一、线性DNA复制后5′端空缺的填补（论文文献综述）
吕翎娜[1]（2014）在《DNA聚合酶kappa参与跨损伤DNA合成的调控机制及其新功能研究》文中认为跨损伤DNA合成（Tanslesion DNA Synthesis, TLS）可利用特异的DNA聚合酶直接在损伤的模板对面掺入核苷酸,越过损伤使阻滞的复制叉继续前进,帮助细胞避免因复制叉受阻引起的DNA双链断裂（I）NA Double Strand Break, DSB)甚至死亡。由于TLS聚合酶在复制未损伤模板时是低保真性的,体内的TLS过程必须受到严格调控。失控的TLS会通过易错旁路引发基因组突变。TLS聚合酶被招募到阻滞的复制叉处是进行TLS反应的前提。一般认为TLS聚合酶是借助与单泛素化的PCNA（Monoubiquitinated PCNA, mUb-PCNA）结合被招募到阻滞的复制叉完成其功能的。但究竟有哪些具体的因子参与调控TLS,即TLS发生的机制依然不清楚。最近研究发现一些因子,如染色体重塑复合体IN080、金属蛋白酶Spartan和乳腺癌相关基因BRCA1等都可能调控这一过程。为了探索其他可能调控TLS聚合酶参与UV处理后TLS过程的蛋白因子,本论文通过免疫共沉淀和质谱分析发现错配修复分子MSH2与TLS聚合酶kappa（PolK）结合,敲低MSH2影响UV辐射后PCNA的单泛素化水平和TLS聚合酶的招募。在RAD18（E3连接酶,对PCNA进行泛素化修饰）缺失的细胞中过表达MSH2可以增加UV辐射后Polκ在损伤位点的招募,但并不影响PCNA单泛素化水平,这说明MSH2可以通过单泛素化PCNA依赖和不依赖的两种方式调控UV处理后TLS聚合酶的招募。进一步研究发现,MSH2能够促进紫外辐射后细胞跨越基因组上环丁烷嘧啶二聚体（CPD）光产物损伤的TLS过程,表明了MSH2在紫外光暴露后细胞DNA损伤应答方面具有新的作用。另外,有文献报道一些TLS聚合酶除了具有TLS活性外还参与其他的代谢过程。例如DNA聚合酶Polrl在D-Loop环重组中间体形成时以侵入链作为引物合成DNA, Poll被发现参与碱基切除修复（Base Excision Repair, BER）通路,Polκ可以参与核苷酸切除修复（Nucleotide Excision Repair, NER）通路。本文研究还发现TLS聚合酶Polκ参与氧化损伤试剂诱发的DNA链断裂修复过程。GFP-Polκ在激光微辐射处理后聚集在损伤位点,并且与Polκ C端结构域包括PCNA结合结构域(PCNA-Interaction Peptide、泛素结合结构域（Ubiqutin BindingZinc-finger, UBZs）以及核定位信号（Nulear Localization Signal, NLS）密切相关。缺失MSH2和RAD18的细胞中Polκ的招募显着降低。进一步研究发现Polκ缺失的细胞对于双氧水敏感性增加,并且表现出单、双链断裂修复能力缺陷,这提示了Polκ在氧化损伤修复中具有新功能。这些研究成果有助于了解非传统错配修复导致基因组不稳定性的内在机制以及TLS与多种DNA损伤反应通路的相互作用,为预防癌症发生、增强肿瘤细胞对化疗试剂的敏感性和降低肿瘤耐药性突变的产生提供了重要的理论依据。
张宇[2]（2004）在《水稻第四号染色体精细物理图的构建和着丝粒的结构分析》文中认为国际水稻基因组测序计划（International Rice Genome Sequencing Project）采用以物理图为基础的随机测序战略,作为该计划的一部分,中国科学院国家基因中心承担了水稻第四号染色体精确序列的测定任务。本研究论文首先报告了构建水稻第四号染色体精细物理图的战略和技术方法,以及在该研究中所采用的一些独创的方法,使得我们能够快速准确的构建了高精度高覆盖率的第四号染色体物理图。其次,本研究还对水稻第四号染色体着丝粒的精细结构进行了鉴定和分析。同时,还开展了籼粳栽培稻的比较基因组研究。通过整合114个已经测序的相近亚种籼稻广陆矮四号的BAC克隆序列、182个RFLP和407个EST分子标记、日本晴基因组指纹图数据和多种物理图构建方法,构建出水稻粳稻日本晴第四号染色体基于BAC克隆的精细物理图。这张物理图共包含4个重叠群,总长度为35.78Mb,覆盖了整个染色体的99%,并覆盖了完整的着丝粒区。端粒克隆、着丝粒克隆以及重叠群之间空缺的大小都经过粗线期染色体荧光原位杂交鉴定。通过计算遗传图距和物理图距的比例以及荧光原位杂交的结果,发现第四号染色体的短臂和长臂近着丝粒区是重组抑制集中的区域,也是第四号染色体上异染色质化的区域,约占整条染色体的45%,说明了这条染色体的测序难度较大。这张物理图是利用两个相近亚种的整合数据快速准确构建物理图的第一个成功例子,也为第四号染色体的精确测序提供了基础。利用相似的策略,我们还构建了籼稻广陆矮四号的第四号染色体物理图,目前覆盖率已经超过65%。在物理图提供的序列基础上,对于籼粳稻两个主要栽培稻亚种进行了比较基因组分析,在2.3Mb对应区段中发现了两个亚种在基因组成和顺序上存在的广泛的微共线性,两者之间的差异主要由插入/缺失和单核苷酸多态性造成,这些差异可能影响基因的结构和表达,从而对种间表型差异产生影响。染色体着丝粒的完整序列对于研究着丝粒的功能非常重要。在物理图构建的过程中鉴定了覆盖水稻第四号染色体着丝粒的重叠群,并对这个重叠群进行了测序,获得了第一个完整的水稻染色体着丝粒序列结构。水稻第四号染色体<WP=5>着丝粒的124kb完整序列,是由379个串联重复的CentO卫星组成的18个片段和19个着丝粒逆转座元件组成,没有发现其它特异性序列。18个CentO片段被19个逆转座元件隔开,两者间隔排列,其中4个CentO片段（65个CentO单体）与其它片段方向相反。四号染色体中的着丝粒逆转座元件可以分为四类,其中,第一类的逆转座元件显示出对水稻着丝粒更高的特异性。着丝粒逆转座元件倾向于插入CentO重复的特性显示出它们在进化上对着丝粒的扩张的作用。在第四号染色体着丝粒中找到的三个完整的逆转座子说明它们可能通过一种转录介导的机制对有功能的着丝粒的形成发挥作用。水稻第四号染色体着丝粒的完整序列是高等生物中完成的第一条染色体着丝粒序列,为研究着丝粒的功能提供了结构基础,也为构建植物或者水稻人工染色体提供了必需的序列信息。
王嵘[3]（2004）在《水稻BAC克隆4949的序列分析以及逆转录转座子RIRE10活性与rml1基因的功能研究》文中提出基因组测序为物种间同源基因结构的比较提供了序列基础,也为未知基因的功能分析提供了详细的数据参考与实验设计思路。我们利用第四号染色体特异的探针R896从水稻 （Oryza sativa indica） BAC基因库中杂交鉴定出三个BAC克隆。 比较三个BAC的HindIII酶切图谱后, BAC 4949被选出进行随机测序。组装与鉴定好的BAC 4949序列长61.79 kb, 是一段基因分布密集的区域, 共有九个预测基因, 其中只有一个是无EST序列支持的预测基因。根据核酸序列和蛋白质序列同源性比较所获得的信息, 我们鉴定与分析了所测水稻BAC克隆4949序列上的两个新基因的结构与可能的功能。BLASTX搜索蛋白质数据库分析BAC 4949序列时, 我们发现一段逆转录转座子的Gag-Pol编码区, 并将该水稻逆转录转座子命名为RIRE10。 RIRE10是一个有长LTR区的大型Ty3类逆转录转座子。基因组DNA点杂交检测到RIRE10中间区域与LTR区的拷贝数分别为65+8（SE）与1100+10（SE）。 Northern 印迹杂交检测到来自LTR区长短不同的转录产物。LTR区的转录以及近900个RIRE10 solo-LTR的存在暗示着水稻基因组与RIRE10家族成员间可能存在互相影响的机制, 即RIRE10的LTR区的转录调节位点参与了邻近水稻基因的表达调控以及影响了自身的完整转录, 而水稻基因组可能通过导致solo-LTR产生的同源重组或其它机制控制着RIRE10家族的拷贝数。另外, 我们通过RT-PCR和RACE克隆了BAC 4949序列上的一个新基因, 命名为rml1。 Southern印迹杂交与水稻数据库搜寻的结果表明该基因在水稻基因组中是个单拷贝基因。 BLASTX分析发现rml1基因编码的蛋白质具有一个由三个螺旋串连式排列构成的DNA结合结构域, 是一个可能的转录调节因子。 <WP=5>Northern 印迹杂交表明rml1基因的转录明显受到持续白光光照的抑制。并且在单色光中, 红光的影响最显着。在相同的红光流率照射下,愈伤组织和黄花苗表现出不同的红光效应, 暗示着不同的光敏色素通过不同的光效应途径调控这两种组织中rml1基因的表达。 在相同光照时间中, 白光对黄花苗中rml1转录的下调效应大于单色光的; 而单色蓝光的作用弱于单色红光的。 基于该实验结果,我们推测除了光敏色素外, 其它的光受体（如隐花色素）也参与了对rml1基因的调控。 因而, rml1基因是光信号途径中的一个新成员。此外,我们发现rml1基因是稻瘟病菌侵染水稻时的早期诱导基因, 并且其表达具有组织特异性。我们还观察到rml1基因明显的节律性表达, 而这种节律性表达依赖于光/黑暗的周期循环。 根据rml1基因的这些表达模式, 我们推测作为编码可能的转录调控蛋白的基因, rml1可能参与了水稻对外界信号（光, 病原体）的反应以及参与调控水稻生命周期中其他基因的表达。 为了进一步了解rml1基因的生物学功能, 我们构建了包含基因启动子区与部分CDS序列的pCAMBIA质粒, 为以后通过转基因技术来了解rml1基因的表达调控与其编码蛋白质的细胞定位奠定基础。
胡嗣基,毛祖芬[4]（2001）在《线性DNA复制后5′端空缺的填补》文中指出介绍了近年来线性DNA复制后 5′端空缺填补问题的研究进展及其在控制细胞的衰老、癌变等方面的重要作用 .对 5′端空缺填补的问题 ,认为不论何种填补方式 ,DNA都是通过特殊的末端顺序 ,在 3′端形成模板引物结构而完成空缺的填补 .
李学红,李冬玲,宋雨青,苑金香[5]（2000）在《DNA末端复制的终止》文中研究表明
二、线性DNA复制后5′端空缺的填补（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、线性DNA复制后5′端空缺的填补（论文提纲范文）
（1）DNA聚合酶kappa参与跨损伤DNA合成的调控机制及其新功能研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 专业词汇中英文对照表 |
| 第一章 引言 |
| 1.1 DNA损伤修复与耐受 |
| 1.2 跨损伤DNA合成(Translesion DNA Synthesis,TLS) |
| 1.3 TLS聚合酶 |
| 1.3.1 Y家族TLS聚合酶Pol |
| 1.3.2 其它Y-家族TLS聚合酶 |
| 1.4 泛素与泛素化 |
| 1.4.1 泛素系统 |
| 1.4.2 泛素化过程及种类 |
| 1.5 PCNA与DNA损伤修复 |
| 1.6 PCNA单泛素化及调控机理 |
| 1.7 错配修复(Mismatch Repair,MMR)与MSH2 |
| 1.7.1 错配修复系统 |
| 1.7.2 错配修复蛋白MSH2 |
| 1.8 研究意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 细胞系信息 |
| 2.1.2 质粒信息 |
| 2.1.3 抗体信息 |
| 2.1.4 引物序列 |
| 2.1.5 siRNA序列 |
| 2.1.6 化学试剂及试剂盒 |
| 2.1.7 实验仪器 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 质粒构建 |
| 2.2.2 基因定点突变 |
| 2.2.3 质粒转化 |
| 2.2.4 GST融合蛋白表达及纯化 |
| 2.2.5 细胞培养 |
| 2.2.6 质粒转染 |
| 2.2.7 siRNA转染 |
| 2.2.8 慢病毒包装与感染 |
| 2.2.9 稳定细胞系的建立 |
| 2.2.10 SDS-PAGE电泳 |
| 2.2.11 染色 |
| 2.2.12 免疫印迹(Western Blot) |
| 2.2.13 用于质谱分析的蛋白样品制备及预处理 |
| 2.2.14 免疫共沉淀技术 |
| 2.2.15 免疫荧光技术 |
| 2.2.16 细胞周期阻滞 |
| 2.2.17 流式细胞术检测细胞周期 |
| 2.2.18 激光微辐射共聚焦显微镜检测蛋白质招募 |
| 2.2.19 Foci形成实验 |
| 2.2.20 染色质分离(Chromatin Fraction)实验 |
| 2.2.21 克隆形成实验(Colony Assay) |
| 2.2.22 碱性彗星电泳分析 |
| 第三章 研究结果 |
| 3.1 TLS聚合酶Polκ相互作用蛋白质的鉴定和验证 |
| 3.1.1 免疫共沉淀结合质谱技术检测Polκ潜在作用蛋白 |
| 3.1.2 验证Polκ与MSH2相互作用 |
| 3.2 MSH2调控Polκ参与UV处理后TLS的分子机制 |
| 3.2.1 MSH2影响UV处理后TLS聚合酶的招募 |
| 3.2.2 MSH2调控UV处理后PCNA单泛素化水平 |
| 3.2.3 MSH2调控UV辐射处理后RAD18和RPA foci的形成 |
| 3.2.4 MSH2还通过PCNA单泛素化不依赖的途径调控TLS聚合酶的招募 |
| 3.2.5 MSH2调控UV诱导的光产物的跨损伤合成 |
| 3.3 Polκ的新功能研究 |
| 3.3.1 GFP-Polκ在激光微辐射处理产生的损伤位点发生聚集 |
| 3.3.2 Polκ缺失的细胞链断裂修复能力降低 |
| 3.3.3 Polκ缺失引发细胞单、双链断裂修复产生缺陷 |
| 第四章 分析讨论 |
| 参考文献 |
| 作者简介及在学期间发表的学术论文与研究成果 |
（2）水稻第四号染色体精细物理图的构建和着丝粒的结构分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| 第一章 水稻粳稻和籼稻第四号染色体精细物理图的构建 |
| 一、引言 |
| 二、材料和方法 |
| 1.材料 |
| 2.方法 |
| 三、实验结果 |
| 1 水稻粳稻日本晴第四号精细物理图的构建 |
| 1.1 通过鉴定籼稻第四号染色体的Seed BAC及测序获得水稻籼稻广陆矮四号的部分序列框架 |
| 1.2 粳稻日本晴第四号染色体测序用精细物理图的构建－重叠群的染色体定位和Seed BAC的确定 |
| 1.3 由Seed BAC序列进行染色体的延伸 |
| 1.4 物理图的完善 |
| 1.5 荧光原位杂交的应用 |
| 1.6 第四号染色体遗传重组率和物理距离之间的关系 |
| 2 籼稻广陆矮四号第四号染色体物理图的构建 |
| 3 籼粳稻之间部分区段的比较基因组分析 |
| 四、讨论 |
| 第二章 水稻第四号染色体着丝粒的结构分析 |
| 一、引言 |
| 二、材料和方法 |
| 1.材料 |
| 2.方法 |
| 三、结果 |
| 1 第四号染色体着丝粒区域的物理图构建 |
| 2 着丝粒核心区域和邻近BAC克隆的测序、组装及验证 |
| 3 着丝粒核心区域的序列组成 |
| 3.1 CentO卫星重复序列 |
| 3.2 水稻着丝粒中的逆转座元件 |
| 3.3 水稻第四号和第八号着丝粒相关序列的比较分析 |
| 四、讨论 |
| 结语 |
| 参考文献 |
| 发表文章 |
| 致谢 |
（3）水稻BAC克隆4949的序列分析以及逆转录转座子RIRE10活性与rml1基因的功能研究（论文提纲范文）
| 目录 |
| 摘要 |
| 第一章 定位于水稻4号染色体的BAC 4949克隆的序列测定和分析 |
| 一、 引言 |
| 二、 材料和方法 |
| 1 材料 |
| 2 方法 |
| 三、 结果和讨论 |
| 1 三个BAC克隆重叠性的鉴定 |
| 2 BAC 4949的序列测定和组装 |
| 3 BAC 4949的序列分析 |
| 第二章 逆转录转座子RIRE10在水稻基因组中的活性研究 |
| 一、 引言 |
| 二、 材料和方法 |
| 1 材料 |
| 2 方法 |
| 三、 结果 |
| 1 RIRE10的结构特点 |
| 2 RIRE10的转录活性 |
| 3 RIRE10拷贝数的鉴定 |
| 四、 讨论 |
| 第三章 水稻编码GT1-like蛋白的新基因(rml1)的表达调控研究 |
| 一、 引言 |
| 二、 材料和方法 |
| 1 材料 |
| 2 方法 |
| 三、 结果与分析 |
| 1 克隆与分析rml1基因的两个不同转录产物 |
| 2 rml1基因的顺式调控元件 |
| 3 rml1基因的拷贝数以及编码三螺旋DNA结合蛋白基因的染色体分布 |
| 4 组织表达特异性 |
| 5 稻瘟病菌诱导绿叶中rml1基因的表达 |
| 6 光下调rml1基因的表达 |
| 7 rml1基因的节律表达 |
| 8 启动子区，蛋白定位的pCAMBIA质粒的构建 |
| 9 RML1蛋白的体外翻译 |
| 四、 讨论 |
| 1 rml1基因的两个不同转录产物 |
| 2 光以依赖光敏色素的方式调节RML1RNA的水平 |
| 3 rml1基因的节律性表达 |
| 4 稻瘟病菌诱导rml1基因的表达 |
| 5 绿苗根中rml1基因的表达 |
| 结语 |
| 参考文献 |
| 发表文章 |
| 致谢 |
四、线性DNA复制后5′端空缺的填补（论文参考文献）
- [1]DNA聚合酶kappa参与跨损伤DNA合成的调控机制及其新功能研究[D]. 吕翎娜. 中国科学院北京基因组研究所, 2014(07)
- [2]水稻第四号染色体精细物理图的构建和着丝粒的结构分析[D]. 张宇. 中国科学院研究生院（上海生命科学研究院）, 2004(01)
- [3]水稻BAC克隆4949的序列分析以及逆转录转座子RIRE10活性与rml1基因的功能研究[D]. 王嵘. 中国科学院研究生院（上海生命科学研究院）, 2004(01)
- [4]线性DNA复制后5′端空缺的填补[J]. 胡嗣基,毛祖芬. 宁波大学学报(理工版), 2001(04)
- [5]DNA末端复制的终止[J]. 李学红,李冬玲,宋雨青,苑金香. 生物学教学, 2000(01)