一、细菌对噬菌体感染的抵抗（论文文献综述）
王莉[1]（2021）在《圣草酚对金黄色葡萄球菌Sortase A的抑制作用与机制研究》文中提出耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）是一种多重耐药病原菌,不仅对甲氧西林耐药,也对苯唑西林、头孢西丁等β-内酰胺类抗生素和其他种类抗生素耐药。MRSA是一种重要的共生和机会性致病菌,可导致从中度的皮肤及软组织感染到更严重的心内膜炎、菌血症、肺炎、败血症、骨髓炎等多种疾病。尽管近年来MRSA的发病率在许多国家有所下降,但其相关并发症带来的高死亡率仍是临床实践中的一大威胁。因此,开发新型抗生素仍是治疗MRSA感染不可或缺的策略,然而,新型抗生素的开发是困难的、缓慢的,其研发的速度远远落后于耐药菌株产生的速度。因此,当务之急是寻找新的策略来对抗日益强大和不断进化的多重耐药病原菌。金黄色葡萄球菌（金葡菌）能够在宿主环境或极端条件下生存和繁殖主要是由于其自身表达多种毒力因子,包括表面相关粘附素和分泌的毒素蛋白等。分泌毒素和酶会损害宿主细胞和组织,参与宿主免疫系统的清除,并促进细菌在宿主内扩散。通过小分子抑制剂靶向金葡菌毒力是一种有前途的方法,在减轻感染同时不会对细菌施加选择性压力,从而降低了耐药性发展的风险。几种表面相关的粘附素,如ClfA/ClfB、纤连蛋白结合蛋白（FnBPs）和粘附素（CAN）都与金葡菌感染的发病机制相关,而这些毒力因子均是通过分选酶A（Sortase A,SrtA）共价锚定至细菌细胞壁表面。因此,SrtA被认为是开发新型抗感染药物的理想靶点。本研究中,我们从多种天然化合物中筛选SrtA抑制剂,其中黄酮类化合物圣草酚能在低浓度下显着抑制SrtA活性,其IC50值低于大多数目前已报道的SrtA抑制剂。重要的是,最小抑菌浓度及生长曲线显示圣草酚在抑制SrtA浓度下,并不影响细菌生长,在一定程度上避免了耐药性产生的可能性,可作为对抗耐药菌和毒力的创新手段。随后,我们进一步验证了黄酮类化合物圣草酚体外对SrtA及其相关毒力表型的影响。结果表明,圣草酚能抑制金葡菌与纤维蛋白原的粘附,减少生物膜的形成和葡萄球菌表面蛋白A（SpA）在细胞壁上的锚定。荧光猝灭和局部表面等离子共振实验揭示了圣草酚与SrtA之间有很强的相互作用。分子对接及分子动力学模拟进一步阐明了圣草酚通过不同的氨基酸残基相互作用而与SrtA结合,总结合自由能(?Gbind)分别为-12.4 kcal/mol。此外,圣草酚降低了金葡菌对A549细胞的粘附依赖性侵袭。随后对其体内抑制作用进行研究,在小鼠模型中进一步评估了对MRSA诱导的肺炎的治疗效果。结果表明,圣草酚可通过抑制SrtA来减弱金葡菌的毒力,显着提高了小鼠的存活率,减少了金葡菌在肺部组织的定植改善了肺部组织的损伤,可阻断小鼠肺炎模型中感染的发展。总的来说,圣草酚通过抑制SrtA,减弱MRSA的毒力并防止耐药性的发展,这表明圣草酚有希望成为控制MRSA感染的先导化合物。抗毒力药物与抗生素的联合使用是当前对抗多重耐药病原菌的策略之一。抗毒力疗法可以与传统的抗菌剂协同使用,从而减少每种药物的使用。此外,随着治疗剂的减少,病原菌产生耐药性的机会将会减少。本研究采用棋盘法和时间杀菌曲线证实了圣草酚能够与头孢西丁协同对抗MRSA,其FIC指数为0.3125。此外,在MRSA诱导的小鼠肺炎模型中,圣草酚有效地增强了头孢西丁体内抗MRSA活性。以上结果表明,圣草酚是金葡菌SrtA的高效抑制剂,显着降低MRSA的致病力,对感染小鼠肺炎具有显着的治疗效果。此外,圣草酚还可与头孢西丁联合使用,提高了头孢西丁在体内外抗MRSA作用,为有效控制金葡菌感染提供了新的策略。
商俊杰,张春婷,谢立国,魏云林[2]（2021）在《裂解或溶源-细菌遭遇噬菌体后的命运抉择》文中提出噬菌体是地球上数量最丰富的有机体,其在自然生态系统的塑造和细菌进化驱动中发挥着至关重要的作用。在与宿主的相互斗争中,噬菌体可以选择以下2种方式决定其与宿主的命运:（1）裂解:通过裂解宿主细胞最终大量释放噬菌体颗粒;（2）溶源:将其染色体整合到宿主细胞基因组中,与宿主建立一种潜在的互存关系。对于一些温和的噬菌体,这种倾向进一步受到感染多样性的调节,其中单一感染主要是裂解性的,而多重感染则多是溶源性的。溶源性的噬菌体不仅可以根据外界环境的理化因子,还可以通过细菌自身的群体感应系统来启动裂解-溶源开关,进而决定其宿主菌的命运。与此同时,宿主细菌在与噬菌体长时间的斗争中也进化出了针对噬菌体的手段。总而言之,噬菌体深刻影响着细菌的群落动态、基因组进化和生态系统等,而这一切都取决于噬菌体与宿主间的斗争模式（裂解/溶源性感染）。本文探讨了导致温和噬菌体对宿主菌进行裂解-溶源命运抉择的影响因素并系统性总结了细菌在面对噬菌体侵染时的应对策略的最新研究进展,以期能为噬菌体与宿主的研究提供建议和帮助。
王灿,高明明,俞鑫婷,刘艳楠,米志强[3]（2021）在《KL2型鲍曼不动杆菌噬菌体解聚酶克隆及抗菌活性分析》文中提出【背景】噬菌体解聚酶是噬菌体在裂解细菌过程中产生的一种抗菌蛋白,关于鲍曼不动杆菌荚膜分型及常见型别噬菌体解聚酶的研究报道较少。【目的】以KL2型鲍曼不动杆菌为研究对象,从噬菌体IME-AB2中克隆解聚酶,在大肠杆菌中进行可溶性表达并研究其体外抗菌活性。【方法】应用二代测序及生物信息学方法鉴定鲍曼不动杆菌荚膜型,分析IME-AB2全基因组。应用分子克隆技术克隆ORF76假定的尾丝蛋白（Putative Tail Fiber）基因,构建重组表达载体pEASY-Blunt-E1-gp76,在大肠杆菌BL21（DE3）中诱导表达,通过Ni-NTA亲和层析纯化解聚酶,研究解聚酶体外抗菌活性。【结果】构建了pEASY-Blunt-E1-gp76解聚酶重组表达质粒,该重组质粒在大肠杆菌中得到可溶性表达;体外活性分析显示,该重组蛋白在体外能够对所有的KL2型鲍曼不动杆菌具有较好的抗菌活性,解聚酶联合人和狗的血清具有很好的杀菌活性。【结论】鉴定解聚酶并提高其抗菌谱具有重要意义,也是噬菌体及解聚酶用于治疗耐药菌研究领域急需解决的重要问题之一。
张明阳,任彪,贾燕涛[4]（2021）在《细菌与噬菌体相互抵抗机制研究进展》文中研究表明噬菌体作为一种侵染细菌的病毒,能够特异性识别宿主细菌。近年来,抗生素的过度使用导致耐药细菌的出现,噬菌体有望成为对抗耐药细菌的新武器。在细菌与噬菌体长期共进化过程中,二者都演化出一系列抵御策略。本文从抑制噬菌体吸附、阻止噬菌体DNA进入、切割噬菌体基因组、流产感染以及群体感应对噬菌体的调控等方面,对细菌抵抗噬菌体的机制以及噬菌体应对细菌的策略进行了综述,同时还列举了细菌和噬菌体相互抵抗机制的检测方法,以期为噬菌体在细菌控制中的应用以及探究细菌抵抗噬菌体的机制提供理论依据。
季强,金琳,栗绍文,宋厚辉,刘梅[5]（2021）在《前噬菌体对细菌毒力的影响》文中研究说明前噬菌体是溶原性噬菌体整合在细菌染色体上的DNA,它们在细菌基因组中广泛存在,在病原菌中更是频繁存在,且与细菌的毒力密切相关。本文从前噬菌体增强细菌的黏附性、编码细菌毒素和调控毒素的产生与释放、协助细菌逃避宿主防御、参与细菌生物被膜的形成和降低细菌的毒力方面论述了前噬菌体对细菌毒力的影响,以增加人们对噬菌体的了解,并为研究细菌的毒力提供参考,进而为人们制定从噬菌体的角度来消除病原菌的方针和策略提供依据。
钟卓君,饶贤才,乐率[6]（2021）在《细菌耐受噬菌体感染的分子机制研究进展》文中研究指明噬菌体是能感染细菌的病毒。为了抵抗噬菌体的感染,细菌进化出多种抵抗噬菌体感染的机制,这些机制的阐析极大地促进了基因编辑领域的发展,同时也为噬菌体治疗的开展奠定了基础。本文就细菌针对噬菌体感染的各个环节所进行的抵抗及其分子机制进行了简要综述,同时讨论了这些防御系统的存在对细菌自身的影响,分析了当前细菌耐受噬菌体机制研究存在的局限性,并对未来研究进行了展望。
张莉萍,甄向凯,欧阳松应[7]（2021）在《噬菌体群体感应系统及其分子机理研究进展》文中认为群体感应（Quorum Sensing,QS）是微生物群体在生长过程中,随着群体密度的增加,其分泌的"信号分子"的浓度达到一定阈值后与微生物体内特定受体结合,从而影响微生物特定基因表达,导致其生理和生化特性的变化,表现出少量菌体或单个菌体所不具备的特征。1994年Fuqua提出群体感应概念后就成为微生物领域的研究热点。然而,群体感应的研究主要集中在细菌中,但近年来群体感应在噬菌体、真菌中也不断被发现,尤其自2017年Erez在多种枯草芽孢杆菌噬菌体中发现群体感应现象,并且揭示噬菌体群体感应主要调控其溶源-裂解途径的转换。近年来的研究又陆续在其他噬菌体中发现了群体感应。本文综述了噬菌体群体感应系统最新研究进展及其相关的基因功能和分子机理。
张和,张新宇,安文林,童贻刚[8]（2021）在《工程化噬菌体在解决细菌耐受性问题中的应用策略》文中研究表明细菌对抗菌药的强耐受性是临床治疗感染性疾病的一大难题,也因此受到人们的广泛关注。细菌通过多种机制获得耐药性,从而逃避抗菌类药物的杀灭。噬菌体是一类特异性侵染细菌等微生物的病毒群体,近年来其在临床上耐药菌感染性疾病治疗的应用中取得了一些成效,但随之出现的噬菌体耐受性问题使其应用受到一定的限制。该文综述了细菌耐受性,即细菌对抗菌药的耐药性和对噬菌体的耐受性的主要机制,以及当前合成生物学在解决细菌耐受抗生素和耐受天然噬菌体中的主要进展。
金帆,高艳梅,黄亚佳,蒲璐,夏霖[9]（2021）在《铜绿假单胞菌感染治疗现状》文中研究说明铜绿假单胞菌具有超强的本质耐药性和耐药性产生能力,因此对于感染铜绿假单胞菌的患者,多重耐药的铜绿假单胞菌的出现往往意味着抗生素在其体内的疗效变差甚至完全无效。而研发新的抗生素耗时较长且成本较高,因此寻找新的抗菌药物来代替抗生素、及寻找新的药物载体和治疗方法来增强抗菌药物的活性对多重耐药的铜绿假单胞菌感染治疗具有重要意义。该文主要回顾并总结了利用有机酸、抗菌肽、纳米粒子、噬菌体、水凝胶和细菌载体等新的抗菌药物与治疗方式在铜绿假单胞感染治疗中的一些实验室基础研究及临床研究,以期为多重耐药的铜绿假单胞菌感染治疗研究提供参考。
孙旭梅[10]（2021）在《深海沉积物的微生物多样性分析及深海沉积物来源的细菌和病毒对土壤菌群和功能的影响》文中研究说明深海生态系统是地球上重要的生态系统之一,高压、无光、低氧等是其主要的环境特征。在深海环境中,微生物占有最大的生物量,这些微生物以细菌、古菌和病毒作为主要类群。随着科技进步及人类对深海认识的逐步提高,人类在深海的资源勘探、科考等活动日趋增加,大量的深海样品被带到陆地。深海样品进入陆地后,最先接触的环境可能是与之理化性质相似的土壤环境。深海样品中含有大量的微生物和病毒,一旦深海样品中的某些细菌和病毒在土壤这一环境中大量增殖,便会对陆地土壤环境造成影响。然而,对于深海微生物和病毒对陆地土壤菌群及土壤功能有何影响,几乎是一无所知。因此,本论文选取106个不同生境类型的深海沉积物样品进行分析,首先对深海沉积物的微生物组成及其作用进行研究,同时通过在深海原位模拟生物群落发生过程对深海生物群落成因进行探索。在此基础上,研究来源于深海的细菌和病毒对陆地土壤菌群及土壤功能的影响。对于深海微生物的多样性已有较多研究,但这些研究多集中于深海水体环境,关于深海沉积物环境中的微生物多样性、分布规律及其在深海中发挥的作用等方面,大规模的研究较少。因而本论文从来自于大西洋、太平洋和印度洋的深海热液口、冷泉、海沟、海山和洋中脊这5种典型的深海生境的106个沉积物样品中分别分离细菌和古菌,然后进行16S r RNA基因序列分析。结果发现,在全球范围内深海沉积物中的优势细菌门是Proteobacteria、Bacteroidetes、Firmicutes、Actinobacteria和Planctomycetes,优势古菌门是Thaumarchaeota、Euryarchaeota和Bathyarchaeota Marine Benthic Group E。不同生境的优势微生物不同,深海热液口、冷泉、海沟、海山和洋中脊这5种生境中的优势细菌属分别为Lactobacillus、Psychrobium、Halomonas、Alcanivorax和Lactobacillus,优势古菌属则都是Marine Group I＿norank。研究发现,热液口的细菌多样性最高,而冷泉的古菌多样性最高。在各种深海环境中都普遍存在核心微生物,包括481个属的细菌和16个属的古菌。深海细菌和古菌共同参与多个深海环境特殊的代谢过程,包括硫代谢、氮代谢、甲烷代谢和金属离子代谢。研究还发现,在深海中存在42种致病性细菌,有95个沉积物样品中包含有至少一种致病细菌,这些沉积物样品在大西洋、太平洋和印度洋都有分布,表明病原细菌在深海分布广泛。本论文对深海微生物组成及其分布规律、病原菌在深海的分布等研究结果,为深入了解深海微生物的群落结构奠定了一定的基础。深海生态系统,如深海冷泉和热液口,即使位于没有阳光为生物生存提供能量的底栖带,依然有很高的生物量。以往的研究根据还原性气体与化能自养微生物的共存关系,推测还原性气体的能量支撑了深海生态系统的生物群落的生存。然而,没有直接证据支持这一推论。为此,本论文研发了一个可持续渗漏甲烷的生物群落发生器,并将其放置在中国南海1000米深的海底,人工构建了一个深海生物群落。结果表明,包括细菌和古菌的微生物首先出现在群落发生器中,然后是水母和节肢动物,这表明在深海中已经成功构建了一个生物群落。甲烷厌氧氧化古菌与天然存在的深海冷泉古菌具有相同的特征,是释放出的甲烷的第一个电子受体;然后,电子中的能量转移到下游与甲烷厌氧氧化古菌共生的古菌和细菌中,最后转移到动物。硝酸盐还原细菌,是甲烷厌氧氧化古菌完成甲烷厌氧氧化（AOM）过程的共生细菌。进一步分析揭示,在深海生物群落的起源过程中,病毒与这些生物共存。因此,本研究模拟了一个天然的深海生态系统,为证明甲烷等还原性有机分子的化学能支撑深海生态系统的生物群落提供了直接证据。为了评估深海中的细菌对陆地土壤微生物群落及土壤功能的影响,本论文从106个深海沉积物中分别分离细菌,处理土壤后,分析土壤细菌群落及土壤功能的变化情况。结果显示,土壤环境中的优势细菌属为Ensifer、Nocardioides、Pseudomonas。在106个深海沉积物样品中,来源于90个沉积物的细菌未显着影响土壤细菌群落结构,但是来源于16个深海样品的细菌导致土壤菌群结构发生了显着变化,这些样品包括DP027、DP029、DP047、DP059、DP060、DP063、DP078、DP082、DP083、DP087、DP093、DP095、DP096、DP102、DP104、DP140。对土壤菌群结构影响最大的细菌来源于沉积物样品DP059和DP029,分别导致了土壤中107个属和77个属的细菌丰度发生变化。有一些深海细菌在对照组的陆地土壤中丰度为零,而在试验组的陆地土壤中丰度显着上升,这些细菌包括Halomonas、Brevibacterium、Gemmobacter、Bacillus、Sulfitobacter、Erythrobacter、Aurantimonas、NS5 marine group、Psychrobacter、Gramella、Gillisia和Desulfobulbus,这些细菌对土壤菌群来说存在外来物种入侵的风险。通过土壤功能测定（包括土壤的铵态氮含量、铁还原活性、硫转化能力、脲酶活性、硝酸还原酶活性、土壤纤维素酶活性和锰过氧化物酶活性）,结果显示有17个深海沉积物样品中的细菌导致了土壤原有功能的发挥受到显着抑制,这些样品包括DP027、DP029、DP047、DP059、DP060、DP063、DP078、DP082、DP083、DP087、DP093、DP095、DP096、DP098、DP102、DP104和DP140。比较分析后发现,16个沉积物中的细菌能显着改变土壤细菌群落结构,导致土壤功能发生显着变化,这些样品包括DP027、DP029、DP047、DP059、DP060、DP063、DP078、DP082、DP083、DP087、DP093、DP095、DP096、DP102、DP104、DP140,这些存在生物安全风险的沉积物样品在大西洋、太平洋和印度洋中都有分布。在上述研究基础上,本论文从深海沉积物中分离得到2株细菌Halomonas titanicae和Bacillus meqaterium,分别对土壤进行处理后,发现这两株来源于深海的细菌可在土壤中大量增殖并引起土壤功能的改变。这些结果表明,部分深海沉积物中的细菌可在土壤中大量繁殖导致土壤菌群结构发生变化,进而导致土壤原有功能的发挥失衡。本研究在大量试验的基础上,发现深海存在可入侵陆地土壤的细菌,这为人类深海勘探、科考等活动提供了生物安全方面的数据。为了分析深海病毒对陆地土壤微生物群落及土壤功能的影响,本论文从106个深海沉积物中分别分离病毒处理土壤,然后分析土壤细菌群落及土壤功能。多样性分析结果显示,深海沉积物中的病毒多样性较高,其中最丰富的类群是噬菌体。在106个深海沉积物样品中,来源于96个沉积物的病毒未显着影响土壤细菌群落结构,但10个沉积物样品（DP027、DP029、DP030、DP048、DP059、DP067、DP068、DP073、DP083、DP123）的病毒可显着改变土壤菌群结构。其中,来源于样品DP029、DP123和DP059的病毒导致土壤细菌群落结构发生的变化最大,分别导致了109、97、84个属的细菌丰度发生显着改变。土壤功能测定（铵态氮含量、铁还原活性、硫转化能力、脲酶活性、硝酸还原酶活性、纤维素酶活性和锰过氧化物酶活性）结果显示,11个深海沉积物样品中的病毒导致土壤原有功能的发挥受到抑制,这些样品包括DP027、DP029、DP046、DP047、DP048、DP059、DP067、DP068、DP073、DP083、DP123。比较分析后发现,9个沉积物中的病毒能显着改变土壤细菌群落结构,导致土壤原有功能的发挥受到抑制,这些样品包括DP027、DP029、DP048、DP059、DP067、DP068、DP073、DP083和DP123,表明这9个深海沉积物样品中的病毒通过改变土壤细菌群落结构损害土壤功能,这些存在生物安全风险的沉积物样品在大西洋、太平洋和印度洋中都有分布。本研究通过大量样品分析,发现深海病毒对陆地土壤菌群有潜在的生物安全性风险,这为人类的深海活动提供了生物安全的数据支撑。
二、细菌对噬菌体感染的抵抗（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、细菌对噬菌体感染的抵抗（论文提纲范文）
（1）圣草酚对金黄色葡萄球菌Sortase A的抑制作用与机制研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| abstract |
| 英文缩写词表 |
| 前言 |
| 第一篇 文献综述 |
| 第一章 金黄色葡萄球菌的研究进展 |
| 1.1 金黄色葡萄球菌概述 |
| 1.2 金葡菌毒力因子 |
| 1.3 抗金葡菌治疗策略 |
| 第二章 金葡菌分选酶及其抑制剂的研究进展 |
| 2.1 分选酶A |
| 2.2 分选酶A抑制剂 |
| 第三章 圣草酚的生物学活性研究进展 |
| 3.1 黄酮 |
| 3.2 圣草酚 |
| 第二篇 研究内容 |
| 第一章 金葡菌SrtA抑制剂的筛选 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 方法 |
| 1.3 结果 |
| 1.4 讨论 |
| 1.5 小结 |
| 第二章 圣草酚对金葡菌SrtA的体外抑制研究 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 方法 |
| 2.3 结果 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 圣草酚对金葡菌SrtA的作用机制研究 |
| 3.1 材料 |
| 3.2 方法 |
| 3.3.结果 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 圣草酚对金黄色葡萄球菌感染小鼠肺炎的治疗作用 |
| 4.1 材料 |
| 4.2 方法 |
| 4.3 结果 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 圣草酚与头孢西丁协同抗菌作用研究 |
| 5.1 材料 |
| 5.2 方法 |
| 5.3 结果 |
| 5.4 讨论 |
| 5.5 小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 导师简介 |
| 作者简介 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
（2）裂解或溶源-细菌遭遇噬菌体后的命运抉择（论文提纲范文）
| 1 宿主菌的抵御 |
| 1.1 群体感应系统 |
| 1.2 限制-修饰和相关防御 |
| 1.3 CRISPR-Cas适应性免疫 |
| 2 噬菌体的支配作用 |
| 2.1 病毒基因编码蛋白的自调节 |
| 2.2 生理信号 |
| 2.2.1 宿主群体感应信号 |
| 2.2.2 噬菌体自有通讯信号 |
| 2.2.3 噬菌体的自我调节 |
| 2.3 非生物因素的环境信号 |
| 2.3.1 温度 |
| 2.3.2 营养元素 |
| 2.3.3 金属盐类型与浓度 |
| 3 展望 |
（3）KL2型鲍曼不动杆菌噬菌体解聚酶克隆及抗菌活性分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 样品来源 |
| 1.1.2 主要试剂和仪器及培养基 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 细菌培养及核酸提取 |
| 1.2.2 细菌测序及序列拼接 |
| 1.2.3 细菌生物信息学分析及细菌分型 |
| 1.2.4 系统发育分析 |
| 1.2.5 噬菌体解聚酶克隆及表达 |
| (1) IME-AB2-ORF76序列的扩增 |
| (2)表达载体的构建 |
| (3)重组蛋白的诱导表达 |
| 1.2.6 解聚酶的纯化 |
| 1.2.7 噬菌体及解聚酶抗菌谱分析 |
| 1.2.8 解聚酶联合血清杀菌实验 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 鲍曼不动杆菌噬菌体形态特征及系统发育分析 |
| 2.2 细菌KL分型及噬菌体抗菌谱分析 |
| 2.3 解聚酶Dp76分子克隆及蛋白表达结果 |
| 2.4 解聚酶Dp76的活性鉴定 |
| 2.5 解聚酶联合血清杀菌实验 |
| 3 讨论与结论 |
（4）细菌与噬菌体相互抵抗机制研究进展（论文提纲范文）
| 1 吸附抑制 |
| 1.1 噬菌体的生活周期 |
| 1.2 细菌对噬菌体的吸附抑制 |
| 1.3 噬菌体在吸附阶段对抗细菌的策略 |
| 1.4 噬菌体的分离与吸附效率检测 |
| 2 阻止噬菌体DNA进入 |
| 2.1 超感染排斥系统 |
| 2.2 超感染排斥系统抵抗噬菌体的检测 |
| 3 切割噬菌体基因组 |
| 3.1 细菌限制-修饰系统 |
| 3.2 噬菌体逃避RM系统的策略 |
| 3.3 限制-修饰系统抑制噬菌体的检测 |
| 3.4 CRISPR-Cas系统 |
| 3.5 噬菌体抵抗CRISPR-Cas的机制 |
| 3.6 CRISPR-Cas抑制噬菌体的检测 |
| 4 流产感染 |
| 4.1 流产感染与噬菌体互作机制 |
| 4.2 流产感染参与噬菌体抵抗的检测 |
| 5 细菌群体感应 |
| 5.1 细菌群体感应与噬菌体互作机制 |
| 5.2 群体感应调控噬菌体侵染的检测 |
| 6 展望 |
（5）前噬菌体对细菌毒力的影响（论文提纲范文）
| 1 前噬菌体增强细菌的黏附性 |
| 2 前噬菌体编码细菌毒素和调控毒素的产生与释放 |
| 2.1 前噬菌体编码细菌毒素 |
| 2.2 前噬菌体调控细菌毒素的产生与释放 |
| 3 前噬菌体协助细菌逃避宿主防御 |
| 3.1 前噬菌体协助细菌逃逸巨噬细胞的吞噬 |
| 3.2 前噬菌体协助细菌抑制机体的炎症反应 |
| 4 前噬菌体参与细菌生物被膜的形成 |
| 4.1 前噬菌体影响细菌产毒的同时也影响生物被膜的形成 |
| 4.2 前噬菌体参与液晶状生物被膜的形成 |
| 4.3 前噬菌体促进eDNA的释放 |
| 4.4 细菌通过调控前噬菌体的诱导促进生物被膜的形成 |
| 5 前噬菌体降低细菌的毒力 |
| 5.1 前噬菌体的特异性整合降低了细菌的毒力 |
| 5.2 同一种前噬菌体对不同的菌株在毒力方面的影响不同 |
| 5.3 利用抗毒力前噬菌体阻遏细菌毒素的产生 |
| 6 总结与展望 |
（6）细菌耐受噬菌体感染的分子机制研究进展（论文提纲范文）
| 1 阻止噬菌体的吸附 |
| 1.1 受体结构改变 |
| 1.2 受体修饰 |
| 1.3 受体的物理屏障 |
| 1.4 产生竞争性抑制剂 |
| 1.5 分泌外膜囊泡 |
| 2 阻止噬菌体DNA的注入 |
| 3 阻止噬菌体DNA的复制 |
| 3.1 限制-修饰系统 |
| 3.2 噬菌体生长限制系统 |
| 3.3 噬菌体排斥系统 |
| 3.4 限制-修饰相关的防御岛系统 |
| 3.5 CRISPR系统 |
| 3.6 化学防御 |
| 4 流产感染 |
| 5 阻止噬菌体的组装和释放 |
| 6 不同防御系统的传播和协作 |
| 7 展望 |
（7）噬菌体群体感应系统及其分子机理研究进展（论文提纲范文）
| 1 枯草芽孢杆菌属噬菌体的QS系统 |
| 1.1 枯草芽孢杆菌属噬菌体Aim R-Aim P QS的发现 |
| 1.2 Aim R-Aim P系统信号分子的结合机制和生物学功能 |
| 1.3 其他Aim R-Aim P系统 |
| 2 霍乱弧菌噬菌体的QS系统 |
| 2.1 霍乱弧菌噬菌体Vqm APhage-DPO QS的发现 |
| 2.2 Vqm APhage识别DPO的分子机理 |
| 3 噬菌体中的其他QS系统 |
| 4 噬菌体与细菌对各自QS的影响 |
| 5 展望 |
（8）工程化噬菌体在解决细菌耐受性问题中的应用策略（论文提纲范文）
| 1 引言 |
| 2 合成生物学用于噬菌体改造的方法 |
| 2.1 基因组编辑 |
| 2.2 人工合成 |
| 3 合成生物学工程化噬菌体的应用 |
| 3.1 解决细菌药物耐受性问题 |
| 3.1.1 细菌耐药性机制 |
| 3.1.2 解决方法 |
| 3.2 解决噬菌体感染耐受性问题 |
| 3.2.1 细菌的噬菌体感染耐受性机制 |
| 3.2.2 应对噬菌体感染耐受性策略 |
| 4 噬菌体的合成生物学与生物安全 |
| 5 总结和展望 |
（10）深海沉积物的微生物多样性分析及深海沉积物来源的细菌和病毒对土壤菌群和功能的影响（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 1.引言 |
| 1.1 深海生态系统 |
| 1.1.1 深海生态系统的环境特征 |
| 1.1.2 深海生物群落结构 |
| 1.1.3 深海微生物研究现状 |
| 1.1.3.1 深海细菌群落研究 |
| 1.1.3.2 深海古菌群落 |
| 1.1.3.3 深海噬菌体 |
| 1.2 陆地土壤菌群研究进展 |
| 1.2.1 土壤的细菌群落结构 |
| 1.2.2 土壤细菌群落结构的影响因素 |
| 1.2.3 微生物对土壤功能的影响 |
| 1.3 本论文研究的目的及意义 |
| 2.材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 深海水体、沉积物样品 |
| 2.1.2 主要试剂 |
| 2.1.3 主要仪器设备 |
| 2.1.4 常用溶液和培养基 |
| 2.1.5 数据分析软件 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 沉积物中细菌和古菌的收集 |
| 2.2.2 沉积物中病毒的分离 |
| 2.2.3 病毒基因组提取 |
| 2.2.4 病毒的全基因组扩增 |
| 2.2.5 病毒提取液中的菌体污染的检测 |
| 2.2.6 深海沉积物来源的细菌或病毒对土壤样品的处理 |
| 2.2.7 海水样品中微生物的分离 |
| 2.2.8 海水样品中病毒的分离 |
| 2.2.9 动物组织基因组提取 |
| 2.2.10 细菌基因组的提取 |
| 2.2.11 细菌和古菌的16S rDNA建库、测序 |
| 2.2.12 细菌和古菌的16S rRNA基因测序结果分析 |
| 2.2.13 宏基因组测序 |
| 2.2.14 宏基因组序列分析 |
| 2.2.15 土壤总DNA的提取 |
| 2.2.16 土壤脲酶酶活测定 |
| 2.2.17 土壤硝酸还原酶酶活测定 |
| 2.2.18 土壤纤维素酶酶活测定 |
| 2.2.19 土壤锰过氧化物酶酶活测定 |
| 2.2.20 土壤铵态氮含量测定 |
| 2.2.21 土壤中铁还原活性的测定 |
| 2.2.22 土壤硫转化作用测定 |
| 2.2.23 深海沉积物细菌的分离培养 |
| 2.2.24 细菌的菌种鉴定 |
| 2.2.25 土壤中细菌拷贝数的检测 |
| 2.2.26 数据统计分析方法 |
| 3.结果与分析 |
| 3.1 深海沉积物微生物多样性分析 |
| 3.1.1 深海沉积物的微生物组 |
| 3.1.2 深海沉积物的细菌群落分析 |
| 3.1.3 深海沉积物的古菌组成 |
| 3.1.4 深海沉积物的核心细菌和特定生境细菌 |
| 3.1.5 深海沉积物的核心古菌和特定生境古菌 |
| 3.1.6 深海沉积物中微生物的互作及其在物质和能量利用中的作用 |
| 3.1.7 深海沉积物中的病原细菌 |
| 3.2 人工构建的深海生物群落分析 |
| 3.2.1 深海生物群落的人工构建 |
| 3.2.2 人工构建的深海生物群落中的微生物 |
| 3.2.3 人工构建的深海生物群落中的动物 |
| 3.2.4 古菌在深海生物群落中的作用 |
| 3.2.5 人工构建的深海生物群落的细菌组成 |
| 3.2.6 人工构建的深海生物群落的病毒组分析 |
| 3.3 深海沉积物来源的细菌对土壤菌群及功能的影响 |
| 3.3.1 深海沉积物的细菌群落组成 |
| 3.3.2 深海沉积物来源的细菌对土壤菌群的影响 |
| 3.3.3 深海沉积物来源的细菌对土壤功能的影响 |
| 3.3.4 深海沉积物来源的细菌影响土壤功能的机理 |
| 3.3.5 导致土壤菌群和功能变化的沉积物在深海的分布 |
| 3.4 深海沉积物来源的病毒对土壤菌群及功能的影响 |
| 3.4.1 深海沉积物的病毒组成 |
| 3.4.2 深海沉积物来源的病毒对土壤菌群的影响 |
| 3.4.3 深海沉积物来源的病毒对土壤功能的影响 |
| 3.4.4 深海沉积物来源的病毒影响土壤菌群及功能的比较 |
| 3.4.5 导致土壤菌群和功能变化的沉积物在深海的分布 |
| 4.讨论 |
| 4.1 深海沉积物微生物多样性及其参与的深海物质利用过程 |
| 4.2 通过释放甲烷人工构建深海生物群落 |
| 4.3 深海沉积物中的细菌及病毒对陆地土壤菌群和功能的影响 |
| 5.全文总结、创新性及展望 |
| 5.1 全文总结 |
| 5.2 创新性 |
| 5.3 展望 |
| 参考文献 |
| 附录一 深海沉积物样品信息 |
| 附录二 深海沉积物样品细菌和古菌的测序数据 |
| 附录三 深海沉积物中属水平上可注释的细菌 |
| 附录四 深海沉积物中属水平上可注释的古菌 |
| 附录五 本文使用的引物序列 |
| 附录六 缩略词 |
| 附录七 计量单位 |
| 附录八 作者简介 |
| 致谢 |
四、细菌对噬菌体感染的抵抗（论文参考文献）
- [1]圣草酚对金黄色葡萄球菌Sortase A的抑制作用与机制研究[D]. 王莉. 吉林大学, 2021(01)
- [2]裂解或溶源-细菌遭遇噬菌体后的命运抉择[J]. 商俊杰,张春婷,谢立国,魏云林. 微生物学通报, 2021(09)
- [3]KL2型鲍曼不动杆菌噬菌体解聚酶克隆及抗菌活性分析[J]. 王灿,高明明,俞鑫婷,刘艳楠,米志强. 微生物学通报, 2021(09)
- [4]细菌与噬菌体相互抵抗机制研究进展[J]. 张明阳,任彪,贾燕涛. 微生物学通报, 2021(09)
- [5]前噬菌体对细菌毒力的影响[J]. 季强,金琳,栗绍文,宋厚辉,刘梅. 畜牧与兽医, 2021(08)
- [6]细菌耐受噬菌体感染的分子机制研究进展[J]. 钟卓君,饶贤才,乐率. 微生物学通报, 2021(09)
- [7]噬菌体群体感应系统及其分子机理研究进展[J]. 张莉萍,甄向凯,欧阳松应. 微生物学通报, 2021(09)
- [8]工程化噬菌体在解决细菌耐受性问题中的应用策略[J]. 张和,张新宇,安文林,童贻刚. 集成技术, 2021(04)
- [9]铜绿假单胞菌感染治疗现状[J]. 金帆,高艳梅,黄亚佳,蒲璐,夏霖. 集成技术, 2021(04)
- [10]深海沉积物的微生物多样性分析及深海沉积物来源的细菌和病毒对土壤菌群和功能的影响[D]. 孙旭梅. 浙江大学, 2021(01)