水稻抽穗期的改良提供选择 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录1 本研究所使用的引物 |
| 附录2 个人简介 |
| 致谢 |
（3）耐盐小冰麦筛选及分子细胞遗传学鉴定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 前言 |
| 1.1 我国盐碱地分布及其危害概述 |
| 1.2 植物耐盐机理研究概况 |
| 1.2.1 渗透平衡调节机制 |
| 1.2.2 抗氧化防御系统调节机制 |
| 1.2.3 胁迫信号转导系统 |
| 1.3 植物耐盐相关基因研究概况 |
| 1.3.1 渗透调节相关基因 |
| 1.3.2 通道蛋白相关基因 |
| 1.3.3 抗氧化相关基因 |
| 1.4 小麦及其近缘耐盐基因挖掘研究进展 |
| 1.4.1 小麦近缘物种耐盐基因研究概况 |
| 1.4.2 小麦中耐盐基因研究概况 |
| 1.5 小麦中外源耐盐遗传物质导入的方法 |
| 1.5.1 小麦双二倍体的构建 |
| 1.5.2 小麦异附加系的构建 |
| 1.5.3 异代换系 |
| 1.5.4 异源易位系 |
| 1.6 小麦中外源遗传物质的检测 |
| 1.6.1 形态标记检测 |
| 1.6.2 细胞学标记检测 |
| 1.6.3 生化标记检测 |
| 1.6.4 分子标记检测 |
| 1.6.5 原位杂交技术 |
| 1.7 本研究目的及意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 实验室仪器 |
| 2.1.3 试验常用试剂及其配制方法 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 最适盐胁迫浓度筛选及亲本芽期耐盐性鉴定 |
| 2.2.2 A19群体盐胁迫处理 |
| 2.2.3 A19群体指标测定及方法 |
| 2.2.4 A19群体耐盐性评价 |
| 2.2.5 A18及A17群体盐胁迫处理 |
| 2.2.6 A17及A18群体指标测定及方法 |
| 2.2.7 A17及A18群体耐盐性评价 |
| 2.2.8 载玻片及盖玻片的处理 |
| 2.2.9 根尖染色体的制备 |
| 2.2.10 探针标记 |
| 2.2.11 基因组DNA的提取 |
| 2.2.12 DNA浓度及纯度检测 |
| 2.2.13 FISH分析 |
| 2.2.14 封阻DNA的制备 |
| 2.2.15 杂交信号脱洗 |
| 2.2.16 GISH杂交 |
| 2.2.17 SSR的引物来源 |
| 2.2.18 标记与性状的相关分析 |
| 2.2.19 PCR反应体系及扩增程序 |
| 2.2.20 非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 最适盐胁迫浓度筛选 |
| 3.2 亲本芽期耐盐性鉴定 |
| 3.3 A19群体芽期耐盐性鉴定 |
| 3.3.1 盐胁迫对种子萌发的影响 |
| 3.3.2 各个指标间的耐盐性差异 |
| 3.3.3 A19群体的综合评价 |
| 3.4 A17及A18群体芽期耐盐性鉴定 |
| 3.5 小冰麦分子标记筛选及鉴定 |
| 3.5.1 小冰麦EST-SSR分布特点 |
| 3.5.2 EST-SSR的基元重复类型及特征 |
| 3.5.3 EST-SSR不同核苷酸优势基元的特征 |
| 3.5.4 EST-SSR的引物设计 |
| 3.5.5 耐盐、盐敏感池间的多态性引物筛选 |
| 3.5.6 耐盐、盐敏感池单株间引物多态性验证 |
| 3.5.7 小冰麦性状与标记的相关分析 |
| 3.6 小冰麦细胞学鉴定 |
| 3.6.1 小冰麦亲本PSR3628的细胞遗传学鉴定 |
| 3.6.2 小冰麦细胞学鉴定 |
| 第四章 讨论与结论 |
| 4.1 讨论 |
| 4.1.1 小麦芽期耐盐性鉴定及评价指标 |
| 4.1.2 EST-SSR标记的分布特点 |
| 4.1.3 耐盐分子标记的开发利用 |
| 4.1.4 耐盐基因及其染色体定位 |
| 4.2 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 Ⅰ |
| 附录 Ⅱ |
（4）黄金芽茶树CsCPOX和CsPPOX基因的克隆与表达（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 1 引言 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.2 研究进展 |
| 1.2.1 植物叶色突变的研究进展 |
| 1.2.2 植物黄化的研究进展 |
| 1.2.3 高等植物的叶绿素合成 |
| 1.2.4 叶绿素合成受阻位点的研究进展 |
| 1.3 本研究技术方案 |
| 1.3.1 研究内容 |
| 1.3.2 技术路线 |
| 1.3.3 目的意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 植物材料 |
| 2.1.2 植物材料培养与处理 |
| 2.1.3 酶、试剂盒、生化试剂等 |
| 2.1.4 仪器与设备 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 叶绿素类、胡萝卜素的测定 |
| 2.2.2 其他色素含量及酶活的测定 |
| 2.2.3 植物总RNA的提取 |
| 2.2.4 基因克隆 |
| 2.2.5 生物信息学分析 |
| 2.2.6 实时定量荧光PCR分析 |
| 2.3 数据处理及分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 CsCPOX基因克隆与生物信息学分析 |
| 3.1.1 CsCPOX基因克隆 |
| 3.1.2 CsCPOX编码蛋白理化性质分析 |
| 3.1.3 CsCPOX编码蛋白高级结构预测 |
| 3.1.4 CsCPOX氨基酸序列系统进化树分析 |
| 3.2 CsPPOX基因克隆与生物信息学分析 |
| 3.2.1 CsPPOX基因克隆 |
| 3.2.2 CsPPOX编码蛋白理化性质分析 |
| 3.2.3 CsPPOX编码蛋白高级结构预测 |
| 3.2.4 CsPPOX氨基酸序列系统进化树分析 |
| 3.3 光照对基因表达和酶活性的影响 |
| 3.3.1 光照对CsCPOX和CsPPOX基因表达的影响 |
| 3.3.2 光照对CPOX和PPOX酶活性的影响 |
| 3.4 叶位对基因表达和酶活性的影响 |
| 3.4.1 叶位对CsCPOX和CsPPOX基因表达的影响 |
| 3.4.2 叶位对CPOX和PPOX酶活性的影响 |
| 3.5 光照和叶位对黄金芽叶色及光合色素的影响 |
| 3.5.1 光照对黄金芽叶色及光合色素物质的影响 |
| 3.5.2 叶位对黄金芽叶色及光合色素物质的影响 |
| 4 讨论 |
| 4.1 CsCPOX基因的克隆与表达分析 |
| 4.2 CsPPOX基因的克隆与表达分析 |
| 4.3 黄金芽叶片黄化的机理 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表论文情况 |
（5）陆地棉优异种质J02-508纤维相关性状QTL定位及偏分离分析（论文提纲范文）
| 符号说明 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 棉花的起源和分类 |
| 1.2 棉花种间杂交在育种上的应用 |
| 1.3 棉花纤维发育研究 |
| 1.3.1 棉花纤维发育过程 |
| 1.3.2 影响棉花纤维发育的相关激素 |
| 1.4 棉花遗传图谱构建与QTL定位研究进展 |
| 1.4.1 分子标记的类型 |
| 1.4.2 分子标记的开发 |
| 1.4.3 作图群体 |
| 1.4.4 QTL定位研究进展 |
| 1.5 标记偏分离研究进展 |
| 1.5.1 引起标记偏分离的因素 |
| 1.5.2 偏分离标记的研究方法 |
| 1.6 本研究的目的意义 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 植物材料 |
| 2.1.2 菌株与载体材料 |
| 2.1.3 常用酶与试剂 |
| 2.2 常规分子实验方法 |
| 2.2.1 棉花叶片总DNA提取 |
| 2.2.2 棉花总RNA的提取 |
| 2.2.3 cDNA第一链的合成 |
| 2.2.4 荧光定量q RT-PCR扩增 |
| 2.2.5 PCR目标片段的回收、纯化与连接 |
| 2.2.6 感受态细胞的转化 |
| 2.2.7 阳性克隆质粒DNA提取 |
| 2.3 群体构建 |
| 2.4 性状调查与分析 |
| 2.4.1 纤维产量品质相关性状考察 |
| 2.4.2 数据分析 |
| 2.5 GBS(genotyping-by-sequencing)文库构建及SNP标记开发 |
| 2.6 遗传图谱构建与QTL定位 |
| 2.7 纤维长度相关SOT基因的分析与初步功能验证 |
| 2.7.1 棉花SOT基因家族序列提取与鉴定 |
| 2.7.2 染色体定位与系统发育分析 |
| 2.7.3 陆地棉GH_D11G2586 基因克隆 |
| 2.7.4 陆地棉GH_D11G2586 基因的组织定位 |
| 2.7.5 陆地棉GH_D11G2586 基因VIGS实验 |
| 2.8 偏分离现象分析 |
| 2.8.1 标记偏分离检测 |
| 2.8.2 重组频率分析 |
| 2.8.3 Binmap构建与关联分析 |
| 2.8.4 遗传图谱校正与QTL定位 |
| 2.9 J02-508 中外源片段的供体鉴定与验证 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 亲本与群体表型分析 |
| 3.1.1 亲本纤维产量与品质性状表型分析 |
| 3.1.2 群体纤维产量与品质性状表型数据描述性统计 |
| 3.1.3 群体各世代间的相关性分析 |
| 3.1.4 群体纤维产量与品质性状间的相关性分析 |
| 3.2 遗传图谱构建与QTL定位 |
| 3.2.1 GBS技术测序数据统计 |
| 3.2.2 SNP标记的开发与染色体分布 |
| 3.2.3 高密度遗传图谱构建 |
| 3.2.4 QTL定位 |
| 3.3 纤维长度相关基因的分析与功能验证 |
| 3.3.1 棉花中SOT基因家族的鉴定 |
| 3.3.2 SOT家族基因的共线性与重复事件 |
| 3.3.3 SOT家族基因的系统发育分析 |
| 3.3.4 陆地棉GH_D11G2586 基因的组织定位 |
| 3.3.5 陆地棉中GH_D11G2586 基因干扰VIGS实验 |
| 3.4 多态性SNP标记的偏分离分析 |
| 3.4.1 SNP标记偏分离统计 |
| 3.4.2 D08 染色体上偏分离标记分析 |
| 3.5 J02-508中D08 染色体上外源棉种血缘的鉴定与验证 |
| 3.5.1 D08 染色体的外源供体鉴定 |
| 3.5.2 D08 染色体外源供体验证 |
| 3.5.3 D08 染色体上外源片段断点验证 |
| 4 讨论 |
| 4.1 纤维产量与品质的QTL定位 |
| 4.2 SOT基因家族特点及其与棉花纤维发育的关系 |
| 4.3 偏分离标记的研究 |
| 4.4 外源渐渗片段与性状的关系 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表论文情况 |
（6）老芒麦高密度遗传图谱构建及落粒相关基因QTL定位（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一章 引言 |
| 第二章 国内外研究进展 |
| 2.1 遗传多样性及DNA分子标记研究进展 |
| 2.1.1 遗传多样性概述及研究方法 |
| 2.1.2 DNA分子标记的类型 |
| 2.1.3 DNA分子标记的应用 |
| 2.1.4 披碱草属植物遗传进化研究 |
| 2.1.5 老芒麦遗传多样性研究 |
| 2.2 DNA测序技术原理及研究进展 |
| 2.3 遗传图谱构建及QLT定位 |
| 2.3.1 遗传作图原理与方法 |
| 2.3.2 QTL作图原理与方法 |
| 2.3.3 牧草遗传连锁图谱构建及重要农艺性状QTL定位研究进展 |
| 2.4 全基因组关联分析 |
| 2.4.1 关联分析的基础、优势和策略 |
| 2.4.2 牧草重要农艺性状全基因组关联分析研究进展 |
| 2.5 落粒性状及禾本科牧草落粒研究进展 |
| 2.5.1 植物器官脱落的解剖学基础 |
| 2.5.2 植物器官脱落的生理基础 |
| 2.5.3 落粒基因研究进展 |
| 2.5.4 禾本科牧草落粒研究进展 |
| 2.6 老芒麦育种研究概况 |
| 2.7 本研究的目的意义及技术路线 |
| 2.7.1 目的及意义 |
| 2.7.2 技术路线 |
| 第三章 老芒麦EST-SSR分子标记开发与应用 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 供试材料 |
| 3.2.2 EST-SSR分子标记识别 |
| 3.2.3 DNA提取及浓度检测 |
| 3.2.4 PCR扩增及凝胶电泳 |
| 3.2.5 PCR扩增产物序列验证 |
| 3.2.6 数据处理 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 EST-SSR的频率及分布 |
| 3.3.2 引物通用性及多态性分析 |
| 3.3.3 PCR产物验证 |
| 3.3.4 披碱草属遗传多样性分析 |
| 3.3.5 披碱草属遗传结构和遗传进化分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 基于转录组测序的老芒麦EST-SSR分子标记开发 |
| 3.4.2 披碱草属不同基因组材料的遗传进化关系 |
| 3.4.3 种质资源保存策略 |
| 第四章 老芒麦种质资源遗传多样性评价与作图群体构建 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 供试材料 |
| 4.2.2 试验地概况 |
| 4.2.3 表型观测项目及方法 |
| 4.2.4 DNA提取及PCR扩增 |
| 4.2.5 数据处理 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 老芒麦种质资源落粒性评价 |
| 4.3.2 EST-SSR标记多态性及老芒麦遗传多样性分析 |
| 4.3.3 遗传图谱作图亲本选择 |
| 4.3.4 F_1群体构建及其遗传和表型变异评价 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 老芒麦遗传多样性 |
| 4.4.2 老芒麦落粒性遗传改良 |
| 第五章 老芒麦高密度遗传图谱构建与落粒QTL定位 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 供试材料 |
| 5.2.2 试验地概况 |
| 5.2.3 表型观测项目及方法 |
| 5.2.4 基因组DNA提取、SLAF文库构建及高通量测序 |
| 5.2.5 高密度遗传图谱构建 |
| 5.2.6 落粒相关性状QTL分析 |
| 5.2.7 候选基因挖掘 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 测序数据统计与评价 |
| 5.3.2 SLAF标签开发 |
| 5.3.3 遗传图谱构建 |
| 5.3.4 图谱质量评价 |
| 5.3.5 F_2群体表型变异 |
| 5.3.6 QTL作图及比较基因组分析 |
| 5.4 讨论 |
| 5.4.1 基于新一代基因组测序技术构建首张老芒麦高密度遗传图谱 |
| 5.4.2 老芒麦落粒性QLT位点检测 |
| 5.4.3 老芒麦落粒候选基因挖掘 |
| 第六章 老芒麦落粒性全基因组关联分析 |
| 6.1 前言 |
| 6.2 材料与方法 |
| 6.2.1 供试材料 |
| 6.2.2 试验地概况 |
| 6.2.3 表型观测项目及方法 |
| 6.2.4 基因组DNA提取、酶切建库、测序及SLAF标签开发 |
| 6.2.5 遗传进化、亲缘关系及连锁不平衡分析 |
| 6.2.6 全基因组关联分析 |
| 6.2.7 候选基因 |
| 6.3 结果 |
| 6.3.1 实验建库评估及测序数据统计 |
| 6.3.2 SLAF标签开发及SNP信息统计 |
| 6.3.3 连锁不平衡和亲缘关系分析 |
| 6.3.4 遗传进化分析 |
| 6.3.5 表型性状评价及相关性分析 |
| 6.3.6 关联分析 |
| 6.3.6.1 老芒麦落粒性关联分析及候选基因挖掘 |
| 6.3.6.2 老芒麦种子相关性状关联分析及候选基因挖掘 |
| 6.3.6.3 老芒麦产量相关性状关联分析及候选基因挖掘 |
| 6.4 讨论 |
| 6.4.1 连锁不平衡与群体结构 |
| 6.4.2 表型多样性与关联分析 |
| 6.4.3 落粒候选基因挖掘 |
| 第七章 结论与创新点 |
| 7.1 结论 |
| 7.2 主要创新点 |
| 7.3 展望 |
| 参考文献 |
| 附表 |
| 附图 |
| 缩略词表 |
| 在学期间参与的科研项目 |
| 在学期间的研究成果 |
| 在学期间获得的荣誉 |
| 致谢 |
（7）谷子WRKY基因家族鉴定及SiWRKY89基因功能鉴定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.植物转录因子研究进展 |
| 1.1 植物转录因子概念 |
| 1.2 植物转录因子结构与分类 |
| 1.3 植物转录因子生物学功能 |
| 2.WRKY转录因子的研究进展 |
| 2.1 WRKY转录因子的概念 |
| 2.2 WRKY转录因子的结构与分类 |
| 2.3 WRKY转录因子功能研究 |
| 3.本研究的目的和意义 |
| 4.技术路线图 |
| 第二章 谷子WRKY转录因子基因家族的鉴定 |
| 1.材料与方法 |
| 1.1 数据来源 |
| 1.2 实验方法 |
| 2.结果与分析 |
| 2.1 谷子SiWRKY家族成员的鉴定和染色体定位分析 |
| 2.2 谷子SiWRKY基因的染色体定位分析 |
| 2.3 谷子SiWRKY成员的序列比对与系统发育分析 |
| 2.4 谷子SiWRKY基因的表达谱分析 |
| 3.讨论 |
| 第三章 谷子SiWRKY89 基因功能的鉴定 |
| 1.材料 |
| 1.1 植物材料 |
| 1.2 菌株和载体 |
| 1.3 酶和试剂盒 |
| 2.方法 |
| 2.1 植物材料总RNA抽提及反转录反应 |
| 2.2 荧光定量PCR分析 |
| 2.3 SiWRKY89 启动子中的顺式作用元件 |
| 2.4 SiWRKY89 的亚细胞定位 |
| 2.5 SiWRKY89 超量表达载体的构建 |
| 2.6 拟南芥的培养 |
| 2.7 拟南芥的转化 |
| 2.8 纯合转基因拟南芥株系的获得和检测 |
| 2.9 转基因拟南芥表型分析 |
| 2.10 转基因拟南芥的转录组分析 |
| 3.结果与分析 |
| 3.1 SiWRKY89 的亚细胞定位 |
| 3.2 SiWRKY89 的启动子顺式作用原件分析 |
| 3.3 SiWRKY89 的时空表达和在逆境胁迫下的表达 |
| 3.4 获得SiWRKY89 超量表达的转基因拟南芥 |
| 3.5 过量表达SiWRKY89 提高转基因拟南芥的抗逆性 |
| 3.6 干旱胁迫转基因拟南芥的转录组分析 |
| 4.讨论 |
| 4.1 SiWRKY89 基因的组织特异性和逆境胁迫下的表达情况 |
| 4.2 过表达SiWRKY89 提高拟南芥的抗旱性 |
| 第四章 结论 |
| 参考文献 |
| Abstract |
| 致谢 |
（8）小麦旗叶表皮蜡质QTL定位及烷烃合成酶候选基因的功能分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 植物表皮蜡质研究概况 |
| 1.1.1 植物表皮蜡质的组分及结构 |
| 1.1.2 植物表皮蜡质的生物学功能 |
| 1.2 表皮蜡质的生物合成及运输 |
| 1.2.1 脂肪酸的从头合成 |
| 1.2.2 长链脂肪酸的延伸 |
| 1.2.3 植物表皮蜡质的生物合成 |
| 1.2.4 植物表皮蜡质的运输 |
| 1.2.5 蜡质合成与运输的生物学调控 |
| 1.3 植物表皮蜡质在抗旱中的作用 |
| 1.4 小麦蜡质研究进展 |
| 1.5 本研究的目的和意义 |
| 1.6 本研究的技术路线 |
| 1.6.1 小麦旗叶表皮蜡质QTL定位的技术路线 |
| 1.6.2 烷烃合成酶候选基因(TaCER1)的克隆和功能分析 |
| 第二章 小麦旗叶表皮蜡质的QTLs定位 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料与仪器 |
| 2.2.1 材料 |
| 2.2.2 试剂 |
| 2.2.3 仪器 |
| 2.3 试验方法 |
| 2.3.1 植物表皮蜡质提取 |
| 2.3.2 植物表皮气相色谱、质谱分析 |
| 2.3.3 植物表皮蜡质晶体的显微结构观察 |
| 2.3.4 小麦旗叶表皮白霜(Flag Leaf Glaucousness,FLG)性状观察方法 |
| 2.3.5 连锁图谱构建和QTL鉴定 |
| 2.4 数据分析 |
| 2.5 结果与分析 |
| 2.5.1 HL群体亲本Heyne和 Lakin叶片表型和蜡质晶体结构分析 |
| 2.5.2 HL群体亲本Heyne和 Lakin叶片蜡质组分分析 |
| 2.5.3 145个F6 代的重组自交系表型观察及白霜状表型QTL定位分析 |
| 2.5.4 RIL群体旗叶蜡质成分的表型变异 |
| 2.5.5 3AL染色体上旗叶表皮蜡质成分的主要QTL定位 |
| 2.5.6 3AL染色体上旗叶蜡质含量QTL区域的比较基因组学分析 |
| 2.6 讨论 |
| 第三章 小麦不同发育时期各组织蜡质分析 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料和试剂 |
| 3.2.1 材料 |
| 3.2.2 试剂 |
| 3.2.3 仪器 |
| 3.3 试验方法 |
| 3.3.1 植物表皮蜡质的提取 |
| 3.3.2 植物表皮气相色谱、质谱分析 |
| 3.3.3 植物表皮蜡质晶体的显微结构观察 |
| 3.4 结果与分析 |
| 3.4.1 小麦各组织蜡质扫描电镜观察 |
| 3.4.2 小麦各组织蜡质组成分析 |
| 3.4.3 中国春叶片烷烃动态变化 |
| 3.5 讨论 |
| 第四章 小麦烷烃合成酶候选基因Ta CER1 的克隆和功能分析 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 材料 |
| 4.2.2 仪器 |
| 4.2.3 主要试剂 |
| 4.2.4 引物序列 |
| 4.3 实验方法 |
| 4.3.1 目的基因的筛选 |
| 4.3.2 目的基因的克隆 |
| 4.3.3 候选基因序列分析 |
| 4.3.4 DNA提取方法 |
| 4.3.5 荧光定量PCR |
| 4.3.6 亚细胞定位的载体构建 |
| 4.3.7 拟南芥原生质体制备及转化方法 |
| 4.3.8 植物表达载体构建 |
| 4.3.9 农杆菌感受态细胞的制备及转化 |
| 4.3.9.1 拟南芥农杆菌感受态细胞的制备及转化 |
| 4.3.9.2 水稻农杆菌感受态细胞的制备及转化 |
| 4.3.10 农杆菌介导的转化拟南芥和水稻 |
| 4.3.11 转基因植株获得 |
| 4.3.12 转基因植株叶片蜡质提取和分析 |
| 4.3.13 转基因水稻失水速率和叶绿素浸提速率测定 |
| 4.3.14 小麦苗期的胁迫处理 |
| 4.4 结果与分析 |
| 4.4.1 TaCER1 候选基因的克隆和序列的信息分析 |
| 4.4.2 TaCER1 基因的定位和表达分析 |
| 4.4.3 TaCER1 基因在拟南芥和水稻中的异源超表达分析 |
| 4.4.4 转基因株系的蜡质成分分析 |
| 4.4.5 水稻转基因株系失水速率和叶绿素浸提速率分析 |
| 4.4.6 小麦TaCER1 基因在各种逆境处理下的表达分析 |
| 4.5 讨论 |
| 4.5.1 TaCER1-1A、TaCER1-2D、TaCER1-6A参与小麦烷烃的生物合成 |
| 4.5.2 表皮烷烃的积累会影响表皮特性并增强植株的耐旱性 |
| 4.5.3 小麦多倍化与蜡质生物学合成 |
| 第五章 结论 |
| 附录 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
（9）鲍鱼和牡丹BAC文库的构建及分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 1 前言 |
| 1.1 研究问题的由来 |
| 1.1.1 鲍鱼的研究背景 |
| 1.1.2 牡丹的研究背景 |
| 1.2 克隆载体的发展 |
| 1.3 BAC载体的发展 |
| 1.3.1 克隆载体pBACl08L |
| 1.3.2 克隆载体pBelo BAC11和pBACe3.6 |
| 1.3.3 克隆载体pCUGIBAC1 |
| 1.3.4 克隆载体pHZAUBAC1 |
| 1.4 BAC文库的应用 |
| 1.4.1 绘制物理图谱 |
| 1.4.2 基因的图位克隆 |
| 1.4.3 基于BAC克隆的测序 |
| 1.4.4 比较基因组学 |
| 1.4.5 其他方面的应用 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 实验菌株及克隆载体 |
| 2.3 实验主要仪器 |
| 2.4 实验主要试剂 |
| 2.5 实验方法 |
| 2.5.1 BAC载体制备 |
| 2.5.1.1 pHZAUBAC1 质粒的提取 |
| 2.5.1.2 pIndigo BAC536-S载体的制备 |
| 2.5.2 鲍鱼BAC文库的构建 |
| 2.5.2.1 鲍鱼样品处理 |
| 2.5.2.2 鲍鱼基因组DNA plug的制备 |
| 2.5.2.3 大片段DNA的部分酶解 |
| 2.5.2.4 大量酶切 |
| 2.5.2.5 大片段DNA第二次筛选 |
| 2.5.2.6 电洗脱与洗脱浓度检测 |
| 2.5.2.7 连接、脱盐、预转化与检测 |
| 2.5.2.8 大量转化与单克隆挑拣保存 |
| 2.5.2.9 鲍鱼BAC文库质量检测 |
| 2.5.2.10 文库细胞器污染率的估测 |
| 2.5.2.11 鲍鱼基因组BAC文库的复制和混合池构建 |
| 2.5.3 牡丹BAC文库的构建 |
| 2.5.3.1 牡丹样品采集 |
| 2.5.3.2 高质量DNA plug的获取 |
| 2.5.3.3 DNA预酶切 |
| 2.5.3.4 第一次筛选 |
| 2.5.3.5 合适大小的牡丹基因组DNA片段的获取 |
| 2.5.3.6 电洗脱与洗脱浓度检测 |
| 2.5.3.7 连接、脱盐、预转化与检测 |
| 2.5.3.8 大量转化与单克隆挑拣保存 |
| 2.5.3.9 牡丹文库质量检测 |
| 2.5.3.10 文库细胞器污染率的估测 |
| 2.5.3.11 牡丹文库的复制和混合池构建 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 BAC载体的制备 |
| 3.2 鲍鱼BAC文库构建 |
| 3.2.1 鲍鱼基因组DNA plug的制备 |
| 3.2.2 大片段DNA的部分酶解 |
| 3.2.3 大量酶切 |
| 3.2.4 大片段DNA的第二次筛选 |
| 3.2.5 电洗脱与浓度检测 |
| 3.2.6 连接、脱盐及预转化检测 |
| 3.2.7 鲍鱼基因组BAC文库质量检测 |
| 3.3 牡丹BAC文库构建 |
| 3.3.1 高质量DNA plug的获取 |
| 3.3.2 DNA的预酶切 |
| 3.3.3 第一次筛选 |
| 3.3.4 合适大小的牡丹基因组DNA片段的获取 |
| 3.3.5 电洗脱产物浓度检测 |
| 3.3.6 连接、脱盐及预转化 |
| 3.3.7 牡丹文库质量检测 |
| 4 讨论 |
| 4.1 高质量大片段DNA的制备 |
| 4.2 酶切条件的摸索与选择 |
| 4.3 两次筛选的必要性 |
| 4.4 连接产物脱盐的重要性 |
| 4.5 关于文库质量的鉴定 |
| 参考文献 |
| 附录一 部分试剂配方 |
| 附录二 碱裂解法提取BAC质粒 |
| 致谢 |
（10）甘蓝型油菜硼高效基因的定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词表 |
| 1 文献综述 |
| 1.1 硼的概述 |
| 1.1.1 硼的基本理化性质 |
| 1.1.2 植物的硼营养 |
| 1.1.2.1 植物应对低硼胁迫的形态学变化 |
| 1.1.2.2 植物应对硼胁迫亚细胞水平的变化 |
| 1.2 植物硼营养的生理功能 |
| 1.2.1 硼与细胞壁的结构与功能 |
| 1.2.2 硼稳定细胞膜的结构与功能 |
| 1.2.3 硼调节酚类代谢和木质化作用 |
| 1.2.4 硼与植物激素的代谢 |
| 1.2.5 硼促进碳水化合物的运输和代谢 |
| 1.2.6 硼促进植物生殖器官的建成与发育 |
| 1.3 植物耐低硼胁迫的应答机制 |
| 1.3.1 植物硼效率的基因型差异 |
| 1.3.2 植物硼营养高效的机制 |
| 1.3.2.1 硼的高效吸收 |
| 1.3.2.2 硼的高效运输 |
| 1.3.2.3 硼的高效利用 |
| 1.3.2.4 转录因子介导的硼高效 |
| 1.4 甘蓝型油菜硼高效研究进展 |
| 1.5 植物数量性状与QTL研究 |
| 1.5.1 植物数量性状 |
| 1.5.2 植物QTL研究 |
| 1.5.2.1 QTL定位方法 |
| 1.5.2.2 上位性互作效应 |
| 1.5.2.3 QTL的克隆 |
| 1.5.3 推动QTL定位发展的双翼 |
| 1.5.3.1 高通量测序分子标记技术的发展 |
| 1.5.3.2 高通量表型调查技术及表型组学的发展 |
| 1.5.4 植物硼营养性状QTL的研究进展 |
| 1.6 芸薹科物种基因组间的比较研究 |
| 2 本研究的意义、目的、基础、内容及技术路线 |
| 2.1 研究意义 |
| 2.2 研究基础 |
| 2.3 研究目标及内容 |
| 2.4 技术路线 |
| 3 甘蓝型油菜硼高效QTL与互作分析 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 试验材料与DNA提取 |
| 3.2.2 BQ DH遗传连锁图谱的构建 |
| 3.2.2.1 本实验室公共SSR引物的基因型分析 |
| 3.2.2.2 新近开发的芸薹属SSR标记 |
| 3.2.2.3 硼吸收代谢相关基因的GBM标记的开发 |
| 3.2.2.4 引物多态性的电泳检测 |
| 3.2.2.5 分子标记的记录 |
| 3.2.2.6 遗传连锁图谱的构建 |
| 3.2.3 田间试验及性状考察 |
| 3.2.3.1 田间试验设计 |
| 3.2.3.2 产量及相关性状的考察与测定 |
| 3.2.3.3 缺硼指数性状的考察 |
| 3.2.4 数据统计分析 |
| 3.2.5 QTL的检测和分析 |
| 3.2.5.1 QTL的检测 |
| 3.2.5.2 QTL的比较分析 |
| 3.2.5.3 上位性互作对的检测 |
| 3.2.6 候选基因在BQ DH遗传连锁图谱上的in silico定位 |
| 3.2.6.1 BQ DH遗传连锁图谱与拟南芥的比较作图 |
| 3.2.6.2 候选基因的收集和候选基因的电子定位 |
| 3.2.7 BQ DH遗传连锁图谱和白菜基因组的比较作图 |
| 3.2.8 利用白菜相关功能基因开发GB-SSR标记 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.3.1 甘蓝型油菜硼高效遗传连锁图谱的构建 |
| 3.3.1.1 亲本间引物多态性的筛选 |
| 3.3.1.2 BQ DH群体基因型的检测 |
| 3.3.1.3 硼高效分子遗传连锁图谱的构建 |
| 3.3.1.4 遗传连锁图谱上偏分离标记的分析 |
| 3.3.2 不同硼水平下甘蓝型油菜产量及相关性状的表型变异 |
| 3.3.2.1 QY10和Bakow籽粒产量及相关性状的表型变异 |
| 3.3.2.2 BQ DH群体籽粒产量及相关性状的表型变异 |
| 3.3.2.3 BQ DH群体籽粒产量及相关性状的相关性分析 |
| 3.3.2.4 BQ DH群体缺硼指数性状的表型变异 |
| 3.3.3 甘蓝型油菜BQ DH群体各性状QTL的检测 |
| 3.3.3.1 不同硼水平下BQ DH群体产量及产量相关性状QTL的检测 |
| 3.3.3.2 BQ DH群体硼缺乏条件下缺硼指数性状QTL的检测与分析 |
| 3.3.4 不同硼水平下BQ DH群体上位性互作对的检测与分析 |
| 3.3.5 BQ DH群体与其它遗传群体的QTL比较分析 |
| 3.3.6 BQ DH遗传图谱与拟南芥基因组的比较作图及in silico定位 |
| 3.3.6.1 BQ DH遗传图谱与拟南芥基因组的比较作图 |
| 3.3.6.2 QTL区间候选基因的in-silico定位 |
| 3.3.7 GBM在QTL及上位性互作对的定位及候选基因的预测 |
| 3.3.8 BQ DH和TN DH遗传图谱与白菜基因组的比较作图及硼高效候选基因的预测分析 |
| 3.3.8.1 BQ DH和TN DH遗传图谱与白菜基因组A2的比较作图 |
| 3.3.8.2 甘蓝型油菜硼高效主效QTL：BnBE1 |
| 3.3.8.3 硼高效主效位点BnBE1的候选基因的预测与分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 偏分离的普遍性及其对QTL作图可能的影响 |
| 3.4.2 低硼环境对甘蓝型油菜生长发育及产量的影响 |
| 3.4.3 多群体在检测稳定QTL位点中的应用 |
| 3.4.4 上位性互作效应也是性状变异的重要遗传基础 |
| 3.4.5 QTL区间候选基因的预测 |
| 3.4.6 甘蓝型油菜硼高效主效位点BnBE1近等基因系的构建 |
| 4 研究总结与展望 |
| 4.1 研究总结 |
| 4.2 主要创新点 |
| 4.3 本研究不足之处 |
| 4.4 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附表1 本研究根据白菜A2染色体基因组序列开发的50对SSR标记序列信息 |
| 附表2 BQ DH遗传连锁图谱及其与拟南芥基因组的比较作图 |
| 附表3 BQ DH群体三年田间试验不同硼处理下检测到的籽粒产量及产量相关性状的QTL |
| 附表4 拟南芥硼代谢相关基因和产量及产量相关性状的基因在BQ DH群体上的电子定位 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 在读期间发表论文 |
| 会议摘要 |
四、Comparative Mapping of Cotton and Arabidopsis（论文参考文献）
- [1]江苏省植物细胞遗传学研究回顾与展望[J]. 王海燕,龚志云,蒋甲福,周宝良,娄群峰,曹清河,席梦利,陈佩度,顾铭洪,张天真,陈发棣,陈劲枫,李宗芸,王秀娥. 遗传, 2021(05)
- [2]利用染色体片段置换系鉴定水稻产量相关性状QTL及四个抽穗期基因之间的遗传互作研究[D]. 张波. 华中农业大学, 2020(02)
- [3]耐盐小冰麦筛选及分子细胞遗传学鉴定[D]. 杨春苗. 贵州大学, 2020(03)
- [4]黄金芽茶树CsCPOX和CsPPOX基因的克隆与表达[D]. 王瀚悦. 山东农业大学, 2020(12)
- [5]陆地棉优异种质J02-508纤维相关性状QTL定位及偏分离分析[D]. 王丽媛. 山东农业大学, 2020(08)
- [6]老芒麦高密度遗传图谱构建及落粒相关基因QTL定位[D]. 张宗瑜. 兰州大学, 2020
- [7]谷子WRKY基因家族鉴定及SiWRKY89基因功能鉴定[D]. 邢恒荣. 山西农业大学, 2019
- [8]小麦旗叶表皮蜡质QTL定位及烷烃合成酶候选基因的功能分析[D]. 李婷婷. 西北农林科技大学, 2019
- [9]鲍鱼和牡丹BAC文库的构建及分析[D]. 陈卓. 华中农业大学, 2019(02)
- [10]甘蓝型油菜硼高效基因的定位[D]. 赵尊康. 华中农业大学, 2013(12)